Собственно, в файле install.txt дистирибутива для windows написано про Графвиз:
We recommend to place it into c:/gv directory, otherwise you
have to change paths in Murka's ./sample directory.
несколько лаконично, но суть понятна. Еще можно прописать пути с гв в переменные окружения. Под линуксом бинарники gv обычно сидят в /usr/bin либо /usr/local/bin поэтому и проблемы с путями нет, bash их прекрасно знает. Правда, должен признать, для Линукса я поддерживают автоматическую установку автотулзами, ну а виндовый порт мурки так, ручками ((