АвторТема: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ  (Прочитано 35543 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12998
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #15 : 08 Сентябрь 2011, 09:02:30 »
Цитировать
Цитата: "Файл с обозначениями маркёров и их скоростями взять отседова:
* Haplotypes.zip (2.79 Кб - загружено 4 раз.)"
Александр, проверил - всё должно качаться.

У меня в свою очередь другие вопросы:

1) Где в программе выставляется возраст одного поколения?
2) Где можно узнать (иные) веса маркёров (если таковые есть)? [Построил древо из гаплотипов с заведомо известной генеалогией - возрасты омоложены. Филипка-мега - наоборот, состаривает в 3 раза]
3) Третий вопрос вытекает из первого - где можно выставлять скорости? Предпочитаю считать по МакДональдам.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #16 : 08 Сентябрь 2011, 12:21:52 »
Александр, проверил - всё должно качаться.
Да, на другом компе скачал нормально.
Где можно узнать (иные) веса маркёров (если таковые есть)?
Ну, во-первых, равновесные (полагаю, или все единицы, или, как советует mouglley - пропуск строки). Для начала это надёжней. Или найти где-то тут на форуме пост Вертнера с логарифмическими весами. Там было обсуждение, что и как.

Вопрос у меня.
ych-файл создался.
Изменил UnRoot.bat, как велено (в одном месте текста заменил тамошнее имя файла на своё). Запустил UnRoot.bat (посчитал, что сделать это нужно опять двойным кликом). По идее результат расчёта должен попасть в файл nw_mp_1.dot (? наверное). Но нет, там остаётся старое дерево (которое было при скачивании). Оно во всех видах Графвиза красиво. Но хочется поиметь своё.
Пытаюсь проверить свои действия, как рекомендовано, через командную строку (cmd). Там в окошке прекрасно выполняется мой UnRoot.bat с бесчисленными Done и завершающим Completed.
Похоже я неверно запускаю UnRoot.bat или не там ищу результат.
Подскажете?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12998
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #17 : 08 Сентябрь 2011, 13:09:39 »
Ошибка в ych однозначно. Попробуйте всего два гаплотипа.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #18 : 08 Сентябрь 2011, 15:32:11 »
Ошибка в ych однозначно. Попробуйте всего два гаплотипа.
Сократил до двух гаплотипов и трёх маркеров - всё одно. Обе проверки черех Дос-окно выполняются нормально, и Ych2rdfINEQ.bat и UnRoot.bat.

Farroukh, если не трудно, сделайте коротенький тест ych-файл сюда. Хоть попробовать Графвиз с железным файлом...

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #19 : 08 Сентябрь 2011, 15:45:19 »

У меня в свою очередь другие вопросы:

1) Где в программе выставляется возраст одного поколения?


Ответ ранее полученный от уважаемого Mouglley:
... скорость мутаций 0,00216 рассчитана для 25 лет на поколение.
Если принять 30 лет на поколение, то скорость мутаций необходимо изменить на те же 20%.
формула же типа
время жизни = quotient * скорость мутаций/возраст поколения

В итоге дата (время жизни предка) остаётся неизменной.


Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #20 : 08 Сентябрь 2011, 15:59:33 »
1) Где в программе выставляется возраст одного поколения?
В файле UnRoot.bat найти число 129.62790104652. Это результаты вычисления формулы:
25/(скорость мутаций (0,00288)*67).

Подставляете в формулу ту скорость мутаций, которую сочтёте достойной для вашей гаплогруппы, итог вставляете вместо 129.62790104652.

PS: Именно скорость для для той гаплогруппы, которую рассчитываете.
Для каждой она может отличаться.
К примеру, скорость мутаций ниже для R1a, чем для N1c1.

Методикой расчёта по МакДональдам не поделишься?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 12998
  • Страна: az
  • Рейтинг +2986/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #21 : 09 Сентябрь 2011, 09:33:37 »
Цитировать
если не трудно, сделайте коротенький тест ych-файл сюда. Хоть попробовать Графвиз с железным файлом...
Александр, понял вас, сейчас сваяю. Файл в аттаче. Может, вывесите здесь ваш *.ych, поищем там ошибку.
Цитировать
Методикой расчёта по МакДональдам не поделишься?
Да какая методика. Я просто когда филипкой считал на ентом сцайте просто выставлял макдональдсковскую скорость (0.0005..0.01) вместо постоянной или фтднашной, и результаты сходились. Как это сделать в мурке?
« Последнее редактирование: 09 Сентябрь 2011, 10:37:00 от Farroukh »

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #22 : 09 Сентябрь 2011, 12:49:48 »
Может, вывесите здесь ваш *.ych, поищем там ошибку.
Мой совсем мизерный пробный из трёх маркеров на Иванова-Петрова-Сидорова (прикреплён).
Что за чудеса - Ваш *.ych скачал, вставил D2 в текст, теперь опять *.rdf не получается. Прямо клиника...

