АвторТема: Мурочное древо. Вопросы дилетанта  (Прочитано 14719 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #60 : 16 Февраль 2012, 12:58:05 »
Берешь runmj*.bat которым ты запускаешь программу. Заменяешь в выражении -N ... (оно обычно ближе к концу, перед графическими параметрами, хотя в принципе может быть где угодно) на результат деления ... на 25 или 30 по вкусу.
Тут * означает ещё фишку в том, что изменения нужно делать синхронно в обоих батах (и ...gv.bat - тоже).


только если будут использоваться все баты - тогда везде, да.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 16948
  • Страна: az
  • Рейтинг +5794/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #61 : 17 Февраль 2012, 11:02:18 »
Цитировать
Берешь runmj*.bat которым ты запускаешь программу. Заменяешь в выражении -N ... (оно обычно ближе к концу, перед графическими параметрами, хотя в принципе может быть где угодно) на результат деления ... на 25 или 30 по вкусу.Скажем, пусть у тебя дерево по 67, 1 Ро = 170 лет и поколение равно 25 годам. Было

-N 170

надо теперь

-N 6.8
Я запускаю прогу файлом Unroot.bat. Открыл, нашёл что-то типа -A "CONVERT" -N 124,698888 заменил на 5. Так годится? Почему у меня Ро какое-то не то? Можно ли отключить опцию подсчёта погрешностей? Шоб выдавало только поколения, без плюс/минус?


Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #62 : 17 Февраль 2012, 11:32:06 »
Почему у меня Ро какое-то не то? Можно ли отключить опцию подсчёта погрешностей? Шоб выдавало только поколения, без плюс/минус?

Ваши пожелания будут учтены разработчегами. Следите за обновлениями программы  ;D

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #63 : 17 Февраль 2012, 11:33:14 »
Цитировать
-N 124,698888

125 для 67 маловато. Ставь 175 и дели

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 16948
  • Страна: az
  • Рейтинг +5794/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #64 : 22 Февраль 2012, 09:28:21 »
Как я понимаю, рекомендуемые Ро для 67-маркёрных выборок - 175.
Какие рекомендуемые значения Ро для 12-, 25- и 37-маркёрных?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5976
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4147/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #65 : 22 Февраль 2012, 12:18:40 »
поколение / скорость мутации / количество маркеров

25/0.0025/67 = 149.25
30/0.0025/67 = 179.10

по аналогии и для 37 маркеров.

Если не прав - поправьте пож-та.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5976
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4147/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #66 : 22 Февраль 2012, 12:21:17 »
Вопрос.
Встречал, но не могу сейчас найти. Как раскрасить таксоны в выводимом графическом файле?

Вопрос решил. Всем спасибо.
« Последнее редактирование: 22 Февраль 2012, 12:44:10 от Тунец »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 16948
  • Страна: az
  • Рейтинг +5794/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #67 : 22 Февраль 2012, 16:09:53 »
Цитировать
Вопрос решил. Всем спасибо.
Тунец, просветите, как это сделать?

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5976
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4147/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #68 : 23 Февраль 2012, 13:06:23 »
Цитировать
Вопрос решил. Всем спасибо.
Тунец, просветите, как это сделать?
В муркином каталоге, по пути nw\viz\tpl\, лежит файлик-шаблон для графвиза. Называется nwtpl.txt.
В него прописал следующее:
Цитировать
overlap=false;
spline=true;
arrowhead=none;
orientation=portrait;
epsilon=0.1;
ratio = auto;
ranksep=1.0;
node [shape=ellipse, style=filled, fontcolor=blue4, fixedsize=true];
edge [color = blue4, style=solid, fontcolor=deeppink4, labelfontsize=10, decorate=false];

