АвторТема: Обсуждение филогенетического дерева N  (Прочитано 176595 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8452
  • Страна: ar
  • Рейтинг +961/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #480 : 17 Сентябрь 2011, 09:11:51 »
Потому что маркеров всего 67 и если среднее расстояние между гаплотипами двух ветвей 20, то на него оказали сильное влияние обратные и параллельные мутации. Учитывая разный порядок скоростей маркеров, то на быстрых маркерах - это очень большое влияние. По сути, эти расстояния складываются из мутаций на паре десятков маркеров.
И самое важное, имея дело с конкретным деревом мы можем оценить, что происходило около первых ветвлений - влияние тех мутаций на среднее расстояние между гаплотипами двух ветвей огромно.
Поэтому просто делить 6000(12000) на 20(или если возьмете 30, 40) - очень поверхностно.

Вы же не всеобщую теорию строите. Изучите те мутации, которые происходили у корня L550+ и существующих ветвей L550-.
Но если брать самые удаленные пом утациям гаплотипы, то где так и выйдет в среднем. Имеем от предкового 10 мутаций, или между самыми удаленными 20 мутаций. Исходя из этого, вычисляем возраст.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #481 : 08 Декабрь 2011, 11:05:13 »
931 гаплотип N1

Cкорость мутаций 0,00281/поколение/маркер.
Откалибрована по 3 династиям N1c1 и одной R1a1.
Используются DYS389-1/2.

Новое:
 
Добавлены синтетические гаплотипы для поиска предка N1c1(x708).

Превью:




Ссылки на закачку полного изображения:
Часть 1 (N1*, N1b, N1c1(L550)):

http://www.sendspace.com/file/2wsdxp

Часть 2:

http://www.sendspace.com/file/nc04kq

Часть 3:

http://www.sendspace.com/file/rkk4gx

Раскраска и формы гаплотипов объяснены в первом посте этой темы.

Каждый слайд по 3 Мб
                                               

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #482 : 12 Январь 2012, 18:51:23 »
Мурка обработала гаплотипы вместе со снипами M231   LLY22g   L727   L728   L730   L731   L732   L733   P189   L316   M128   P43   P63   Tat   M178   L708   L646   L648   L550   L149.2   L551   L709   L710   L711   L58   L591.
Веса у них 999, у СТРов - прежние.

Разделение по ветвям замечательное.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #483 : 13 Январь 2012, 19:36:51 »
Далее, поработал с программой ТНТ.

Выводы:

1. Без весов эта программа ничего не стоит: все N1c1(L550) и N1c1(xL550) Легли в перемешку.
Мой маразм встал дыбом, (как и волося) встали дыбом. И на этом такую гадость я завязал.)

С весами, указанными в се Урасина подавляющее большинство гаплотипов расположилось вветствии со значением снипа L550.

2.  Без употреблениснипов всё дерево перевёрнуто. То есть гаплогруппа Nпроизошла намбодже, как оно есть, а в Карелии.
Случилось это в Карелии. Правда, на высоте полутора километров над поверхностью земли.
Ведь именно такой была в ледника 15000 лет назад, когда случилось это событие.

Со снипами всё легло идеально.
Для снипов употребил веса 999.

В результате получилось дерево, довольно близкое к дереву МуркСами понимаете, из-за методик просчепов обеих программ на деревьях замечена разница в расположении некоторых гаплотипов, но структура обоих деревьев близка.

925 гаплотипов

Примечания:
1. Смотреть в Блокноте со шрифтом Terminal.
2. Блокноте запретить перенос строк.

http://files.mail.ru/UYEPNJ

Выявлено ещё одно приемущество работы в двух программах:

Количество гаплотипов, для которых нельзя точно определить, имеют ли они снип L550 увеличилось:
101522, N61541, 207997, 131542, 164238, 188439, N72949, 118999, N33626, N70062, 101881, 143940, 163318, 72823, N76863, 133479, 194777, 153073, 159056, 165730, 170521, N15255, 146742.
Для них необходим тест L550.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 6045
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4261/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #484 : 14 Январь 2012, 08:28:26 »
Далее, поработал с программой ТНТ.

Выводы:

1. Без весов эта программа ничего не стоит: все N1c1(L550) и N1c1(xL550) Легли в перемешку.
Мой маразм встал дыбом, (как и волося) встали дыбом. И на этом такую гадость я завязал.)

С весами, указанными в се Урасина подавляющее большинство гаплотипов расположилось вветствии со значением снипа L550.
Может быть это касается N1? Так как с R1a и без введения весов, основная масса гаплотипов четко распределяется по своим ветвям. За исключением некоторых гаплотипов, которых сложно отнести к какой либо ветви, и которые прыгают с ветки на ветку, но это происходит из-за малого количества близких им гаплотипов, и с пополнением базы они обретут свои ветви.
Цитировать
2.  Без употреблениснипов всё дерево перевёрнуто. То есть гаплогруппа Nпроизошла намбодже, как оно есть, а в Карелии.
Случилось это в Карелии. Правда, на высоте полутора километров над поверхностью земли.
Ведь именно такой была в ледника 15000 лет назад, когда случилось это событие.

