Гаплогруппа Q: новые снипы

[Centurion]

Я думал с уходом Крана там все затухнет с новыми снипами.

Так они просто взяли наработки YFull (Semargl, Centurion et al). Причем взяли весьма неочевидным для самих первооткрывателем образом:)

Интересно, по чьей просьбе это сделали и кто выбирал снипы.

да. если бы спросили, то мы бы самые сливки отобрали бы

[Шад]

На FTDNA форма соответствующая появилась

SNP Request Form
Please use this form to request our lab research a new SNP and make it available for sale. Note that not all SNPs requested will be approved.

https://gap.familytreedna.com/ydna-snp-request.aspx
Для залива сливок.

Сами зальёте? Или пишите мне на ЛС - я как заслуженный Q1b сам обращусь:)

[Centurion]

Сами зальёте? Или пишите мне на ЛС - я как заслуженный Q1b сам обращусь:)

я думаю эта форма долго не протянет - завалят их нафиг )))

[Шад]

Сами зальёте? Или пишите мне на ЛС - я как заслуженный Q1b сам обращусь:)

я думаю эта форма долго не протянет - завалят их нафиг )))

Рано радовались мы...

Я направил заявку на включение в список услуг FTDNA исследование снипа М2119. Выяснилась такая деталь: если снип был открыт не в процессе WTY или отсутствует в Geno 2 Chip, то необходимо, чтобы снип был открыт двумя разными группами исследователей.

Хотя это правильно. Так что у нас теперь есть резон обеспечить синхронизацию снипов FG и Y. По крайней мере в части гаплогруппы Q.

[Centurion]

да... ерунда какая-то... щас прямо взять и наделать синонимов, а смысл?

[Шад]

да... ерунда какая-то... щас прямо взять и наделать синонимов, а смысл?

Снип должен быть подтвержден двумя группами исследователей. Но это критично, если мы исходим из того, что помещение снипа в панель заказа ФТДНА есть высшее признание заслуг и предел мечтаний:)
А если это не волнует, то можно никуда и не писать.

Вообще они хорошо придумали. Сэкономили на команде Крана и на закрытии нерентабельной программы WTY... И теперь хотят все иметь бесплатно. На блюдечке с голубой каемочкой. С филогенетической позицией и двумя подтверждениями независимых исследователей.
Кстати, вот и объяснения почему из Y они выбрали именно эти снипы. Видимо у них есть синонимы.

[Semargl]

да... ерунда какая-то... щас прямо взять и наделать синонимов, а смысл?

Снип должен быть подтвержден двумя группами исследователей. Но это критично, если мы исходим из того, что помещение снипа в панель заказа ФТДНА есть высшее признание заслуг и предел мечтаний:)
А если это не волнует, то можно никуда и не писать.

Пока нет БАМов мы не сможем подтвердить эти снипы.

[Centurion]

Видимо у них есть синонимы.

может в потустороннем мире только  мы не знаем

[Шад]

По результатам обработки данных FYS по двум Q1b-L245 сделаны следующие корректировки в дереве YFull

С уровня Q-Y1144 на уровень Q1b
Y1111
Y1167

С уровня Q-Y1150 на уровень Q1b
Y1139
Y1142
Y1153
Y1160
Y1164
Y1166
Y1169
Y1180
Y1195
Y1200
Y1226
Y1240
Y1254
Y1256

[Semargl]

Новая версия схемы, с учетом исправлений.
https://docs.google.com/file/d/0B-b3KeGG3Un1QncwQXQybW4tVTA/edit?usp=drive_web
Синим выделены снипы из серии Y, доступные для заказа в FTDNA.

