АвторТема: Мурочное древо. Вопросы дилетанта  (Прочитано 11407 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5536
  • Страна: hr
  • Рейтинг +3011/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #90 : 20 Июнь 2014, 23:13:05 »
Исходники с гаплотпами - y.ch/y.rdf. Оба файла существуют и содержат те самые 700 с гаком гаплотипов. Запускаю runmjstr.bat, тот рассчитывает всё за считанные микросекунды (хотя гаплотпов тьма, считать должно долго). Да и древо явно не то.

Вот мой runmjstr.bat.
murka -T "MJ" -S "VB|RSW|EM|THR2" -V "VP|VL|VR" -I 1 -F 20.0 -H "N" -P "1;1.4;2.25;5000;1;1.4;2.25;5000;0;0.75;500;50;33;" -C "0;50;0;" -M "0; 0; 0; 0; RESCHECK|FASTUNION|MORETREES; 1; 0; 0; SEP1|NTT|NT1|NT2|NTD|LEUC|PS|SL|NV|LE|PT|PTE|DA|NTDX|EXTV|EXTVDA|EXTVDAP|ASCPRN|EXPV|CUTRDA|EXTEEDA; 0; LBDA|UBRSPH|KEEPBND|BNDREPEATS3|BNDPERC2|EXTTEST2|EXTTESTP2|PRUNE3|REDREP3|PROCMSG1|NWPERFMON|REDPMLEV2|COMPLTRAVERSAL|KEEPTREE|OOO1|DEFERPW3; " -J 0 -X 0 -Y 0 -U 0 -W 0 -Z 0 -s "BCACHE|DCACHE|THASH" -j "CONSTSPLITS|EQSPLITS|PSHELLING|POSTPROC|CONTRACTNT2|ROOTING|ALLOWTERMROOT|MIDPOINTROOT|MSNCACHE|NWGRCACHE|FASTMJ|WPHEUR|MPSTAT|CONSTREE" -e 0 -x 0 -b 100 -f "NOFU|NS3|STAPPR|FH" -m 0.6 -n 100 -l 10 -t "RDF" -i "data\seq\y.rdf" -r "data\metric\states_str0050ineq_2_4" -d 0.8 -o "SEQTABLE|TAXATABLE|CHARTABLE|CHARCHNGTABLE|NW|NWEXT|STAT|STP|MPCOMPTABLE|MPRFTDMATRIX|MPPARTTABLE|MPTOPOTABLE|CHARSTTABLE|DMATRIX" -c "inn_" -p "nw" -q "stat" -u "nwlinktbl#" -O "seq.rdf" -w "distmx" -D "charsttbl" -z "taxatbl#" -a "chartbl#" -k "charchngtbl#" -Q "wtdistmx" -K "rftdistmx" -R "tcmptbl" -B "parttbl" -L "topotbl" -G "TRDF; 4; ROOTPREFERRED|DIST|CHNAMES|CHCHNG|TXFR|ROOTONLY|TREEONLY|NOPOOL|NOSEQ|MPPART; 4; 3; 0.0; 0.0; ; ; ; ; viz\nw#.txt; ; ; ; "
Прошу прощения, что вмешиваюсь)
Вроде как инпутом стоит "data\seq\y.rdf", а у хозяина они лежат в "Исходники с гаплотпами - y.ch/y.rdf".

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #91 : 21 Июнь 2014, 00:29:06 »
вот да, похоже так ((

Онлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 13007
  • Страна: az
  • Рейтинг +2991/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #92 : 23 Июнь 2014, 08:17:51 »
В смысле, исходник был y.ch, порождением которого является y.rdf.
Оба файла лежат по адресу \data\seq.

Вот я и думаю, может у меня в runmjstr.bat косяк есть?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100