АвторТема: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ  (Прочитано 35542 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #30 : 09 Сентябрь 2011, 18:03:07 »
Нашёл.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #31 : 09 Сентябрь 2011, 18:24:14 »
Как запустить бат-файл в режиме совместимости?

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #32 : 09 Сентябрь 2011, 18:40:38 »
Свойства
Совместимость
Запусить программу в режиме совместимости с Windows XP

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #33 : 09 Сентябрь 2011, 18:54:14 »
Т.е. как обычно. Но результата нет.
mougley, а у Вас какая версия программы? У меня файла UnRoot совсем нет. Файл ych2rdf называется по-другому и там в конце прописано BINARIZE|MX , а не INEQ, как в примере Фарруха.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #34 : 09 Сентябрь 2011, 20:40:35 »
Жаль, с наскоку освоить М-у не получилось. Времени уже не остаётся, пора ехать в аэропорт (убываю в отпуск).
Фаррух и заинтересованные здесь лица, надеюсь, к возвращению через пару недель, вы все станете продвинутыми "муроведами" и не откажете в "вытаскивании за волосы" (бутстреп?) тёмного и отсталого дилетанта.

Уважаемый Фаррух. Раз уж Вы взялись за тяжёлую миссию привнесения света в тёмное царство филогении, не сочтите за труд сделать ещё т.н. "Тестовый набор наномурофила", который может представлять из себя некую папку-чемоданчик с набором Лего-блоков.
В набор включить (бы хорошо бы):
- исходную выборку в экселе (минимум, желательно 3X3, ну или 3X6,  чтобы легко проверялось);
- её же, но *.ych;
- её же *.rdf;
- Ych2rdfINEQ.bat, заточенный под исходник;
- UnRoot.bat так же заточенный;
- результирующий nw_mp_1.dot для привыкания к фишкам Графвиза.
По идее этого достаточно, но для фирмЫ - положить инструкцию (хотя она уже выложена).

Если эта тест-штука будет ещё и работать, то предположу, что народные массы чайников поставят автору памятник при жизни героя.


Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #35 : 09 Сентябрь 2011, 20:47:11 »
Т.е. как обычно. Но результата нет.
mougley, а у Вас какая версия программы? У меня файла UnRoot совсем нет. Файл ych2rdf называется по-другому и там в конце прописано BINARIZE|MX , а не INEQ, как в примере Фарруха.
Можно указать совместимость, как бата, так и exe-файла.

Файл murka.exe от 29/03/2011

Unroot и др. - баты, созданные мною для своих собственных надобностей (в зависимости от количества маркеров, гаплогруппы, наличия корневого гаплотипа для данного конкретного расчёта).

BINARIZE -расчёты по бинарному *.rdf (вид DYS393 1:0 или DYS393 0:1 в зависимости от возрастания и убывания маркера).
Такой графический выход мне нравится намного меньше, чем по рассчётам INEQ (вид DYS393 18:17 или DYS393 18:19 в зависимости от возрастания и убывания маркера).

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #36 : 09 Сентябрь 2011, 21:25:53 »
Спасибо, теперь понятней. Фарруху следовало бы объяснить. что файлы о которых идёт речь в мануале,не стоит искать в дистрибутиве, а надо  создавать самостоятельно и дать примеры таких файлов. Пример файла ych2rdf в мануале  есть на картинке. Других нет. Есть примеры и у Валерия в дистрибутиве, но другие варианты,для других условий. В мануале для дилетанта надо дать самые простые варианты, а дальше кто захочет(и сможет) пусть пробует другие.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #37 : 11 Сентябрь 2011, 19:23:39 »
Ну и ну! Нет слов ) Поговорил сегодня с Муркой она говорит что очень благодарна Фарруху и всем-всем за написание мануала переводящего ее муркания на человеческий язык  ;D

ЗЫ. Я меня теперь скверный инет. Совершенно невозможно законнектиться. Неуважает ростелеком нашу деревню, не уважает :(

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5536
  • Страна: hr
  • Рейтинг +3009/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #38 : 11 Сентябрь 2011, 20:28:07 »
Чем отличается ych-файл Мурки от нетворковского? По описанию Фарруха ничем. Тем не менее мой файл, работавший в Нетворке, Мурка не захотела обрабатывать. А вот ych-файл, который в виде образца был в дистрибутиве преобразовывался в рдф нормально и направлялся в заданную папку. Как ни пытался, ничего не вышло. На этом этапе несколько месяцев  назад и закончилась моя первая попытка освоения Мурки.
Проблема может заключаться в "непечатаемых символах", например:
Цитировать
118564_118564_Ashkenazi_Levites
13,26,15,10,11,14,12,12,10,13,11,30,14,9,10,11,11,24,14,20,30,12,12,15,15,11,11,19,23,14,15,18,22,35,38,14,11,11,8,17,17,8,11,10,8,11,10,12,22,22,15,10,12,12,14,8,14,23,21,12,12,11,13,10,11,12,13
1
если после названия таксона, вместо/перед переводом строки будет идти пробел, то при конвертировании выскочит ошибка.
Попробуйте открыть свой файл в текстовом редакторе и включить опцию "отображать непечатаемые символы".
Надеюсь мой совет поможет Вам.

