АвторТема: Мурочное древо. Вопросы дилетанта  (Прочитано 14720 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #45 : 26 Сентябрь 2011, 16:07:48 »
Хорошо. Попробуйте запустить dot:

c:\gv\bin\dot.exe Tgif <входной файл> -o <выходной файл>

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #46 : 26 Сентябрь 2011, 16:09:44 »
Цитировать
Параметры viz\nw#.dot; viz\nw#.png; также нужно править?

не нужно: это шаблоны имен выходных файлов относительно "выходной" директории (в прилагаемом скрипте зовется nw)

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 92
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-Y38758
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #47 : 26 Сентябрь 2011, 16:10:33 »
c:\Program Files\Murka\nw\viz>c:\gv\bin\dot.exe Tgif nw_mp_1.dot -o 1.gif
Не удается выполнить указанную программу.

Может быть, с самим dot.exe проблема?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #48 : 26 Сентябрь 2011, 16:18:37 »
c:\Program Files\Murka\nw\viz>c:\gv\bin\dot.exe Tgif nw_mp_1.dot -o 1.gif
Не удается выполнить указанную программу.

Может быть, с самим dot.exe проблема?


Точно проблема. Это должно работать железно. Вот сцыла на более раннюю верси. такая у меня:

http://zalil.ru/31744711

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 92
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-Y38758
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #49 : 27 Сентябрь 2011, 08:02:31 »
Valery, спасибо. Теперь всё получилось. Правда, GraphViz автоматически так и не запускается (хотя и установлен в c:\gv; переменная среды прописана, пробовал как с указанием полного пути, так и без оного). Но вручную построить древо получилось.

А как сделать, чтобы корень древа располагался снизу, а не сверху?
« Последнее редактирование: 27 Сентябрь 2011, 09:12:28 от alexis »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 16948
  • Страна: az
  • Рейтинг +5794/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #50 : 27 Сентябрь 2011, 08:34:18 »
Серж, по возможности перенеси обсуждение Мурки, начавшееся с этого сообщения, в соответствующий отдел МУРа

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 92
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-Y38758
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #51 : 27 Сентябрь 2011, 09:09:12 »
Valery, с GraphViz разобрался - он не стартовал из-за того, что Мурка была распакована в Program files. Перенёс в корень диска C и заработало.  ;)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #52 : 27 Сентябрь 2011, 10:22:42 »
Valery, с GraphViz разобрался - он не стартовал из-за того, что Мурка была распакована в Program files. Перенёс в корень диска C и заработало.  ;)


Что-то странное. При тестировании самого Графвиза это не должно иметь значение.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #53 : 27 Сентябрь 2011, 10:32:07 »
А как сделать, чтобы корень древа располагался снизу, а не сверху?

в файле шаблона nwtpl.txt надо что-то написать .. Ох, забыл уже что. Может кто-то быстрее вспомнит. Какой-то атрибут графа на языке dot.

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 92
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-Y38758
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #54 : 27 Сентябрь 2011, 10:58:50 »
Valery, спасибо большое за помощь!

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1328/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #55 : 27 Сентябрь 2011, 11:24:38 »
Путь в dot.exe правильный, точно?

Версия GV какая? Я выкладывал здесь старую версию для Шада, говорят что на win7 с новыми проблемы.

Проблему Win7 решил таким образом:
Скорее всего посвященные это знают, но поделюсь интересным наблюдением для "новичков".
В директории Murka\nw\viz\ имеется файл .png размером 0 kb. Но при запуске открытия соответствующего dot-файла, через контекстное меню Открыть с помощью...|GVedit.exe в нем автоматически отображается дерево. После закрытия редактора файл опять обнуляется. С учетом того, что Graphviz у меня глючит, да и вообще, описанный уважаемым Фаррухом, алгоритм визуализации требует нескольких последовательных действий, считаю, что это более простой способ визуализации дерева.


Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #56 : 27 Сентябрь 2011, 11:40:32 »
все равно не пойму чем это лучше автоматической генерации графики и почему последняя не проходит на некоторых системах. Сейчас я за виндовым ноутом с win7 и там нормально работает тот же дистр (2.16), что я тестировал на всех прочих виндах. Никаких проблем с ним. Скажем, Виктор (Mougley) использует продвинуте фичи GV, ему поэтому удобнее сначала делать dot'ы а потом модифицировать их вручную, но если этого не требуется (мне точно не требуется) то лучше генерить автоматически, сразу же. Так можно обозреть все деревья разом.

Вообще я чаще юзаю вывод в TRDF. Может он не такой наглядный, но файлы быстрее открываются :) И вся та же инфа в них есть. Кроме того в TRDF можно выгрузить и исходные данные. В каком-то смысле это удобно - таблица с данными и слева - дерево чтобы видеть связи таксонов.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 16948
  • Страна: az
  • Рейтинг +5794/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #57 : 16 Февраль 2012, 11:02:01 »
Валерий, вынужден сознаться в непонятливости и в нубстве и повторить просьбу: как сделать так, чтобы возрасты узлов древа выдавались в поколениях? Желательно пошаговый инструктаж типа: заходишь сюды, кликаешь туды, в таком-то файле меняешь шило на мыло.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10072
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1369/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #58 : 16 Февраль 2012, 11:17:09 »
Валерий, вынужден сознаться в непонятливости и в нубстве и повторить просьбу: как сделать так, чтобы возрасты узлов древа выдавались в поколениях? Желательно пошаговый инструктаж типа: заходишь сюды, кликаешь туды, в таком-то файле меняешь шило на мыло.

Берешь runmj*.bat которым ты запускаешь программу. Заменяешь в выражении -N ... (оно обычно ближе к концу, перед графическими параметрами, хотя в принципе может быть где угодно) на результат деления ... на 25 или 30 по вкусу.

Скажем, пусть у тебя дерево по 67, 1 Ро = 170 лет и поколение равно 25 годам. Было

-N 170

надо теперь

-N 6.8


PS. Не забудь удостовериться что включена опция -A "CONVERT"

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 650
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #59 : 16 Февраль 2012, 12:28:57 »
Берешь runmj*.bat которым ты запускаешь программу. Заменяешь в выражении -N ... (оно обычно ближе к концу, перед графическими параметрами, хотя в принципе может быть где угодно) на результат деления ... на 25 или 30 по вкусу.
Тут * означает ещё фишку в том, что изменения нужно делать синхронно в обоих батах (и ...gv.bat - тоже).

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.