АвторТема: Стабилизация деревьев и ветвей  (Прочитано 3093 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12850
  • Страна: az
  • Рейтинг +2897/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Нередка ситуация, когда добавление/удаление даже одного гаплотипа из объективной небольшой по объёму выборки сильно перетасовывает всё древо. Будет ли правомерно для мало-мальски годной утряски древа ввести в выборку заведомо удалённый ото всех гаплотип. Например, в выборку из гаплотипов J2a4b1a ввести гаплотипы заведомо удалённого родства типа A32b1, чьи значения маркёров (аллели, DYS values) явно отличаются от большинства?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Стабилизация деревьев и ветвей
« Ответ #1 : 25 Июль 2011, 11:29:44 »
Нередка ситуация, когда добавление/удаление даже одного гаплотипа из объективной небольшой по объёму выборки сильно перетасовывает всё древо. Будет ли правомерно для мало-мальски годной утряски древа ввести в выборку заведомо удалённый ото всех гаплотип. Например, в выборку из гаплотипов J2a4b1a ввести гаплотипы заведомо удалённого родства типа A32b1, чьи значения маркёров (аллели, DYS values) явно отличаются от большинства?
смотря для какой программы

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12850
  • Страна: az
  • Рейтинг +2897/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Стабилизация деревьев и ветвей
« Ответ #2 : 25 Июль 2011, 11:46:41 »
Для филиппа меговича

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Стабилизация деревьев и ветвей
« Ответ #3 : 25 Июль 2011, 11:48:22 »
Для филиппа меговича
попробуй.

для тнт лучше "сестринской" ГГ внести гаплотип

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 537
  • Страна: il
  • Рейтинг +84/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Стабилизация деревьев и ветвей
« Ответ #4 : 25 Июль 2011, 14:58:59 »
Для филиппа меговича
попробуй.

для тнт лучше "сестринской" ГГ внести гаплотип
наверно, и в филипе так. слишком удалённый не поможет - он будет отдельно и всё прежнее дерево отдельно.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5625
  • Страна: 00
  • Рейтинг +525/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Стабилизация деревьев и ветвей
« Ответ #5 : 25 Июль 2011, 15:03:53 »
Для филиппа меговича
попробуй.

для тнт лучше "сестринской" ГГ внести гаплотип


Конечно надо от сестринской. Африканцы как корень нехороши тк "приклеются" к кластеру в совершенно произвольном месте - в том где случайным образом наблюдается большее сходство по значениям локусов.
« Последнее редактирование: 25 Июль 2011, 16:27:51 от Valery »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 12850
  • Страна: az
  • Рейтинг +2897/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f
Re: Стабилизация деревьев и ветвей
« Ответ #6 : 26 Июль 2011, 08:46:29 »
Цитировать
слишком удалённый не поможет - он будет отдельно и всё прежнее дерево отдельно.
Да не сказал бы. Гаплотппы R2a сидят вперемежку с E1b1b1. Это АК убеждён, что между str и snp есть строгая корреляция, и посему взяв гаплотипы А и Т можно спокойно посчитать возраст Адама.

Если брать "сестринский" (или всё-таки "братский"?) гаплотипом, то кто брат скажем для E1b1b1c1? E1b1b1a, E1b1a, E1a, E2?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5625
  • Страна: 00
  • Рейтинг +525/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Стабилизация деревьев и ветвей
« Ответ #7 : 26 Июль 2011, 09:51:02 »
слишком удалённый не поможет - он будет отдельно и всё прежнее дерево отдельно.

Аутгруп всегда будет отдельно - дело только в том к какому месту дерева он присобачится.



Цитировать
то кто брат скажем для E1b1b1c1? E1b1b1a, E1b1a, E1a, E2?

а че нету разве? чем для E1a не брат E2 и наоборот?

