Мурочное древо. Вопросы дилетанта

[Valery]

Живя в теплом климате, нет потребности оптимизировать свой генетический код.

E1 Мурка не нужна? 

[Farroukh]

умножь не на

175

а на

175/(длина мужского эээ... поколения)

Это всё надо едитить в ych2rdf.bat файле? И шо, тады возраст будет выдаваться в поколениях?

[mouglley]

То есть, ставишь число, которое получится в результате вычисления 1/(67*скорость мутаций)
скорость мутаций:
клёсовская 0.00216
для N1 - 0.00288

Не забывай вместо запятых в бате точки ставить

[Valery]

Фаррух, это не в ych2rdf а в при запуске самой Муры. См опцию -N

[I2a1a]

См опцию -N

 
 
А с опцией -I пройдет?

[Valery]

См опцию -N

 
 
А с опцией -I пройдет?

угу Это опция постановки на счетчик 

[alexis]

Дорогой брат Farroukh!

Попробовал с помощью "Мурки" построить филогенетическое древо. Сначала не удавалось получить даже файл *.rdf. Оказалось, что в нынешнем комплекте "Мурки" (murka-1.3.1b-win32.zip) в файле runych2rdf.bat прописаны иные параметры - там -p "BINARIZE|MX" -d 1 -n 2, а у Вас на картинке -p "INEQ" -d 2 -n 2. Поменял на -p "INEQ" -d 2 -n 2, файл *.rdf создался.

Но файл nw_mp_1.dot так и не создаётся. Полагаю, что и в runmjstr.bat также что-то отличается от прописанного в Вашем файле.

Не смогли бы Вы выложить содержимое Вашего runmjstr.bat для сравнения?

Кроме того, в комплекте "Мурки" отсутствуют упомянутые Вами в описании файлы Ych2rdfINEQ.bat и UnRoot.bat. Их нет и в нескольких последних комплектах (murka-1.3.0-win.zip, murka-1.2.4b-win.zip).

[Valery]

Дорогой брат Farroukh!

Попробовал с помощью "Мурки" построить филогенетическое древо. Сначала не удавалось получить даже файл *.rdf. Оказалось, что в нынешнем комплекте "Мурки" (murka-1.3.1b-win32.zip) в файле runych2rdf.bat прописаны иные параметры - там -p "BINARIZE|MX" -d 1 -n 2, а у Вас на картинке -p "INEQ" -d 2 -n 2. Поменял на -p "INEQ" -d 2 -n 2, файл *.rdf создался.

Но файл nw_mp_1.dot так и не создаётся. Полагаю, что и в runmjstr.bat также что-то отличается от прописанного в Вашем файле.

В дистре задан вывод в TRDf. ОК, я сделаю второй вариант где будет GV. Кроме того, добавлю INEQ скрипт для prepare.

[Farroukh]

Алексей, должен принести свои извинения. Изначально мануал писался к старой версии мурки, где всё работало. Я решил адаптировать его подновую версию, просто поменяв соответствующие имена файлов, но, как выяснилось, это не катит.

Буду пытаться восстановить описание к старой версии.

[Valery]

Добавил runmjstrgv с выводом в GV и возрастами. Также заменил runych2rdf, старый был бинарным и потому теперь переименован в runych2rdfbin.

"У меня работает" (С) 

[Valery]

Буду пытаться восстановить описание к старой версии.

не надо Фаррух, лучше спроси что непонятно и тогда будет описание к новой! 

[Valery]

Да, по умолчанию он выводит возраст в Ро. Чтобы было в годах на до добавить в runmjstrgv

-A "CONVERT" -N <сколько лет в 1 Ро, на 67 локусах это порядка 170>

[alexis]

Теперь при попытке запустить runych2rdf.bat выдаётся вот это сообщение:

[Valery]

Чертовски извиняюсь - я собрал не статическую версию. Сейчас заменю.

[Valery]

перезалил