Мурочное древо. Вопросы дилетанта

[Valery]

Хорошо. Попробуйте запустить dot:

c:\gv\bin\dot.exe Tgif <входной файл> -o <выходной файл>

[Valery]

Параметры viz\nw#.dot; viz\nw#.png; также нужно править?

не нужно: это шаблоны имен выходных файлов относительно "выходной" директории (в прилагаемом скрипте зовется nw)

[alexis]

c:\Program Files\Murka\nw\viz>c:\gv\bin\dot.exe Tgif nw_mp_1.dot -o 1.gif
Не удается выполнить указанную программу.

Может быть, с самим dot.exe проблема?

[Valery]

c:\Program Files\Murka\nw\viz>c:\gv\bin\dot.exe Tgif nw_mp_1.dot -o 1.gif
Не удается выполнить указанную программу.

Может быть, с самим dot.exe проблема?

Точно проблема. Это должно работать железно. Вот сцыла на более раннюю верси. такая у меня:

http://zalil.ru/31744711

[alexis]

Valery, спасибо. Теперь всё получилось. Правда, GraphViz автоматически так и не запускается (хотя и установлен в c:\gv; переменная среды прописана, пробовал как с указанием полного пути, так и без оного). Но вручную построить древо получилось.

А как сделать, чтобы корень древа располагался снизу, а не сверху?

[Farroukh]

Серж, по возможности перенеси обсуждение Мурки, начавшееся с этого сообщения, в соответствующий отдел МУРа

[alexis]

Valery, с GraphViz разобрался - он не стартовал из-за того, что Мурка была распакована в Program files. Перенёс в корень диска C и заработало. 

[Valery]

Valery, с GraphViz разобрался - он не стартовал из-за того, что Мурка была распакована в Program files. Перенёс в корень диска C и заработало. 

Что-то странное. При тестировании самого Графвиза это не должно иметь значение.

[Valery]

А как сделать, чтобы корень древа располагался снизу, а не сверху?

в файле шаблона nwtpl.txt надо что-то написать .. Ох, забыл уже что. Может кто-то быстрее вспомнит. Какой-то атрибут графа на языке dot.

[alexis]

Valery, спасибо большое за помощь!

[Шад]

Путь в dot.exe правильный, точно?

Версия GV какая? Я выкладывал здесь старую версию для Шада, говорят что на win7 с новыми проблемы.

Проблему Win7 решил таким образом:

Скорее всего посвященные это знают, но поделюсь интересным наблюдением для "новичков".
В директории Murka\nw\viz\ имеется файл .png размером 0 kb. Но при запуске открытия соответствующего dot-файла, через контекстное меню Открыть с помощью...|GVedit.exe в нем автоматически отображается дерево. После закрытия редактора файл опять обнуляется. С учетом того, что Graphviz у меня глючит, да и вообще, описанный уважаемым Фаррухом, алгоритм визуализации требует нескольких последовательных действий, считаю, что это более простой способ визуализации дерева.

[Valery]

все равно не пойму чем это лучше автоматической генерации графики и почему последняя не проходит на некоторых системах. Сейчас я за виндовым ноутом с win7 и там нормально работает тот же дистр (2.16), что я тестировал на всех прочих виндах. Никаких проблем с ним. Скажем, Виктор (Mougley) использует продвинуте фичи GV, ему поэтому удобнее сначала делать dot'ы а потом модифицировать их вручную, но если этого не требуется (мне точно не требуется) то лучше генерить автоматически, сразу же. Так можно обозреть все деревья разом.

Вообще я чаще юзаю вывод в TRDF. Может он не такой наглядный, но файлы быстрее открываются И вся та же инфа в них есть. Кроме того в TRDF можно выгрузить и исходные данные. В каком-то смысле это удобно - таблица с данными и слева - дерево чтобы видеть связи таксонов.

[Farroukh]

Валерий, вынужден сознаться в непонятливости и в нубстве и повторить просьбу: как сделать так, чтобы возрасты узлов древа выдавались в поколениях? Желательно пошаговый инструктаж типа: заходишь сюды, кликаешь туды, в таком-то файле меняешь шило на мыло.

[Valery]

Валерий, вынужден сознаться в непонятливости и в нубстве и повторить просьбу: как сделать так, чтобы возрасты узлов древа выдавались в поколениях? Желательно пошаговый инструктаж типа: заходишь сюды, кликаешь туды, в таком-то файле меняешь шило на мыло.

Берешь runmj*.bat которым ты запускаешь программу. Заменяешь в выражении -N ... (оно обычно ближе к концу, перед графическими параметрами, хотя в принципе может быть где угодно) на результат деления ... на 25 или 30 по вкусу.

Скажем, пусть у тебя дерево по 67, 1 Ро = 170 лет и поколение равно 25 годам. Было

-N 170

надо теперь

-N 6.8


PS. Не забудь удостовериться что включена опция -A "CONVERT"

[Alexander]

Берешь runmj*.bat которым ты запускаешь программу. Заменяешь в выражении -N ... (оно обычно ближе к концу, перед графическими параметрами, хотя в принципе может быть где угодно) на результат деления ... на 25 или 30 по вкусу.

Тут * означает ещё фишку в том, что изменения нужно делать синхронно в обоих батах (и ...gv.bat - тоже).