MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ

[Mich Glitch]

Люди добрые!

Ответьте, пожалуйста, кто знает.

Как перевернуть дерево, чтобы гаплотип, на который делается укоренение, был внизу?

*** Извиняюсь, если ответ на вопрос уже где-то проскакивал.

[mouglley]

Люди добрые!

Ответьте, пожалуйста, кто знает.

Как перевернуть дерево, чтобы гаплотип, на который делается укоренение, был внизу?

В файле nw/tpl/nwtpl.txt вставить строку
rankdir=BT;

А, если есть строка
rankdir=TB;
убрать её.

[Mich Glitch]

Спасибо!

[Mich Glitch]

А как вам вот такая ориентация?   

[Mich Glitch]

Вышеприведённую картинку назвал, пардон, "Сперматазоиды на марше".   

[FenriR]

подскажите, как привязать ветви дерева к определенным снипам? Попытался создать свое дерево на основе малой выборки из 200+ (суммарно из трех ftdna-проектов) 67-маркерных гаплотипов своего южно-балтийского и скандинавских субкладов, итог: прога селит меня вместе с неким шведом из скандинавской ветки (предположительно L1025-) со временем до общего предка: 1400±350 лет.

ЗЫ когда вчера, в числе первых попыток, прогонял выборку в 450+ гаплотипов на последних этапах обработки постоянно появлялись сообщения о сбое dot.exe (примерно на трети случаев), хотя прога, вроде бы, успешно закончила построение.

[Шад]

подскажите, как привязать ветви дерева к определенным снипам? Попытался создать свое дерево на основе малой выборки из 200+ (суммарно из трех ftdna-проектов) 67-маркерных гаплотипов своего южно-балтийского и скандинавских субкладов, итог: прога селит меня вместе с неким шведом из скандинавской ветки (предположительно L1025-) со временем до общего предка: 1400±350 лет.

ЗЫ когда вчера, в числе первых попыток, прогонял выборку в 450+ гаплотипов на последних этапах обработки постоянно появлялись сообщения о сбое dot.exe (примерно на трети случаев), хотя прога, вроде бы, успешно закончила построение.

вводятся дополнительные "столбцы" в которых будут значения снипа. Я делал 1 для позитивных и ноль - для негативных значений по конкретному гаплотипу.
но важно не это. важно дать максимальные значения весам. я вообще перешёл на четырехначные веса для того чтобы снипам присвоить 9999. Хотя если снип нестабилен или в ветви есть возвратные мутации, то это может сыграть дурную шутку.

[Шад]

Вот как должен выглядеть файл runych2rdf.bat

prepare -T "YCH2RDF" -S "VB" -V "VP" -I "1" -F "20.0" -i "data\seq\xxx.ych" -o "data\seq\xxx.rdf" -s "data\metric\ymx" -p "INEQ|MX" -d 2 -n 4
pause
rem актуальная версия для обработки ych-файла в rdf-файл при четырехзначных весах (-n 4)

А вот файл с параметрами запуск Мурки:

murka -T "MJ" -S "VB|RSW|EM" -V "VP|VL|VR" -I 1 -F 20.0 -H "N" -P "1;1.4;2.25;5000;1;1.4;2.25;5000;0;0.75;500;50;33;" -C "0;50;0;" -M "0; 0; 0; 0; RESCHECK|FASTUNION|MORETREES; 1; 0; 0; SEP1|NTT|NT1|NT2|NTD|LEUC|PS|SL|NV|LE|PT|PTE|DA|NTDX|EXTV|EXTVDA|EXTVDAP|ASCPRN|EXPV|CUTRDA|EXTEEDA; 0; LBDA|UBRSPH|KEEPBND|BNDREPEATS3|BNDPERC2|EXTTEST2|EXTTESTP2|PRUNE3|REDREP3|PROCMSG1|NWPERFMON|REDPMLEV2|COMPLTRAVERSAL|KEEPTREE|OOO1|DEFERPW3; " -J 0 -X 0 -Y 0 -U 0 -W 0 -Z 0 -s "BCACHE|DCACHE|THASH" -j "CONSTSPLITS|EQSPLITS|PSHELLING|POSTPROC|CONTRACTNT2|ROOTING|ALLOWTERMROOT|MIDPOINTROOT|MSNCACHE|NWGRCACHE|FASTMJ|WPHEUR|MPSTAT|CONSTREE|NWAGE" -e 0 -x 0 -b 1000 -f "NOFU|NS3|STAPPR|FH" -m 1 -n 1000 -l 10 -t "RDF" -i "data\seq\xxx.rdf" -r "data\metric\states_str0050ineq_2_4" -d 0.8 -o "SEQTABLE|TAXATABLE|CHARTABLE|CHARCHNGTABLE|NW|NWEXT|STAT|STP|MPCOMPTABLE|MPRFTDMATRIX|MPPARTTABLE|MPTOPOTABLE|CHARSTTABLE|DMATRIX" -c "inn_" -p "nw" -q "stat" -u "nwlinktbl#" -O "seq.rdf" -w "distmx" -D "charsttbl" -z "taxatbl#" -a "chartbl#" -k "charchngtbl#" -Q "wtdistmx" -K "rftdistmx" -R "tcmptbl" -B "parttbl" -L "topotbl" -G "GraphViz; 1; ROOTPREFERRED|CHNAMES|CHCHNG|TXNAMES|TXFR|TXFRSZ|TXCD|ROOTONLY|TREEONLY|NOPOOL|AGE|MPPART|CALL; 1.8; 1.1; 0.1; 2.0; 86.0; png; D:\gv\bin\dot.exe; D:\gv\bin\circo.exe; viz\nw#.dot; viz\nw#.png; viz\tpl\nwtpl.txt; ; " -A "CONVERT" -N 165
pause
rem актуальная версия для четырехзначных весов, N=165

