АвторТема: Мурочное древо. Вопросы дилетанта  (Прочитано 11402 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 89
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-PH3893
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #30 : 26 Сентябрь 2011, 14:29:54 »
Valery,

в файле runmjstr.bat входной *.rdf-файл я должен задать в параметре -i?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #31 : 26 Сентябрь 2011, 14:30:22 »
Valery,

в файле runmjstr.bat входной *.rdf-файл я должен задать в параметре -i?

угу. Только теперь надо использовать runmjstrgv если нужен вывод в графику

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 89
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-PH3893
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #32 : 26 Сентябрь 2011, 14:35:50 »
А теперь говорит Error type: 29186; Code: 0; Source: Unknown; Description: Bad Data file format.  :-\

Не посмотрите, что же там неверно? Вроде всё правильно.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #33 : 26 Сентябрь 2011, 14:39:37 »
каким скритом запускалась Мурка? Можно выложить текст батника?

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 89
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-PH3893
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #34 : 26 Сентябрь 2011, 14:42:10 »
runych2rdf.bat:
prepare -T "YCH2RDF" -S "VB" -V "VP" -I "1" -F "20.0" -i "data\seq\Haplotypes.ych" -o "data\seq\Haplotypes.rdf" -s "data\metric\ymx" -p "INEQ|MX" -d 2 -n 2

runmjstrgv.bat:
murka -T "MJ" -S "VB|RSW|EM" -V "VP|VL|VR" -I 1 -F 20.0 -H "N" -P "1;1.4;2.25;5000;1;1.4;2.25;5000;0;0.75;500;50;33;" -C "0;50;0;" -M "0; 0; 0; 0; RESCHECK|FASTUNION|MORETREES; 1; 0; 0; SEP1|NTT|NT1|NT2|NTD|LEUC|PS|SL|NV|LE|PT|PTE|DA|NTDX|EXTV|EXTVDA|EXTVDAP|ASCPRN|EXPV|CUTRDA|EXTEEDA; 0; LBDA|UBRSPH|KEEPBND|BNDREPEATS3|BNDPERC2|EXTTEST2|EXTTESTP2|PRUNE3|REDREP3|PROCMSG1|NWPERFMON|REDPMLEV2|COMPLTRAVERSAL|KEEPTREE|OOO1|DEFERPW3; " -J 0 -X 0 -Y 0 -U 0 -W 0 -Z 0 -s "BCACHE|DCACHE|THASH" -j "CONSTSPLITS|EQSPLITS|PSHELLING|POSTPROC|CONTRACTNT2|ROOTING|ALLOWTERMROOT|MIDPOINTROOT|MSNCACHE|NWGRCACHE|FASTMJ|WPHEUR|MPSTAT|CONSTREE|NWAGE" -e 0 -x 0 -b 100 -f "NOFU|NS3|STAPPR|FH" -m 0.6 -n 100 -l 10 -t "RDF" -i "data\seq\Haplotypes.rdf" -r "data\metric\states_str0050ineq_2_4" -d 0.8 -o "SEQTABLE|TAXATABLE|CHARTABLE|CHARCHNGTABLE|NW|NWEXT|STAT|STP|MPCOMPTABLE|MPRFTDMATRIX|MPPARTTABLE|MPTOPOTABLE|CHARSTTABLE|DMATRIX" -c "inn_" -p "nw" -q "stat" -u "nwlinktbl#" -O "seq.rdf" -w "distmx" -D "charsttbl" -z "taxatbl#" -a "chartbl#" -k "charchngtbl#" -Q "wtdistmx" -K "rftdistmx" -R "tcmptbl" -B "parttbl" -L "topotbl" -G "GraphViz; 1; ROOTPREFERRED|CHNAMES|CHCHNG|TXNAMES|TXFR|TXFRSZ|TXCD|ROOTONLY|TREEONLY|NOPOOL|AGE|MPPART|CALL; 1.8; 1.1; 0.1; 2.0; 86.0; png; C:\gv\bin\dot.exe; C:\gv\bin\circo.exe; viz\nw#.dot; viz\nw#.png; viz\tpl\nwtpl.txt; ; "

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #35 : 26 Сентябрь 2011, 14:47:54 »
Все понял. Ума не приложу как во всех батниках проскочил файл метрики data\metric\states_str0050ineq_2_4 когда нужен data\metric\states_str0050ineq_2_2.