Со снипами всё легло идеально.
Для снипов употребил веса 999.
Введение снипов в R1a, позволило четко определить азиатскую ветвь, так как до этого многие из арабских гаплотипов свободно "размазывались" по всему дереву.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #485 : 14 Январь 2012, 12:03:09 »
Может быть это касается N1? Так как с R1a и без введения весов, основная масса гаплотипов четко распределяется по своим ветвям. За исключением некоторых гаплотипов, которых сложно отнести к какой либо ветви, и которые прыгают с ветки на ветку, но это происходит из-за малого количества близких им гаплотипов, и с пополнением базы они обретут свои ветви.
Вполне вероятно.

По R1a1 я сталкивался с тем, что особой нужды в весах нет.
Там веса нужны для того, чтобы в корне вместо куста, где все ветви растут из одного узла, получить дерево последовательно расходящихся ветвей.

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #486 : 14 Январь 2012, 12:04:47 »
Введение снипов в R1a, позволило четко определить азиатскую ветвь, так как до этого многие из арабских гаплотипов свободно "размазывались" по всему дереву.
Согласен, у меня та же беда была при обработке дерева R1a1.

Оффлайн chelmohotsky

  • Сообщений: 336
  • Страна: us
  • Рейтинг +51/-0
  • Y-ДНК: N1c1*
  • мтДНК: H27a
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #487 : 14 Январь 2012, 18:31:20 »
Примечания:
1. Смотреть в Блокноте со шрифтом Terminal.
2. Блокноте запретить перенос строк.

Для тех, кто на Маке. Файл можно открыть в Firefox, а потом переключить Character Encoding на Cyrillic (IBM-855).

Ув. Тунец, а не планируете ли вы добавить филогенетические деревья на ваш сайт? Было бы здорово. С линками на гаплотипы.


Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #488 : 16 Январь 2012, 17:03:55 »
Дерево ТНТ для 975 гаплотипов

http://www.sendspace.com/file/0d7kjx
« Последнее редактирование: 17 Январь 2012, 12:18:07 от mouglley »

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #489 : 13 Апрель 2012, 10:43:44 »
Дерево 1065 гаплотипов N1 со снипами.
http://www.sendspace.com/file/rv08qy

Примечания:
1. Смотреть в Блокноте со шрифтом Terminal.
2. Блокноте запретить перенос строк.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8452
  • Страна: ar
  • Рейтинг +961/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #490 : 13 Апрель 2012, 11:06:35 »
Дерево 1065 гаплотипов N1 со снипами.
http://www.sendspace.com/file/rv08qy

Примечания:
1. Смотреть в Блокноте со шрифтом Terminal.
2. Блокноте запретить перенос строк.
Спасибо.
Посмотрим, что получилось

Оффлайн Valikhan

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 2193
  • Страна: kz
  • Рейтинг +102/-1
  • Ysearch 63CDM. Mitosearch EEVT3
    • Turkic World
  • Y-ДНК: N1c1d1 - L1034 (L1032, L1033)
  • мтДНК: B5a1a
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #491 : 13 Апрель 2012, 12:57:43 »
Дерево 1065 гаплотипов N1 со снипами.
http://www.sendspace.com/file/rv08qy

Примечания:
1. Смотреть в Блокноте со шрифтом Terminal.
2. Блокноте запретить перенос строк.
Спасибо. Казахские гаплотипы в кучу никак не собираются.
Теперь меня прибило к карелам, я так понимаю. С Копосовым мы чуть ли не братья родные. Гусманова отнесло к азитам - хакасы, якуты. А Акжанова к скандинавам. Интересный расклад.

ПС. Красивая картинка будет?

Оффлайн mouglleyАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 7102
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #492 : 13 Апрель 2012, 14:13:03 »
А то! Для того и делал ТНТ, чтобы снипы в Мурку перетащить.

А чего казахов в одну кучу сгонять?
Вы живёте ближе к месту возникновения N1c1, у вас разнообразие и должно быть.
У Вас L1026, у других может оказаться и L1022. Пока очень трудно разделить.

Удивляет, что у Волжан L1066-. Наверное результат общения через Урал с западно-сибирским населением.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 8452
  • Страна: ar
  • Рейтинг +961/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #493 : 13 Апрель 2012, 15:21:07 »
А то! Для того и делал ТНТ, чтобы снипы в Мурку перетащить.

А чего казахов в одну кучу сгонять?
Вы живёте ближе к месту возникновения N1c1, у вас разнообразие и должно быть.
У Вас L1026, у других может оказаться и L1022. Пока очень трудно разделить.

Удивляет, что у Волжан L1066-. Наверное результат общения через Урал с западно-сибирским населением.
Ананьинцы с Алтая пришли, от них потом к хантам пришли L1026-, а древние ханты и ненцы L1026+.
« Последнее редактирование: 13 Апрель 2012, 15:36:39 от Yurgan »

Оффлайн Valikhan

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 2193
  • Страна: kz
  • Рейтинг +102/-1
  • Ysearch 63CDM. Mitosearch EEVT3
    • Turkic World
  • Y-ДНК: N1c1d1 - L1034 (L1032, L1033)
  • мтДНК: B5a1a
Re: Обсуждение филогенетического дерева N
« Ответ #494 : 13 Апрель 2012, 15:31:53 »
а вот у хантов и ненцев L1026+


Всё-таки думаю, что они мои ближайшие родственники, а не карелы.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.