Gedmatch Ad-Mix Utility

[mouglley]

Для этого предлагаю создать в Гугеле Ёксель-книгу со всеми этими проектами и со всеми подразделами (по К) на каждом отдельном листе той же книги.
Лист заполняется всеми желающими.
По получении результатов можно будет подумать, как это оформить графически.

Заранее: оформлять буду не я, так как мне интересны лишь новейшие наработки Денэкеса, Полако и Вадима (я в них участвую).
Но, что подсказать - таки, да.

[Шад]

Для этого предлагаю создать в Гугеле Ёксель-книгу со всеми этими проектами и со всеми подразделами (по К) на каждом отдельном листе той же книги.
Лист заполняется всеми желающими.
По получении результатов можно будет подумать, как это оформить графически.

Заранее: оформлять буду не я, так как мне интересны лишь новейшие наработки Денэкеса, Полако и Вадима (я в них участвую).
Но, что подсказать - таки, да.

Сделано - GEDmatch Ad-mix

[Jurin]

Добавился в таблицу.

[Шад]

Последние новости от Вадима Вернича:

Моя новая модификация калькулятора Додекад имплементирована как веб-сервис на сервере Gedmatch. Эта версия калькулятора позволяет воссоздать этническое прооисхождение индивида путем вычисления аллельных частот 22 географически устойчивых компонентов.
Для чистоты эксперимента я использовал максимальные значения частот аллелей по каждому из 22 компонентов для симуляции группы "cинтетических индивидов", которые по идее должны представлять предковые (ancestral) популяции большинства современных групп народонаселения. В калькуляторе современные группы народонаселения отмечены тэгом derived, а условно предковые - тэгом ancestral.

В дополнение к основному калькулятору, на сервере Gedmatch имплементирована и забавная программка Oracle (Оракулъ). Сия программа является по своей сути дополнением к калькулятору: Оракул сравнивает средние значения каждого из 22 компонентов в 252 референсных популяций мира c аналогичными значениями компонентов в геноме клиента базы данных, вычисляет наиболее близкие к оному клиенту популяций в одиночном режиме и режиме смешанных популяций. Как показывает анализ результатов практического использования Оракула, прогноз этнической принадлежности исходя только из ДНК в целом весьма аккуратен, особенно в том случае когда обследуемые индивиды принадлежат к одной однородной этнической группе или группами, и Fst расстояние между предковыми компонентами достаточно большоею.

https://www.facebook.com/vadim.verenich/posts/4409930896205

[Jonik]

Последние новости от Вадима Вернича:

Моя новая модификация калькулятора Додекад имплементирована как веб-сервис на сервере Gedmatch. Эта версия калькулятора позволяет воссоздать этническое прооисхождение индивида путем вычисления аллельных частот 22 географически устойчивых компонентов.
Для чистоты эксперимента я использовал максимальные значения частот аллелей по каждому из 22 компонентов для симуляции группы "cинтетических индивидов", которые по идее должны представлять предковые (ancestral) популяции большинства современных групп народонаселения. В калькуляторе современные группы народонаселения отмечены тэгом derived, а условно предковые - тэгом ancestral.

В дополнение к основному калькулятору, на сервере Gedmatch имплементирована и забавная программка Oracle (Оракулъ). Сия программа является по своей сути дополнением к калькулятору: Оракул сравнивает средние значения каждого из 22 компонентов в 252 референсных популяций мира c аналогичными значениями компонентов в геноме клиента базы данных, вычисляет наиболее близкие к оному клиенту популяций в одиночном режиме и режиме смешанных популяций. Как показывает анализ результатов практического использования Оракула, прогноз этнической принадлежности исходя только из ДНК в целом весьма аккуратен, особенно в том случае когда обследуемые индивиды принадлежат к одной однородной этнической группе или группами, и Fst расстояние между предковыми компонентами достаточно большоею.

https://www.facebook.com/vadim.verenich/posts/4409930896205

Spasobo bol'shoe za soobchenie!

[Макс]

Всем привет! Спасибо за помощь с Gedmatch -разобрался - прошёлся по всем калькуляторам -супер!
Выложу свои хромосомы -если у кого есть возможность прокомментировать - жду с нетерпением !

Да кстати, я уже задавал вопрос про евреев (по отцовской - раввин 4 поколения назад).
Как вы считаете были ли у меня евреи? калькуляторы выдали 6 разных групп евреев(привожу таблицы)  но что эти данные на самом деле могут означать?

P.S. Господа генеалоги! Объясните, please, что в таблице означает параметр Distance и Primary and Secondary Population. Я до сих пор не понимаю смысла этой таблицы -почему такие большие проценты? или это просто вероятности?     

С уважением, Макс Аскольдович, Ижевск

[Макс]

My results.

