Как рассчитать возраст общего предка

[alexis]

Непременно попробую.

Однако, как скачут гаплотипы по веткам в зависимости от их длины.

[alexis]

Дорогой Farroukh!

Я построил деревья отдельно для D2, затем отдельно для D1 и D2, затем отдельно для C, D1 и D2. На всех я помещаюсь одинаково - возле Саваров.

Так что у кого-то из нас неточность при построении обособленного древа D2 (если на моём древе я помещаюсь у Саваров, а на Вашем - у армян). 

[Farroukh]

Алексей, поздравляю с освоением Мурки!

Что же до разных древ, то это обычное дело, и причин может быть много. В первую очередь имеет значение состав выборки и длина гаплотипов. Вы можете получить разные деревья для 37- и 67-маркёрных выборок, а также добавляя или убирая отдельные гаплотипы.

Наш брат Вадим Урасин рекомендует следующее: добавить в выборку гаплотип из соседнего субклада. Например, возьмите кого-нибудь из  E1b1b1c* или даже E1b1b1a3.

Введение диверсанта должно более стабилизировать древо. Попробуйте и опубликуйте их здесь. У меня сейчас под рукой просто нет Мурки.

[alexis]

Интересное предложение! Добавил 74277 Lindo из E1b1b1a3*-D. И получилось, что я, Савары, Тамбис, Колхамиро и Руссо в одной ветке, а Хачерян и Атечан в параллельной! 

Значит, всё-таки (скорее всего) евреи мне ближе, чем армяне?

[Valery]

Интересное предложение! Добавил 74277 Lindo из E1b1b1a3*-D. И получилось, что я, Савары, Тамбис, Колхамиро и Руссо в одной ветке, а Хачерян и Атечан в параллельной! 

Значит, всё-таки (скорее всего) евреи мне ближе, чем армяне?

а что на консенсусном дереве? И сколько деревьев всего?

[alexis]

Valery, а что такое "консенсусное" древо?

[Farroukh]

Алексей, постройте 12, 25, 37 и 67 маркёрные деревья - в данном случае, чем короче гаплотип, тем больше самих гаплотипов, ведь не используя короткие, но уникальные 12-маркёрные гаплотипы мы лишаем себя возможности получить наиболе достоверную информацию.

Касательно евреев. Те из них, что якобы близки вам - это сефарды. В Россию они могли попасть лишь через волну переселенцев-ашкеназов. Ашкеназов в данном кластере нет вообще - учтите, что евреи весьма охотно тестируются, и если бы кластер был полностью еврейским, то их было бы там несколько десятков человек. Вы писали, что как минимум с 18 века ваш род осознавал себя русскими. Массовое появление ашкеназов в России относится к 18 веку, жили эти люди в местечках, и весьма обособленно. Массовое крещение было позже, в 19-20 веках.

Кстати, знаете закон Био - Савара - Лапласа? Этот Савар, оказывается, из наших.

[Valery]

Valery, а что такое "консенсусное" древо?

Это типа "согласование" всех топологий которые были построены. Оно обычно беднее (и часто бесполезно) но ближе к истине. В мурке файл консенсуса имеет суффикс "_cons", ищите.

Но это имеет смысл только если деревьев было много. Судя по тому файлу который Вы выложили, это не так, там выходит только одна топология. Может добавить еще данных?

[Valery]

alexis, пометьте имя чужого гаплотипа префиксом n@ чтобы он не учитывался при подсчете возраста кластера.

[alexis]

alexis, пометьте имя чужого гаплотипа префиксом n@ чтобы он не учитывался при подсчете возраста кластера.

Поставил префикс, вот древо. И консенсусное.

[Valery]

И получилось, что я, Савары, Тамбис, Колхамиро и Руссо в одной ветке, а Хачерян и Атечан в параллельной!

смотрел на деревья но разницы по-моему никакой кроме того что при добавлении чужака установился другой корень. Дерево-то по сути то же самое.

[Valery]

А вот новое (в последнем посте) отличается.

Попроьуйте увеличить точность учитывая что у Вас мало гаплотипов это получится быстро.


-b 500 -f "NOFU|NS3|STAPPR|FH" -m 0.6 -n 500 -l 20

[alexis]

Алексей, постройте 12, 25, 37 и 67 маркёрные деревья - в данном случае, чем короче гаплотип, тем больше самих гаплотипов, ведь не используя короткие, но уникальные 12-маркёрные гаплотипы мы лишаем себя возможности получить наиболе достоверную информацию.

Спасибо, очень интересно. Непременно попробую.

Вы писали, что как минимум с 18 века ваш род осознавал себя русскими. Массовое появление ашкеназов в России относится к 18 веку, жили эти люди в местечках, и весьма обособленно. Массовое крещение было позже, в 19-20 веках.

Выходит, евреи с большой долей вероятности отпадают?

Кстати, знаете закон Био - Савара - Лапласа? Этот Савар, оказывается, из наших.

Надо же!

[alexis]

Попроьуйте увеличить точность учитывая что у Вас мало гаплотипов это получится быстро.


-b 500 -f "NOFU|NS3|STAPPR|FH" -m 0.6 -n 500 -l 20

Вот результат.

[Farroukh]

Выходит, евреи с большой долей вероятности отпадают?

Да, более чем. Дело в том, что многие еврейсские линии на территории Российской империи сохранились и не были уничтожены во времена Холокоста. Если бы у вас был реальный еврейский бэкграунд, то вы были в целиком ашкеназийском кластере, как это было с Алексеем Ляшком.

Надо же!

Помимо Савара, к E1b1b1c1 относятся Ф. Коппола и А. Челентано.