Проголосовал за маркер.
Причины:
1) не отрицая наличия сложившейся в профессиональной среде терминологии, вспомним, что понятие нормы в грамматике меняется вместе изменением состава носителей языка. Так слово "кофе" из мужского рода плавно переехало в средний род, хотя ещё несколько десятков лет такое употребление слова вызывало бы обвинения в вопиющей безграмотности. Итого: если термин "маркер" вошел в широкое употребление, то он вполне может применятся и на форуме (что и происходило до начала этой дискуссии), и в МолГен-вики. При этом обязательно должен быть дан вариант употребления данного термина в профессиональной среде.
2) важен контекст. Уважаемый kaa76 предложил для голосования закрытый список вариантов. Но тем самым сузил возможные варианты применения термина. Когда мы говорим о тестировании по Y-хромосоме мы скажем: 111-маркерный, 37-маркерный гаплотип. И все поймут. Нет необходимости говорить: Y-STR маркерный. Но когда нужно подчеркнуть, что это именно Y-STR маркеры, а не аутосомные STR-маркеры, то конкретизация обязательна. Поэтому предлагаю принять маркер по умолчанию, производя при необходимости конкретизацию.
3) я уже писал, что FTDNA и Genbase используют именно термин маркер: Y-DNA markers, autosomal DNA Markers. Т.е. именно такое применение термина уже "ушло" в широкие массы англоязычной публики и мы здесь не будем идти против международной практики.