Вы можете тут же заменить, работать должно, а я поправлю скрипты в дистре.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #36 : 26 Сентябрь 2011, 14:48:15 »
Только у меня в GraphViz нет файла dot.exe  :(

а вот этого быть не может :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #37 : 26 Сентябрь 2011, 14:52:24 »
Понял что к чему. В дистре единственный образец файла с STR имеет размер числовых строк 4 символа, скрипт рассчитан на него. А пример с генерацией РДФ делает 2-символьные файлы. Все работает, но при попытке наладить производство RDF и затем использовать имеющийся скрипт выходит ошибка. Надо будет пофиксить это дело.

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 89
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-PH3893
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #38 : 26 Сентябрь 2011, 14:58:08 »
dot.exe нашёл (файлы были отсортированы не по алфавиту) :) Мурка отработала, GraphViz не запустился (-- A problem with an external program occurred). Запустил вручную, открыл nw_mp_1.dot, но древо не создалось.  :(
« Последнее редактирование: 26 Сентябрь 2011, 15:08:27 от alexis »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #39 : 26 Сентябрь 2011, 15:08:00 »
Путь в dot.exe правильный, точно?

Версия GV какая? Я выкладывал здесь старую версию для Шада, говорят что на win7 с новыми проблемы.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12998
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #40 : 26 Сентябрь 2011, 15:10:52 »
Цитировать
не надо Фаррух, лучше спроси что непонятно и тогда будет описание к новой!
Валер, посмотри этот унылый мануал, скажи, что там надо поправить, чтобы поциенту жить легче было?

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 89
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-PH3893
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #41 : 26 Сентябрь 2011, 15:13:17 »
Путь правильный, я специально прописал (c:\PROGRA~1\GRAPHV~1.29\bin\dot.exe; c:\PROGRA~1\GRAPHV~1.29\bin\circo.exe;) Версия 0.99 beta (по GVedit, по каталогу 2.29 - Graphviz2.29). У меня WinXP.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #42 : 26 Сентябрь 2011, 15:25:15 »
Путь правильный, я специально прописал (c:\PROGRA~1\GRAPHV~1.29\bin\dot.exe; c:\PROGRA~1\GRAPHV~1.29\bin\circo.exe;) Версия 0.99 beta (по GVedit, по каталогу 2.29 - Graphviz2.29). У меня WinXP.

а зачем тильды?

Все понятно. В моем собственном пособии про это написано - ввиду того что пути лежат внутри параметров -G в кавычках, еще одни кавычки будут губительны для скрипта. Поэтому следует

1) либо установить GV в папку путь к которой не содержит пробелов
2) либо прописать пути в переменных окружения и указывать просто dot.exe без пути

Просто переустановите Gv скажем в c:\gv или пропишите пути.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #43 : 26 Сентябрь 2011, 15:34:54 »
В пособии есть очень короткая секция

MURKA MJ/FN/RM: INPUT FILE FORMATS

которая вполне читабельна в отличие от остального что я там понаписал )

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 89
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-PH3893
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #44 : 26 Сентябрь 2011, 15:47:07 »
Переустановил в c:\gv. Проблема та же: A problem with an external program occurred. ::)

Параметры viz\nw#.dot; viz\nw#.png; также нужно править? Попробовал подставить viz\nw_mp_1.dot; viz\nw_mp_1.png, но результат тот же...
« Последнее редактирование: 26 Сентябрь 2011, 15:59:15 от alexis »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100