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #23 : 09 Сентябрь 2011, 13:41:28 »
Вопросы по файлу исходных данных *.ych
1. Можно ли его сгенерировать в Y-Utility? - Generate Fluxus phylogenetic network .ych data
2. Есть ли для людей, ещё не озаботвшихся написанием соответствующих макросов для Экселя, возможность их получить от более продвинутых товарищей? Чтобы не изобретать велосипед...
3. Как и где должны отображаться данные о стране происхождения?

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 657
  • Рейтинг +73/-1
  • Y-ДНК: J2b
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #24 : 09 Сентябрь 2011, 14:55:23 »
Вопросы по файлу исходных данных *.ych
1. Можно ли его сгенерировать в Y-Utility? - Generate Fluxus phylogenetic network .ych data
2. Есть ли для людей, ещё не озаботвшихся написанием соответствующих макросов для Экселя, возможность их получить от более продвинутых товарищей? Чтобы не изобретать велосипед...
3. Как и где должны отображаться данные о стране происхождения?
Я хоть и не владею информацией, но попробую угадать:
по вопросу 1. Нет (судя по вышележащему посту VVR).
                 2. Нельзя, вряд ли кто специально будет писать в Экселе, продвинутые готовят данные с помощью опции prepare.
                  3. Если речь о гаплотипах, то можно, наверное, в самих таксонах (напр. Petrov(Russia), или можно потом дорисовать в Фотошопе, сам вопрос не очень понятен.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6298
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1239/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #25 : 09 Сентябрь 2011, 15:32:54 »
Вопросы по файлу исходных данных *.ych
1. Можно ли его сгенерировать в Y-Utility? - Generate Fluxus phylogenetic network .ych data
2. Есть ли для людей, ещё не озаботвшихся написанием соответствующих макросов для Экселя, возможность их получить от более продвинутых товарищей? Чтобы не изобретать велосипед...
3. Как и где должны отображаться данные о стране происхождения?
Я хоть и не владею информацией, но попробую угадать:
по вопросу 1. Нет (судя по вышележащему посту VVR).
                 2. Нельзя, вряд ли кто специально будет писать в Экселе, продвинутые готовят данные с помощью опции prepare.
                  3. Если речь о гаплотипах, то можно, наверное, в самих таксонах (напр. Petrov(Russia), или можно потом дорисовать в Фотошопе, сам вопрос не очень понятен.

Понял.
1. Fluxus=Network: соответственно если "не заработало" у уважаемого VVR, то и у остальных не будет.
2. Фаррух туманно намекал на возможность автоматического преобразования данных в Экселе. Может у кого-то из "непродвинутых" уже есть соответствующий макрос.
3. Речь идет о отображении в дереве данных о происхождении гаплотипа (страны). Я видел такие деревья, но не понял - это вносится в одном столбце с фамилией (числовым идентификатором) или как-то отдельно.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #26 : 09 Сентябрь 2011, 16:17:35 »

1. Fluxus=Network: соответственно если "не заработало" у уважаемого VVR, то и у остальных не будет.

Не уверен, что дело в файле. Нетворковский файл, файл Фарруха, файл Александра с точки зрения требований к ych-файлу ничем не отличаются. По крайней мере, я отличий не вижу.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #27 : 09 Сентябрь 2011, 16:22:40 »
Кстати, тогда когда пробовал запускать Мурку в Win7, через cmd в командной строке не получалось. Получилось через Windows PowerShell - это, если я правильно понимаю, новый более продвинутый вариант командной строки.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7779
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #28 : 09 Сентябрь 2011, 16:37:24 »
В Win7 Мурка запускается в режиме совместимости с предыдущей виндой.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: MURKA. Мануал для дилетанта. ОБСУЖДЕНИЕ
« Ответ #29 : 09 Сентябрь 2011, 17:58:44 »
А где можно скачать версию для Винды? По ссылке Фарруха что-то другое.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100