АвторТема: Мурочное древо. Вопросы дилетанта  (Прочитано 11403 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #15 : 19 Сентябрь 2011, 14:44:23 »
Живя в теплом климате, нет потребности оптимизировать свой генетический код.

E1 Мурка не нужна?  :)

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12998
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #16 : 19 Сентябрь 2011, 15:18:16 »
Цитировать
умножь не на

175

а на

175/(длина мужского эээ... поколения)
Это всё надо едитить в ych2rdf.bat файле? И шо, тады возраст будет выдаваться в поколениях?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #17 : 19 Сентябрь 2011, 15:32:50 »
То есть, ставишь число, которое получится в результате вычисления 1/(67*скорость мутаций)
скорость мутаций:
клёсовская 0.00216
для N1 - 0.00288

Не забывай вместо запятых в бате точки ставить

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #18 : 19 Сентябрь 2011, 15:56:39 »
Фаррух, это не в ych2rdf а в при запуске самой Муры. См опцию -N

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #19 : 19 Сентябрь 2011, 16:26:43 »
См опцию -N

 ;D
 
А с опцией -I пройдет?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #20 : 19 Сентябрь 2011, 17:02:06 »
См опцию -N

 ;D
 
А с опцией -I пройдет?


угу :) Это опция постановки на счетчик  ;D

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 89
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-PH3893
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #21 : 26 Сентябрь 2011, 08:41:06 »
Дорогой брат Farroukh!

Попробовал с помощью "Мурки" построить филогенетическое древо. Сначала не удавалось получить даже файл *.rdf. Оказалось, что в нынешнем комплекте "Мурки" (murka-1.3.1b-win32.zip) в файле runych2rdf.bat прописаны иные параметры - там -p "BINARIZE|MX" -d 1 -n 2, а у Вас на картинке -p "INEQ" -d 2 -n 2. Поменял на -p "INEQ" -d 2 -n 2, файл *.rdf создался.

Но файл nw_mp_1.dot так и не создаётся. Полагаю, что и в runmjstr.bat также что-то отличается от прописанного в Вашем файле.

Не смогли бы Вы выложить содержимое Вашего runmjstr.bat для сравнения?

Кроме того, в комплекте "Мурки" отсутствуют упомянутые Вами в описании файлы Ych2rdfINEQ.bat и UnRoot.bat. Их нет и в нескольких последних комплектах (murka-1.3.0-win.zip, murka-1.2.4b-win.zip).

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #22 : 26 Сентябрь 2011, 10:54:20 »
Дорогой брат Farroukh!

Попробовал с помощью "Мурки" построить филогенетическое древо. Сначала не удавалось получить даже файл *.rdf. Оказалось, что в нынешнем комплекте "Мурки" (murka-1.3.1b-win32.zip) в файле runych2rdf.bat прописаны иные параметры - там -p "BINARIZE|MX" -d 1 -n 2, а у Вас на картинке -p "INEQ" -d 2 -n 2. Поменял на -p "INEQ" -d 2 -n 2, файл *.rdf создался.

Но файл nw_mp_1.dot так и не создаётся. Полагаю, что и в runmjstr.bat также что-то отличается от прописанного в Вашем файле.



В дистре задан вывод в TRDf. ОК, я сделаю второй вариант где будет GV. Кроме того, добавлю INEQ скрипт для prepare.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12998
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #23 : 26 Сентябрь 2011, 12:23:44 »
Алексей, должен принести свои извинения. Изначально мануал писался к старой версии мурки, где всё работало. Я решил адаптировать его подновую версию, просто поменяв соответствующие имена файлов, но, как выяснилось, это не катит.

Буду пытаться восстановить описание к старой версии.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #24 : 26 Сентябрь 2011, 13:09:01 »
Добавил runmjstrgv с выводом в GV и возрастами. Также заменил runych2rdf, старый был бинарным и потому теперь переименован в runych2rdfbin.

"У меня работает" (С)  ;D

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #25 : 26 Сентябрь 2011, 13:09:50 »
Буду пытаться восстановить описание к старой версии.

не надо Фаррух, лучше спроси что непонятно и тогда будет описание к новой!  :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #26 : 26 Сентябрь 2011, 13:21:36 »
Да, по умолчанию он выводит возраст в Ро. Чтобы было в годах на до добавить в runmjstrgv

-A "CONVERT" -N <сколько лет в 1 Ро, на 67 локусах это порядка 170>

Оффлайн alexis

  • Сообщений: 89
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3/-0
  • Russian in E1b1b1b2a1d*
  • Y-ДНК: E-PH3893
  • мтДНК: N1b1b2
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #27 : 26 Сентябрь 2011, 13:47:44 »
Теперь при попытке запустить runych2rdf.bat выдаётся вот это сообщение:

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #28 : 26 Сентябрь 2011, 14:13:13 »
Чертовски извиняюсь - я собрал не статическую версию. Сейчас заменю.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Мурочное древо. Вопросы дилетанта
« Ответ #29 : 26 Сентябрь 2011, 14:23:03 »
перезалил

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100