[Шад]

Это всего лишь значит, что евреи в предках были.
На самом деле калькулятор только путем перебора всех возможных сочетаний выдает те, которые согласно заложенного алгоритма считаются наиболее вероятными.
То есть данные калькулятора (а вернее нескольких доступных калькуляторов) нужно воспринимать только в контексте имующейся информации по родословной, а также логики и здравого смысла.
Исходя из этого делаю вывод, что это были скорее всего ашкеназы. Как более распространенные в наших широтах:)

[Шад]

P.S. Господа генеалоги! Объясните, please, что в таблице означает параметр Distance и Primary and Secondary Population. Я до сих пор не понимаю смысла этой таблицы -почему такие большие проценты? или это просто вероятности?     

Distance - это генетическая дистанция (расстояние). Ваше от конкретной популяции или симитированного программой соотношения двух популяций. Соответственно - Primary and Secondary Population. Проценты показывают соотношение генов (а точнее полиморфизмов, которых исследователи по статическим данными "приписали" к конкретной популяции), полученных Вами при гипотетическом смешении Primary и Secondary Population.
Чем меньше Distance тем более вероятно, что соотношение близко к Вашему генотипу.
Хотя оговорюсь - речь идет лишь о реализации в калькуляторе определенного алгоритма и последующей интерпретации данных, а не о неком откалиброванном приборе.

[Srkz]

Да кстати, я уже задавал вопрос про евреев (по отцовской - раввин 4 поколения назад).
Как вы считаете были ли у меня евреи? калькуляторы выдали 6 разных групп евреев(привожу таблицы)  но что эти данные на самом деле могут означать?

У вас Dodecad V3. В этом калькуляторе на евреев в роду могут показывать высокие значения Southwest Asian, Mediterranean, Northwest African. Ваш раввин практически незаметен. Что касается Оракула, он просто показывает некоторые возможные варианты, отнюдь не все.

Upd: исправил опечатку. Southwest Asian, конечно же, с максимумом в Саудовской Аравии.

[Eugene]

4 поколение - это примерно 12,5% от предка.
Т.е. учитывая, что даже у чистокровного еврея врятли будет 100% ближневосточная компонента - то эти конечные 12,5% расплывутся сначала на различные компоненты, которые характерны для евреев и в целом уже не будет заметен след у тестируемого.

Вот примерный состав по Dodecad V3 для чистокровного ашкеназского еврея (откуда видно, что тоже всегда поликомпонентный состав)
Population    
East_European   6.7%
West_European   18%
Mediterranean   30%
West_Asian   23%
South_Asian   1.5%
Northeast_Asian   1.05%
Southeast_Asian   1.2%
East_African   1.00%
Southwest_Asian   14%
Northwest_African   3.5%
Palaeo_African   0.2%

Но в матчах след по идее должен проявиться.

[Srkz]

Но в матчах след по идее должен проявиться.

Таки да, говорят, что у людей с ашкеназскими предками в RelFinder-е обычно огромное количество совпаденцев - 500, 800, 1000.

[Шад]

Случай у Максима явно нетипичный.
Подробнее он сам может быть расскажет, если захочет.
Пока я сделал три вывода:
1. ашкеназский (и вообще еврейский) компонент неустойчив в выдаче результатов по ораклам от разных калькуляторов. Генетические расстояния до эталонных популяций - большие. Что говорит о возможной метисизации в нескольких поколениях или уникальности генотипа.
2. совпаденцев, которых можно было идентифицировать как евреев, в Гедматче очень мало. Хотя возможно я просмотрел.
3. I1 вообще не характерна для евреев как предковая Y-гаплогруппа.

[Srkz]

Макс пишет, что со стороны матери были удмурты. Так как удмуртов в базе данных нет, наиболее близкое приближение
18 59,7% Polish + 40,3% Chuvashs  1,75
ИМХО вполне хорошее совпадение. От народов Поволжья и россыпь разных концов Азии по отдельным хромосомам, скорее всего. Mediterranean на обычном русском уровне, евреи если и были, то полностью растворились.
Таблица с басками и итальянцами в Оракуле вообще не согласуется с таблицей хромосом, может, она не Максова?

[Jonik]

Но в матчах след по идее должен проявиться.

Таки да, говорят, что у людей с ашкеназскими предками в RelFinder-е обычно огромное количество совпаденцев - 500, 800, 1000.

V FF/FTDNA toge eto proslegivaetsya, u znakomogo cheloveka kotoromu McDonald dal primerno 30% evreiskih kornei - okolo 500 sovpadencev na FF. V lyudei, u kotorih est' evreiskii sovpadenci v FF (kotorie yavlyautsya 100% s ih videniya evreyami) McDonald ne nahodit takih komponent v analize (vozmogno esli oni nemnogochislenni v genah, to rastvoreni v obchih populyaciyah litovcev, belorusov, polyakov, ukraincev) i obichno sovpadencev nemnogo, pokyadka 20-30.