Дорогой брат Farroukh!
Попробовал с помощью "Мурки" построить филогенетическое древо. Сначала не удавалось получить даже файл *.rdf. Оказалось, что в нынешнем комплекте "Мурки" (murka-1.3.1b-win32.zip) в файле runych2rdf.bat прописаны иные параметры - там -p "BINARIZE|MX" -d 1 -n 2, а у Вас на картинке -p "INEQ" -d 2 -n 2. Поменял на -p "INEQ" -d 2 -n 2, файл *.rdf создался.
Но файл nw_mp_1.dot так и не создаётся. Полагаю, что и в runmjstr.bat также что-то отличается от прописанного в Вашем файле.
Не смогли бы Вы выложить содержимое Вашего runmjstr.bat для сравнения?
Кроме того, в комплекте "Мурки" отсутствуют упомянутые Вами в описании файлы Ych2rdfINEQ.bat и UnRoot.bat. Их нет и в нескольких последних комплектах (murka-1.3.0-win.zip, murka-1.2.4b-win.zip).