А вот так - заголовок файла с данными (пример для Q1b)

Код: [Выделить]

393,390,D19,391,385a,385b,426,388,439,3891,392,3892,458,459a,459b,455,454,447,437,448,449,464a,464b,464c,464d,460,GATA,YCAa,YCAb,456,607,576,570,CDYa,CDYb,442,438,531,578,395a,395b,590,537,641,472,406,511,425,413a,413b,557,594,436,490,534,450,444,481,520,446,617,568,487,572,640,492,565,M378,L245,L301,L327,L272,L315,L619,P306
10,6,7,9,10,8,99,14,5,7,21,4,3,19,13,51,30,4,18,10,2,6,5,5,5,6,7,13,9,4,6,2,2,2,2,5,19,23,58,37,29,83,10,29,99,7,9,11,5,6,4,21,71,45,3,50,4,3,6,4,13,17,10,11,30,28,18,9999,9999,9999,9999,9999,9999,9999,9999

[FenriR]

спасибо, все работает.

[Михаил Ночевной]

error type: 75008; code: 0; source: unknown; description: bad yсh file format
такая вот ошибка при запуске бата для создания рдфа из уцча =)

[Шад]

error type: 75008; code: 0; source: unknown; description: bad yсh file format
такая вот ошибка при запуске бата для создания рдфа из уцча =)

Ошибка в формате YCH файла

[Михаил Ночевной]

error type: 75008; code: 0; source: unknown; description: bad yсh file format
такая вот ошибка при запуске бата для создания рдфа из уцча =)

Ошибка в формате YCH файла

неверно сохранил в формате или пробелы? пробелов я уже просмотрел на 10 раз, пробелы только между значениями и все...

[Шад]

error type: 75008; code: 0; source: unknown; description: bad yсh file format
такая вот ошибка при запуске бата для создания рдфа из уцча =)

Ошибка в формате YCH файла

неверно сохранил в формате или пробелы? пробелов я уже просмотрел на 10 раз, пробелы только между значениями и все...

Формат YCH-файла (пример)

393,390,D19,391,385a,385b,426,388,439,3891,392,3892,458,459a,459b,455,454,447,437,448,449,464a,464b,464c,464d,460,GATA,YCAa,YCAb,456,607,576,570,CDYa,CDYb,442,438,531,578,395a,395b,590,537,641,472,406,511,425,413a,413b,557,594,436,490,534,450,444,481,520,446,617,568,487,572,640,492,565,M378,L245,L301,L327,L272,L315,L619,P306
10,6,7,9,10,8,99,14,5,7,21,4,3,19,13,51,30,4,18,10,2,6,5,5,5,6,7,13,9,4,6,2,2,2,2,5,19,23,58,37,29,83,10,29,99,7,9,11,5,6,4,21,71,45,3,50,4,3,6,4,13,17,10,11,30,28,18,9999,6666,8888,8888,3333,3333,3333,8888

182771\nDiveev\nTatars\nM378n
13,21,13,10,12,16,12,12,11,14,15,30,16,9,10,11,11,25,14,19,29,13,16,16,17,10,9,19,19,14,14,17,16,37,37,11,11,11,8,17,18,8,10,10,8,10,9,0,22,24,17,11,12,12,15,8,12,25,18,14,12,11,14,10,12,13,11,0,0,0,0,0,0,0,0
1
182773\nMansyrev\nTatars\nM378n
13,21,13,10,12,16,12,12,11,14,15,30,16,9,10,11,11,25,14,19,29,13,16,16,17,10,9,19,19,14,14,18,16,37,38,11,11,11,8,17,18,8,10,10,8,10,9,0,22,22,17,11,12,12,15,8,12,25,18,14,12,11,14,10,12,13,11,0,0,0,0,0,0,0,0
1

Но у меня нестандартная настройка, четырехзначные веса для снипов. Это изыски. Можно без этого, особенно если один субклад обрабатывается.

[Farroukh]

пробелы только между значениями и все

Михаил, их надо убрать! Никаких на хрен пробелов и всё будет летать! 

[Михаил Ночевной]

пробелы удалил не помогло,
но не суть, нашел рабочий усh и сделал из него удачно rdf
нашел графвиз в нете скачал и установил, но впервые не могу найти где экзешник у проги (+эта 8 винда непривычная) прям беда - не могу запустить программу...
"По окончании расчёта запускаете ранее установленную программу Graphviz, в которой открываете файл nw_mp_1.dot, лежащий в директории d:\Murka\nw\viz.
После открытия файла нажмите пиктрограмму Settings и выставите настройки Layout Engine: dot. Настройки Output file type и Output file name – на ваше усмотрение. "
с этим последним этапом проблема =(