Гаплотипы Y-filer из Индии и Непала

[JaG]

Genetic diversity of 17 Y-short tandem repeats in Indian population

Tania Ghosh, D. Kalpana, Sanjukta Mukerjee, Meeta Mukherjee, Anil Kumar Sharma, Subhankar Nath, Varsha Rajesh Rathod, Mukesh Kumar Thakar, Ganga Nath Jha

Abstract
Seventeen short tandem repeats (DYS389I, DYS390, DYS389II, DYS19, DYS385a/b, DYS393, DYS391, DYS392, DYS439, DYS438, DYS456, DYS458, DYS635, Y(GATA)H4, DYS437, and DYS448) from the non-recombining region of the human Y-chromosome were analyzed in 750 unrelated males representing four major linguistic families of India using AmpFlSTR® Yfiler® PCR Amplification kit. A total of 612 distinct haplotypes were observed, of which 545 were unique. Rare alleles for the loci DYS456, DYS458, DYS635, Y(GATA)H4, and duplication at the loci DYS389I and DYS389II were also observed. To understand the genetic diversity of the Indian population, and utility of Y-STRs in forensics, the locus diversity, haplotype diversity, and discrimination capacity in all populations was determined. MDS plot based on pairwise Φst and AMOVA revealed the high genetic heterogeneity among the Indian populations due to linguistic diversity and social stratification.


Y-STR diversity in the Himalayas

Tenzin Gayden, Shilpa Chennakrishnaiah, Joel La Salvia, Sacha Jimenez, Maria Regueiro, Trisha Maloney, Patrice J. Persad, Areej Bukhari, Annabel Perez and Oliver Stojkovic, et al.

Abstract
Linguistic and ethnic diversity throughout the Himalayas suggests that this mountain range played an important role in shaping the genetic landscapes of the region. Previous Y-chromosome work revealed that the Himalayas acted as a biased bidirectional barrier to gene flow across the cordillera. In the present study, 17 Y-chromosomal short tandem repeat (Y-STR) loci included in the AmpFlSTR® Yfiler kit were analyzed in 344 unrelated males from three Nepalese populations (Tamang, Newar, and Kathmandu) and a general collection from Tibet. The latter displays the highest haplotype diversity (0.9990) followed by Kathmandu (0.9977), Newar (0.9570), and Tamang (0.9545). The overall haplotype diversity for the Himalayan populations at 17 Y-STR loci was 0.9973, and the corresponding values for the extended (11 loci) and minimal (nine loci) haplotypes were 0.9955 and 0.9942, respectively. No Y-STR profiles are shared across the four Himalayan collections at the 17-, 11-, and nine-locus resolutions considered, indicating a lack of recent gene flow among them. Phylogenetic analyses support our previous findings that Kathmandu, and to some extent Newar, received significant genetic influence from India while Tamang and Tibet exhibit limited or no gene flow from the subcontinent. A median-joining network of haplogroup O3a3c-M134 based on 15 Y-STR loci from our four Himalayan populations suggests either a male founder effect in Tamang, possibly from Tibet, or a recent bottleneck following their arrival south of the Himalayas from Tibet leading to their highly reduced Y single-nucleotide polymorphism and Y-STR diversity. The genetic uniqueness of the four Himalayan populations examined in this study merits the creation of separate databases for individual identification, parentage analysis, and population genetic studies.

[kardes]

Китайские генетики исследовали геномы 628 шерпов, проживающих в Тибетском автономном районе, и выяснили, что они генетически близки современным тибетцам. Шерпы оказались потомками населения, жившего в высокогорье более двух тысяч лет назад, но в эпоху неолита и бронзы их предки проживали в верховьях реки Хуанхэ
Шерпы представляют собой народность, живущую в Восточном Непале, Индии, Бутане и пограничных высокогорных районах Китая. Они говорят на языке кангпо, относящемся к южной ветви тибето-бирманских языков. Широкую известность этот народ получил в качестве проводников, особенно для восхождения на Эверест. Генетические адаптации позволили этим людям жить на большой высоте, не страдая при этом от гипоксии. Их хозяйство базируется на пашенном земледелии и отгонном скотоводстве (овцы, яки, дзо). Однако происхождение шерпов и их связь с тибетцами остается достаточно дискуссионным вопросом.
Недавнее исследование ДНК 582 шерпов, проживающих в Непале и Тибетском автономном районе Китая, показало, что материнские и отцовские линии шерпов и тибетцев разошлись достаточно недавно — менее 1500 лет назад. Это опровергло теорию о том, что шерпы и ханьцы были двумя предковыми группами для тибетцев. Ученые пришли к выводу, что, наоборот, тибетцы были предковой популяцией для шерпов, от которых они и унаследовали возможность жить на большой высоте.
Анализ главных компонент показал, что восточноазиатские популяции образуют два кластера — южный и северный. Первый кластер включает носителей австронезийских, тай-кадайских, австроазиатских, тибето-бирманских (их Юго-Восточной Азии), хмонг-мьенских языков. Второй — носителей китайских, японских, корейских, тибето-бирманских (с Тибетского плато), тунгусо-маньчжурских, монгольских языков, а также непальских шерпов и древних жителей России и Монголии. Ближе всего непальские шерпы оказались к тибетцам.Моделирование показало, что шерпы происходили на 88 процентов от популяции, связанной с археологическим памятником Лацзя культуры Цицзя. В эпоху бронзы эти племена населяли верховья реки Хуанхэ, где выращивали просо и пасли овец. Примерно на 12 процентов шерпы связаны с австрало-азиатскими предками. Генетики сумели проследить происхождение шерпов и тибетцев вплоть до неолитических земледельцев бассейна Хуанхэ.