[Шад]

По данным исследования шести образцов полного сиквенса Y-хромосомы получена следующая структура субклада Q1b1a-L245
L245
.......... FG862 (общий снип для Ar/AJ ветви и PGP130)
................... FG857, FG865, 827, 844, 847 (общий для ветви Ar/AJ)
.............................. FG877, 889-881, 883-925 (ветвь Ar L245+)
.............................. FG837-856, 858-861, 863, 864, 866, 869-873, 825, 826, 828-830, 839, 840, 843, 845, 846, 867, 868, 874 (ветвь AJ L245+)

Ar - армянская ветвь L245+ (не включая образцы, ранее идентифицированные как L619+: E5340, 191379)
AJ - ашкеназская ветвь L245+
PGP130 - образец из проекта PGP, марокканское происхождение, возможно еврейское.



According to a study of six full Y sequences samples we defined the following structure of L245 subclade:
L245
.......... FG862 (common for Ar/AJ and PGP130 sample)
................... FG857, FG865, 827, 844, 847 (common for Ar/AJ)
.............................. FG877, 889-881, 883-925 (Ar branch)
.............................. FG837-856, 858-861, 863, 864, 866, 869-873, 825, 826, 828-830, 839, 840, 843, 845, 846, 867, 868, 874 (AJ branch)

Ar - means SNPs that are specific for the Armenian branch
AJ - means SNPs that are specific for Ashkenazi branch

PGP130 - sample from the Personal Genomes Project (PGP), Moroccan ancestry

[Шад]

Меня спрашивают насчет шести образцов.
Поясняю:
2 образца L245+ (армянское происхождение, еврейское происхождение) - тест FYS
1 образец - PGP130
3 образца - из проекта 1K Genomes
HG03914 (BEB)   - Bengali in Bangladesh            Y1212/Y1218+
HG03652 (PJL)   - Punjabi in Lahore,Pakistan     Y1212/Y1218+, Y1144+
HG03864 (ITU)     - Indian Telugu in the UK          Y1212/Y1218+, Y1144+

Первоначальный анализ полиморфизмов был произведен Грегори Магуном (Full Genomes), детальный анализ и филогенетическая привязка снипов была выполнена мною.
Анализ был проведен с учетом снипов Y-серии, обнаруженных командой YFull в ходе анализа образцов и проекта 1K Genomes. В результате была уточнена филогенетическая позиция ряда снипов Y-серии.

[Шад]

В Wish list к Томасу Крану внес Q-Y1150 и Q-Y1144
http://www.yfull.com/tree/Q-Y1150/
Посмотрим как быстро dream come true;)

UPD Доллар переплатил:) Y-1144 и так есть в списке FTDNA, но пока нет кандидатов на тестирование.
Q-Y1150 имеется в списке FTDNA в виде двух потенциально одноуровневых снипов Y1212 и Y1218. Но пока единственный протестированный L275+ M378- оказался и Y1212-.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,2852.msg210419.html#msg210419

[Шад]

В Wish list к Томасу Крану внес Q-Y1150 и Q-Y1144
http://www.yfull.com/tree/Q-Y1150/
Посмотрим как быстро dream come true;)

UPD Доллар переплатил:) Y-1144 и так есть в списке FTDNA, но пока нет кандидатов на тестирование.
Q-Y1150 имеется в списке FTDNA в виде двух потенциально одноуровневых снипов Y1212 и Y1218. Но пока единственный протестированный L275+ M378- оказался и Y1212-.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,2852.msg210419.html#msg210419

Оба снипа уже доступны для заказа!
Y1144 and Y1150 are available for order!
http://shop.yseq.net/index.php?manufacturers_id=32

[Шад]

Новые снипы для гаплогруппы Q доступны для заказа в YSeq у доктора Крана.

New SNPs are available for order at YSeq (laboratory of Dr. Krahn). Recommended for advanced testing for all Q-M378 (aka Q1b1).
http://shop.yseq.net/index.php?cPath...a&filter_id=32

Диаграмма с картинками для гаплогруппы Q-L275
http://goo.gl/KTj0Rw

Дерево снипов Q-L275 c YFull
http://yfull.com/tree/Q-L275/

Новейшая статья о структуре SNP субклада Q-M378:
http://rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/view/132/151