Модальный гаплотип - как правило, состоит из дробных чисел, получающихся в результате усреднения значений аллелей выборки. Базовый гаплотип - гаплотип, относительно которого проводятся расчеты отклонений аллелей. В зависимости от метода может быть как предковым, так и модальным (средним).
Даю своё понимание (не претендую на правильность):
Модальный - это всё-таки наиболее частый.
Можно представить по Эксель-формулам:
СРЗНАЧ – возвращает среднее (арифметическое) своих аргументов
МОДА – возвращает значение моды множества данных (наиболее частого значения)
МЕДИАНА – возвращает медиану исходных чисел (вероятностная середина выборки)
Базовый это - да, относительно которого проводятся расчёты, он ближе к медиане, и может быть любым из этих трёх, но может и не быть, зависит от автора расчётов. В базовом может быть субъективно изменена аллель из каких-то соображений, а в статистических - не может, там что получено, то и есть, можно только округлить.
Собственно, базовый - это некий путь к предковому (или первичному, как изволили заметить), истинное значение которого неизвестно.