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1383
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Стабилизация деревьев и ветвей
« Ответ #8 : 26 Июль 2011, 11:42:07 »
Если брать "сестринский" (или всё-таки "братский"?) гаплотипом, то кто брат скажем для E1b1b1c1? E1b1b1a, E1b1a, E1a, E2?
Лучше всего E1b1b1c*. Затем E1b1b1*, E1b1b1a, E1b1b1b.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6292
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1228/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Стабилизация деревьев и ветвей
« Ответ #9 : 09 Май 2012, 21:51:37 »
Небольшой вопрос к "коллективному разуму" МолГена.
Опубликовал на днях обновленную версию дерева гаплогруппы Q1b-L275, изготовленного в Мурке.
В целом все вышло достаточно понятно - все евреи L245+ четко разделились на две ветви - "старую" (DYS395S1=15-18), которую я также условно назвал "хазарской", и "новую" (DYS395S1=15-19).
За пределами этих двух еврейских кластеров оказались следующие гаплотипы:

Первый эксцесс
144028
156948
Оба этих гаплотипа принадлежат представителям семьи Shavinsky.
Цитировать
Boruch Shavinsky, b. 1841, Kobrin Belarus Boruch (Barnett) Shavinsky, was born in Kobrin, Russia (now Belarus) in 1841. He came to the United States in 1888 and settled in New York City. Later he emigrated to Jerusalem where he died about 1917. His descendants remained in the USA and adopted the surname Shevin. There were other Shavinsky/Shevinsky families who lived in Drohichyn, which is about 25 miles east of Kobrin. Mayer Shavinsky was born about 1873 in what is now Belarus, possibly in Kobrin. He immigrated to the U.S. in 1902 with his wife Rose and their first two children. They were living in Jamesburg, New Jersey in 1910. Mayer died in 1945. One of his descendants has joined our project. Aaron Shavinsky (1903-1962) came to the USA stopping first in Augusta, Georgia. Aaron eventually made his home in Miami, Florida. His father's name was Samuel. There are other families with the name Shavinsky or Shevin who settled in Chicago, Philadelphia, Georgia, Alabama, and other states. Their relationships, if any, are unknown at this time.
Несмотря на их явную принадлежность к ашкеназам их уволокло в корень ветки North Sea, представленной не-ашеназами из Великобритании, Голландии, Германии и Ирландии.

Второй эксцесс
93461
Недалекий предок - ашкеназ из Миниска. Вроде самый ординарный случай. А отнесло его в корень еврейскогго кластера L245+. К самому началу ветвления.

Третий эксцесс
N86649
Ну тут я на 100% не уверен, что это эксцесс. Несмотря на принадлежность к магрибским евреям можно допустить, что это отдельная ветвь Q1b, которая пришла к иудаизму каким-то своим особым путем, не пересекаясь с европейским еврейством.

И причина этого, в принципе достаточно ясна. Даже несмотря на вес 99, проставленный для показателя принадлежности к снипу L245, их увели в сторону значения DYS395S1.
У Шавинских - 15-17, характерное как раз для ветви North Sea.
У Юдсона - 15-15, вообще не имеющее аналогов в Q1b.
У Msallam - 17-17. Есть ещё два близких к нему североафриканских гаплотипа, но у них нет результатов по DYS395S1. Поэтому невозможно сказать является ли такое значение флуктуацией, или определяющим признаком подветви.

Вопрос. Что с этим делать с точки зрения филогении?
Уважаемый VVR как-то уже высказывал мнение по Юдсону:
Цитировать
С очень большой вероятностью можно предположить RecLOH DYF395=15-19 в 15-15.
Гипотеза навскидку (без глубокого анализа): Можно предположить(хотя бы как вариант), что у всех Р (Q и R) предковое значение было 15-17. У многих Q так и осталось. У R1a RecLOH в 17-17(почти у всех). У R1b мутировало в 15-16, хотя встречаются и 15-15,и 16-16 и др.У Ваших предков мутировало в 15-18, а затем в 15-19.
Также с большой вероятностью можно предположить у Вашего предка(общего для большинства или для всех Q1b) RecLOH в маркере YCA 19-23 в 19-19. У большинства Q значение этого маркера 19-23. У большинства R1a 19-23, хотя встречаются и др., в том числе 19-19 У большинства R1b тоже 19-23. Врядли это случайное совпадение. Вероятно предковое значение для всех Р(Q и R). В субкладе Q1b произошла мутация - RecLOH в 19-19.
Если в, как минимум, в двух их трех случаев мы имеем дело с RecLOH, то может быть для целей филогении эти галотипы "нормировать"? Или вообще исключить из обсчета, как "портящие статистику"? :)

В дополнение вопрос из этой же темы на который (увы) с января никто не ответил.
« Последнее редактирование: 09 Май 2012, 22:10:04 от Шад »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100