И огромное спасибо Фарруху за мануал, теперь большему количеству людей программа будет доступна для понимания и работы.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #39 : 11 Сентябрь 2011, 20:58:09 »
Да, наверное дело в пробелах. Нетворк для имен таксонов отсчитывает ровно 6 символов среди которых вполне могут быть пробелы в то время как Мура не дозволяет внутри имен всякую хренотень но в то же время не ограничивает их длину. Список хренотени есть в пособии которое лежит в дистре:

B. RDF File
 
The RDF file format was introduced by A.Rohl in 90s for using with their program Network (now Network(R) of Fluxus). We do not present any formal definition of this format, however some differences between the original RDF and that expected by Murka will be described here in detail.
 
1. Taxa and characters names are not limited in length; the following example is valid for Murka:
 
              bbdddd
              iinnnn
              nnaaaa
              cccccc
              hhhhhh
              aaaaaa
              rrrrrr
              aaaaaa
              cccccc
              tttttt
              121234
                   
T2b\nAY495305 00TGTC 01
T2a\nAY495304 01TGTC 01

2. If the first taxa row does not follow the last character name row immediately,
the rows between them should contain only spaces and be the same length as the character name rows. The contrary, only newline characters (and no spaces) are allowed between taxa rows and weight row. Here is an example where "//" is placed exactly after the last space in the row:

  123
     //5 spaces
A 000 01
X 100 01
R 010 01
S 001 01
B 011 01
Y 111 01
//0 spaces
101010

3. Both UNIX (LF) and MS Windows (CRLF) endlines are recognizable by Murka.
 
4. The above examples can be successfully parsed only if "datasize" is set to 1 and "numdatasize" is 2, see the previous section. Here is an example to be processed with datasize = 2 and numdatasize = 3 values:
 
  D D D D
  Y Y Y Y
  S S S S
  3 3 1 3
  9 9 9 9
  3 0 / 1
  3     
  9     
  4     
         
         
1 12231410 001
2 12231510 001
3 12241410 001
4 12241510 001
5 12241510 001

010010010010

In the above example each column with a character name is followed by one column of spaces to fill the place which remains because each cell with data has size 2. If "datasize" value is set to 3 Murka expects 2 columns of spaces after each name column, etc.

Taxa frequencies can be also aligned right within the space allocated for them:

1 12231410   1
2 12231510   1

1 12231410 001
2 12231510 001

5. There cannot be ending spaces in the rows with non-empty data, with the only exception of character names with "datasize" > 1, as it was described above, they should be left-aligned with spaces on the right.
 
6. We strongly recommend to name columns and rows using only English letters, digits, hyphen and underscore. Spaces are not allowed, some characters ("@", ":", ";", ",", "{", "}", "<" and ">") already have special use and this list will be extended shortly.
 
7. Note that taxa frequency records have the same (variable) size as those for weights, while in the original version of RDF they are independent and fixed.

YCH там не описан увы.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5678
  • Страна: 00
  • Рейтинг +537/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #40 : 11 Сентябрь 2011, 21:17:53 »
Цитировать
We strongly recommend


Вспомнилось :)

Цитировать
АК: - Никогда не говорите "мы"! ...
Боромир: - Да, мой фюр Анатолий Алексеевич! Как говаривал мой научный руководитель, "Мы - это кто? Я и мой сифилис?"

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12998
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #41 : 12 Сентябрь 2011, 12:51:44 »
При наличии подключения к Интернету процесс создания *.ych файла можно ускорить при помощи этого сайта.

Скопируйте ваши гаплотипы (только сами гаплотипы и их обозначения, без обозначения маркёров и скоростей) в соответствующее поле, выставите настройки согласно этому рисунку и нажмите кнопку Execute:

В появившемся новом окне будет форма с гаплотипами в формате ych:

Скопируйте гаплотипы оттуда, удалив строки modal, модальный гаплотип и единицу, а также добавьте под обозначениями маркёров их скорости. Словом, сделайте из него нормальный ych-файл.

Уважаемые админы, прошу добавить вышенаписанную вставку в основной мануал перед следующим абзацем:

Цитировать
Ещё раз повторю: вы можете подготовить этот файл иначе, всё зависит от ваших познаний вордо-экселя. Просто в результате надо получить текстовый файл в том оформлении, что на скриншоте и сменить его расширение на *.ych. Важно: этот файл не должен содержать пробелов! Не используйте пробелы в обозначении гаплотипов! Используйте только латинские буквы!

Впредь я бы хотел иметь доступ к теме с мануалом, чтобы оперативно вносить дополнения и изменения. Возможна ли сия роскошь?
« Последнее редактирование: 12 Сентябрь 2011, 13:26:15 от Farroukh »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12998
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #42 : 12 Сентябрь 2011, 12:59:04 »
Также просьба поправить ссылку на дистрибутив Мурки в первом сообщении:
Там должна быть эта ссылка:
http://turboupload.com/njjv4se4frlb
вместо этой:
http://sourceforge.net/projects/phylomurka/files/murka/murka-1.3.1b/murka-1.3.1b-src.tar.gz/download

Эта ссылка ведёт на старую версию Мурки, с которой я работал и для которой, собственно, и написан мануал. Когда поциенты научаться работать с Муркой, то пусть они сами уже скачивают более свежие версии и Мурки и ваяют там свои быдло-древа.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #43 : 12 Сентябрь 2011, 13:00:13 »
Впредь я бы хотел иметь доступ к теме с мануалом, чтобы оперативно вносить дополнения и изменения. Возможна ли сия роскошь?
уже имеешь

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #44 : 12 Сентябрь 2011, 13:05:35 »
При наличии подключения к Интернету процесс создания *.ych файла можно ускорить при помощи этого сайта.
Адрес сайта в Вашем сообщении получился такой: http://   Дальше ничего нет.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100