Реконструкция филогенетического дерева NO по 76 STR-локусам

[I2a1a]

Дело не в этом.
Любая оценка возраста парафилетических групп типа NO  по существующим ныне гаплотипам будет неизбежно давать сбой. Тут нет особой разницы - оценивается ли возраст по дисперсии, кросс-дисперсии (интеркладовый метод), или ро-статистике.
По-моему на форуме, эту проблему  обсуждал уважаемый Игорь М. (Ovod).
До конца непонятно почему так происходит.
Видимо, эта одна из тех причин, почему Животовский вывел свою эволюционную скорость мутаций, которая в три раза меньше принятой в ДНК-генеалогии скорости мутации.

[mouglley]

Не совсем понял. Если Вы о расчётах Dimitri, то он пишет, что применял interclade ASD. Там учитывать возвратные мутации не надо.

В методе ASD (которым я считал) обратные мутации специально учитывать не надо, насколько я знаю.

Ответ дан именнто тут:

Я тоже не очень доверяю выписанным выше результатам interclade ASD.
Если смотреть на время расхождения O1/O2 и O2/O3, то получается 16 тыс.лет - чуть больше, но по-прежнему маловато.
Думаю, дело в том, что используемая выборка длинных гаплотипов гаплогруппы O недостаточно репрезентативна. Например, совсем нет настоящих O* (xO1,O2,O3), а если смотреть на географию используемой O-выборки (Китай (36%), Филиппины (20%), Монголия (14%), Япония (8%), Казахстан (4%), Таиланд (3%) плюс по одному-два представителя Барбадоса, Гонконга, Камбоджи, Киргизии, Кореи, Малайзии, Сингапура, Вьетнама, плюс американцы), то можно заметить отсутствие представителей Индонезии, Полинезии, Микронезии, Мадагаскара.

Где вы ведите саму суть Interclade?

Мы обрабатываем гаплотипы одной неделимой парагруппы NO.
Следовательно, возвращаемся к поправкам на возвратные мутации.

Если бы строилось единое дерево гаплонрупп N и J - то да, здесь они уже и не нужны.

Ошибаюсь?

[mouglley]

Во-первых, статья уже давно вышла "Пересмотр средней константы скорости мутации для 67-маркерных гаплотипов – от 0.145 к 0.120 мутаций на гаплотип на поколение"
А.А. Клёсов и И.Л. Рожанский . Вестник т.3№12-2010г. Здесь я в двух постах объяснял причину изменений. Для интеркладовых методов новая скорость совершенно непригодна.

Спасибо, академика не читал с мая 2009-го года.
Надо будет это произведение прочесть.

[I2a1a]

Мы обрабатываем гаплотипы одной неделимой парагруппы NO.
Следовательно, возвращаемся к поправкам на возвратные мутации.

Если бы строилось единое дерево гаплонрупп N и J - то да, здесь они уже и не нужны.

Ошибаюсь?

В интеркладе  поправки на возвратные мутации не нужны.
Почему возраст всегда получается заниженный -см. мое предыдущее сообщения.

В качестве упражнения - попробуйте взять гаплотипы A, С, E, J, I, N, O, R и произвести оценку возраста ближайшего предка - Y-хромосомного Адама разными методами.
Результат будет примерно раза в три меньше предпологаемого.

[mouglley]

То есть, как я и написал, поправки в этом случае на возвратные мутации необходимы (чиста-конкретна для прикидки):
точно сказать невозможно но с поправками выходит 23000-27000 лет возраст разделения NO.

[I2a1a]

Нет, даже с учетом "возвратных" мутациий ситуация будет только чуть лучше, но проблема останется.

В интеркладовом методе оценки возраста древних парагрупп точность оценки можно увеличить, исключив из расчета все палиндромные маркеры и быстрые маркеры.
Но все равно результат оставит желать лучшего.

Как я уже говорил, попгены решают эту проблему путем введения понятия эволюционной скорости мутаций.

[mouglley]

Есть какие-то проблемы, которые необходимо решать внося дополнительные сущности?

Возраст разделения NO определяется вполне грамотно в указанных выше пределах, если просто внести поправки на возвратные мутации.
Не думаю, что этот возраст не соответствует действительности 23-27 тысяч лет (в зависимости от числа маркеров, по которым производится подсчёт).

Главное же - грамотно определить гаплотип предка NO, что замечательно сделал уважаемый Wertnwer.