АвторТема: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ  (Прочитано 35263 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #270 : 02 Декабрь 2013, 20:08:52 »
Ничего не надо исправлять.
Всё уже, почти уверен, сделано. Коль скоро скрипт что-то некоторое время считает.
Посмотрите папку (в директории, где Вы установили Мурку) nw / viz /
Есть ли там файлы с расширением .dot?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #271 : 02 Декабрь 2013, 20:10:34 »
Следующий шаг: найдите ГрафВиз (файл gvedit.exe) и запустите его.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #272 : 02 Декабрь 2013, 20:13:30 »
Иконкой Открыть, откройте, к примеру, первый в списке .dot файл из под директории с Муркой nw / viz /.

Интерфейс там интуитивно понятный.
Как сохранить картинку (также, как и о предыдущих шагах) в ветке уже написано.
Если и с этим не совладаете, то добрые люди помогут.

Оффлайн Михаил Ночевной

  • Сообщений: 2131
  • Страна: ru
  • Рейтинг +173/-12
  • Y-ДНК: G2a2 (L1264+)
  • мтДНК: U5a1
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #273 : 02 Декабрь 2013, 20:28:47 »
Следующий шаг: найдите ГрафВиз (файл gvedit.exe) и запустите его.
Спасибо! Я ваш должник! Графвиз открыл файл, единственно почему иногда пишет еррор и вылетает, но работает, я использовал исходные данные - чужой пример, теперь буду строить дерево L1264+, где не 3 гаплотипа, суть вроде понял.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #274 : 02 Декабрь 2013, 20:35:56 »
Ну, и славно!

:)

Оффлайн dimm

  • Сообщений: 94
  • Страна: ru
  • Рейтинг +28/-0
  • Y-ДНК: N1c1*
  • мтДНК: V1a1
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #275 : 03 Январь 2014, 16:19:36 »
подскажите плз по совсем дилетантскому вопросу:
в Мурке построено некое корневое дерево из 24 гт. и посредством Графовиза сохранено в виде картинки по ссылке
https://www.dropbox.com/s/e52dioputu8l0m6/m458_274033_p25_m0028.png

в каждом узле ветвления графа указан ВБОП.
не совсем понимаю, как считается ВБОП между между гаплотипами, расположенными на не смежных ребрах графа?
например, в приведенным, как мне кажется не очень удачном варианте дерева, хотелось бы оценить ВБОП допустим для 274033_chuvash_L1029? и 81980_pl_L1029+
1. просто по метке узла ветвления, являющейся корнем для подграфа, к которому принадлежат искомые вершины-гаплотипы 27403 и 81980 т.е. в данном случае  1064.00+-189.25y?
2. или какая-нибудь другая формула или алгоритм, например, как сумма ВБОП каждого узла ветвления на пути из вершины А в вершину Б деленное на что-то?...


Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12855
  • Страна: az
  • Рейтинг +2902/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #276 : 09 Январь 2014, 20:44:09 »
Цитировать
по метке узла ветвления, являющейся корнем для подграфа, к которому принадлежат искомые вершины-гаплотипы 27403 и 81980 т.е. в данном случае  1064.00+-189.25y?
Именно так

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12855
  • Страна: az
  • Рейтинг +2902/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #277 : 25 Ноябрь 2014, 09:24:27 »
Добавил про 111 маркёров. Попробуем строить деревья из 111-маркёрных гаплотипов.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #278 : 25 Ноябрь 2014, 11:55:09 »
Эх, забыл, что База Семаргла закрыта на переучёт.
А то уже рванулся было потренироваться.     :-X

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12855
  • Страна: az
  • Рейтинг +2902/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #279 : 25 Ноябрь 2014, 12:09:00 »
Я сам уже тренировался. Думаю, "массы" для новых маркёров (67-111) всё же нуждаются в уточнении.
Валерий предложил оставшиеся 44 маркёра разбить 4 панели. В первой (самой медленной) назначить "массу" как 20, далее 15, потом 10, и, наконец, 5. Скорее всего, их надо будет уточнять.

Для сравнения два древа одних и тех же гаплотипов из 67 (первое) и 111 (второе) маркёров:





Сами видите, топологии различаются. Участники древа - представители клана Килпатрик/Колхаун, предок которых жил около 1000 лет назад.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #280 : 25 Ноябрь 2014, 12:18:50 »
Понятное дело что отличаются.

Смотрим вместе на раз-два-три:

Не факт, что имеем однозначные списки. То есть, скорее всего, список 67-маркерных приближенцев не идентичен списку 111-маркерных приближенцев. Хотя бы из-за того, что не все сделавшие 67 маркеров проапгредились до 111. Раз.

На 67 маркерах были относительно близко, а на 111 разбежались. Кто-то, напротив, на 111 маркерах стал ближе. Два.

Имеем множество равновероятных топологий. Более того, не факт, что наиболее вероятная топология является ближе всех к истиной. Если говорить о топологиях равновероятных, то это как вытянуть наугад карту из колоды. Три.

*** Извиняюсь за некоторую расплывчатость пункта нумеро трес. Пятый час ночи. Отработал 12 часовой шифт. Спать хоцца. Надеюсь, что всё равно получилось достаточно понятно.     :)

Оффлайн varang

  • Сообщений: 4393
  • Страна: fi
  • Рейтинг +1335/-6
    • Проект "R1a-Y417 & Subclades" (M458>L1029>YP417)
  • Y-ДНК: R1a-L1029-YP417 [Belarus], МЖМ: C-M407-F8465-Z4328 [Buriaad-Mongol]
  • мтДНК: H2a1 [Ukraine]
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #281 : 25 Ноябрь 2014, 13:12:52 »
TREE в базе Семаргла сегодня уже вроде как работала. Там еще разных карт по гг и снипам не было, и других инструментов, а Трии уже было сегодня, ну и Поиск был, соотвественно.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #282 : 25 Ноябрь 2014, 20:23:29 »
TREE в базе Семаргла сегодня уже вроде как работала. Там еще разных карт по гг и снипам не было, и других инструментов, а Трии уже было сегодня, ну и Поиск был, соотвественно.

А у меня нет выхода на все сохранённые в фаворитах страницы сайта.
Может не в то время смотрю.

В любом случае, отмашки от Семаргла о полном функционировании Базы ещё не поступало.  :)

Оффлайн slau

  • Сообщений: 56
  • Страна: ru
  • Рейтинг +14/-0
  • Y-ДНК: N-Y31247
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #283 : 20 Май 2015, 19:04:27 »
Здравствуйте!
Подскажите, можно ли использовать мурку для расчетов по 37и / 25и маркерным гаплотипам? Какие изменения при этом надо вносить в скрипты запуска?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12855
  • Страна: az
  • Рейтинг +2902/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #284 : 29 Май 2015, 13:03:17 »
Цитировать
можно ли использовать мурку для расчетов по 37и / 25и маркерным гаплотипам? Какие изменения при этом надо вносить в скрипты запуска?
Можно. Изменится ych-файл в верхней строчке:

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100