"Tillman_2CUV9"[color="#E6E6FA"];
"161778_161778"[color="#6495ED"];
"191700_191700"[color="#7FFFD4"];
и тд
Обратите внимание, в строке node убрал установку цвета таксона.
Далее в столбик перечисляются таксоны (так как они называются в ych-файле), и установки цвета для них. Так же можно определить форму узла (таксона) (shape=ellipse, например заменяем на shape=box).
Все варианты можно увидеть в замечательном мануале, ссылку на который дал уважаемый Шад.
Кода цветов можно почерпнуть тут.
« Последнее редактирование: 23 Февраль 2012, 13:20:00 от Тунец »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #69 : 23 Февраль 2012, 13:32:55 »
Еще есть возможность раскрасить узлы в зависимости от происхождения. Для этого надо указать в графических опциях мурки имя файла типа TXEXTRA с описанием популяций (сразу за именем файла шаблона tpl о котором писал Владимир) и разрешить группировку ключом POP в списке графических опций.



Пример файла:

1WYQRT82 TXEXTRA File

SECTION Comment
Name "EXA1 Extra"
Creator ""
Remark  ""
END

SECTION Populations
Populations 2
P "POP1" "darkgoldenrod3"
P POP2 magenta4
END

SECTION Taxa
Taxa 63
T "Nuu1a" "POP1"
T Nuu1b POP1
T Nuu1c POP2
T Nuu2a POP1
T Nuu2b POP2
T Nuu3 POP1
T Nuu4 POP1
T Nuu5a POP1
T Nuu5b POP1
T Nuu6a POP2
T Nuu6b POP2
T Nuu7 POP2
T Nuu8a POP1
T Nuu8b POP1
T Nuu9a POP1
T Nuu9b POP1
T Nuu10 POP1
T Nuu11a POP1
T Nuu11b POP2
T Nuu11c POP2
T Nuu11d POP1
T Nuu11e POP1
T Nuu12a POP1
T Nuu12b POP2
T Nuu12c POP1
T Nuu12d POP1
T Nuu12e POP1
T Nuu12f POP1
T Nuu12g POP2
T Nuu12h POP2
T Nuu12i POP2
T Nuu13 POP1
T Nuu14 POP1
T Nuu15a POP1
T Nuu15b POP1
T Nu16 POP1
T Nuu17 POP1
T Nuu18a POP1
T Nuu18b POP1
T Nuu19 POP1
T Nuu20a POP1
T Nuu20b POP1
T Nuu20c POP2
T Nuu21a POP2
T Nuu21b POP2
T Nuu21c POP2
T Nuu22a POP2
T Nuu22b POP2
T Nuu22c POP1
T Nuu23 POP2
T Nuu24a POP1
T Nuu24b POP1
T Nuu24c POP1
T Nuu24d POP1
T Nuu24e POP1
T Nuu24f POP2
T Nuu24g POP1
T Nuu25a POP2
T Nuu25b POP1
T Nuu25c POP1
T Nuu26 POP2
T Nuu27 POP1
T Nuu28 POP1
END

EOF

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #70 : 23 Февраль 2012, 13:35:03 »
Правда в случае если два одинаковых гаплотипа есть в разных популяциях то цвет будет выбран произвольно. Увы ГВ не дозволяет диаграммы.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5976
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4147/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #71 : 23 Февраль 2012, 14:04:08 »
Еще есть возможность раскрасить узлы в зависимости от происхождения. Для этого надо указать в графических опциях мурки имя файла типа TXEXTRA с описанием популяций (сразу за именем файла шаблона tpl о котором писал Владимир) и разрешить группировку ключом POP в списке графических опций.



Пример файла:
<skip>
Спасибо Валерий.
А есть возможность, привязать к происхождению популяции, форму контейнеров, содержащих название таксона?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #72 : 23 Февраль 2012, 14:10:58 »
нет, пока нет.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 16948
  • Страна: az
  • Рейтинг +5794/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #73 : 19 Июнь 2014, 12:34:36 »
Вопрос хозяину: есть ли ограничения по количеству гаплотипов в выборке?
Пытаюсь сваять древо из более чем 700 чел. - прога вылетает...

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #74 : 19 Июнь 2014, 12:35:34 »
нету. принципиально нету. Как именно вылетает?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.