Сравнение неандертальцев и современного человека по митоДНК

[AlexanderK]

А чего у всех них мито изучают, неужели у шимпанзе нет Y-хромосомы передающейся от самца к самцу? Прикольно было бы дерево для шимпанзе составить, совпаденцев искать, TMRCA для ветки шимпанзе рассчитать, снипы делать!

Я как-то просил YFull добавить игреки по палеогеномам и для сравнения-  по Great Apes, но они не захотели, так как это усложняет обработку данных по дереву. Там очень много снипов, которые потом появились повторно в "человеческой" части дерева. Мы же мутируем параллельно:)

Ну так любопытно же - у шимпанзе тоже есть свои Адам и Ева?

[Шад]

Ну конечно же:)
http://dienekes.blogspot.ru/2013/07/the-history-of-great-apes.html
http://genome.cshlp.org/content/early/2016/02/16/gr.198754.115

[ankr21]

А чего у всех них мито изучают, неужели у шимпанзе нет Y-хромосомы передающейся от самца к самцу? Прикольно было бы дерево для шимпанзе составить, совпаденцев искать, TMRCA для ветки шимпанзе рассчитать, снипы делать!

Я как-то просил YFull добавить игреки по палеогеномам и для сравнения-  по Great Apes, но они не захотели, так как это усложняет обработку данных по дереву. Там очень много снипов, которые потом появились повторно в "человеческой" части дерева. Мы же мутируем параллельно:)

Ну так любопытно же - у шимпанзе тоже есть свои Адам и Ева?

Есть и "Адам" и "Ева" и гаплогруппы у каждого вида, даже у бактерий. Только вот надо это кому. Филогенетические деревья для шимпанзе придется строить на базе большого количества качественно прочитанных геномов. Это стоит денег. Гранты надо выбивать или у меценатов стрелять. Сами обезьянки платить за анализ не будут. Вряд ли их генеалогия интересует.
Но что-то все таки изучают и анализируют. Вот например статейка если интересно: http://www.eva.mpg.de/fileadmin/content_files/primatology/Molecular_Genetics_Laboratory/pdf/ErikssonbonoboY2006.pdf

[ankr21]

А чего у всех них мито изучают, неужели у шимпанзе нет Y-хромосомы передающейся от самца к самцу? Прикольно было бы дерево для шимпанзе составить, совпаденцев искать, TMRCA для ветки шимпанзе рассчитать, снипы делать!

Я как-то просил YFull добавить игреки по палеогеномам и для сравнения-  по Great Apes, но они не захотели, так как это усложняет обработку данных по дереву. Там очень много снипов, которые потом появились повторно в "человеческой" части дерева. Мы же мутируем параллельно:)

Ну так любопытно же - у шимпанзе тоже есть свои Адам и Ева?

Есть и "Адам" и "Ева" и гаплогруппы у каждого вида, даже у бактерий. Только вот надо это кому. Филогенетические деревья для шимпанзе придется строить на базе большого количества качественно прочитанных геномов. Это стоит денег. Гранты надо выбивать или у меценатов стрелять. Сами обезьянки платить за анализ не будут. Вряд ли их генеалогия интересует.
Но что-то все таки изучают и анализируют. Вот например статейка если интересно: http://www.eva.mpg.de/fileadmin/content_files/primatology/Molecular_Genetics_Laboratory/pdf/ErikssonbonoboY2006.pdf

Вот здесь есть митодеревья для 8 видов домашних животных. Шимпанзе к сожалению нет.
http://www.dometree.org/

[AlexanderK]

Вот здесь есть митодеревья для 8 видов домашних животных. Шимпанзе к сожалению нет.
http://www.dometree.org/

И котиков нет. Что огромное упущение - при невысокой стоимости многие в соцсетях наверняка бы своих котиков не только фоткали, но и делали бы им генетические тесты!  Впрочем для собачек с родословной это тоже неплохо пошло, можно было бы через клубы собаководов продвигать - это ведь в отличие от "родословных" не подделаешь!!!

В общем классная идея для стартапа, надо будет с Генотеком обсудить!!!!

[Шад]

Есть такие сервисы... Попадались на глаза. Но не в СССР:)
Правда вопросами филогении мало кто озабочен. Больше тестируют питомцев на наследуемые признаки/болезни.

Даже в таком профессиональном деле как коневодство не так много полных сиквенсов по Y и мито.

[Шад]

Относительно недавней новости о неандертальской митоДНК, сходной с ДНК современого человека
http://dienekes.blogspot.ru/2017/07/deepest-neandertal-mtdna-split.html

Если быть точными, то филогенетические построения показали, что неандертальский образец HST по мито находится в корне неандертальского дерева. Соответственно именно с него начинается "развилка" на неандертальские мито и мито современного человека.
Следует ли из этого вывод о том, что HST имел отношение к современным людям. На мой взгляд - нет.

Тогда откуда вот такой вывод?

Но главное заключалось в другом. Оказалось, митохондриальная ДНК неандертальца несла в себе следы скрещивания с представителями Homo sapiens. А так как эта группа неандертальцев отделилась от других сородичей более 200 тыс. лет назад, учёные сделали вывод: первые люди пришли в Европу намного раньше основной волны заселения. То есть, задолго до того, как люди заселили Европу 40 тыс. лет назад, сюда пришли отдельные группы Homo sapiens, которые намного раньше покинули Африку. Происходило это около 219 тыс. лет назад.

https://chrdk.ru/news/lyudi-mogli-priiti-v-evropu-na-150-000-let-ranshe

[Шад]

Гейдельбе́ргский челове́к и денисовцы оказались в одной кладе (https://www.yfull.com/mtree/HD/) по митоДНК, а неандертальцы и современный человек - в другой (https://www.yfull.com/mtree/NM/).

Ну и спасибо YFull - теперь можно насладиться подробным и, вероятно, обновляемым деревом по денисовцам (https://www.yfull.com/mtree/DN/) и неандертальцам (https://www.yfull.com/mtree/ND/)

[nilogov]

А чего у всех них мито изучают, неужели у шимпанзе нет Y-хромосомы передающейся от самца к самцу? Прикольно было бы дерево для шимпанзе составить, совпаденцев искать, TMRCA для ветки шимпанзе рассчитать, снипы делать!

Я как-то просил YFull добавить игреки по палеогеномам и для сравнения-  по Great Apes, но они не захотели, так как это усложняет обработку данных по дереву. Там очень много снипов, которые потом появились повторно в "человеческой" части дерева. Мы же мутируем параллельно:)

Но ведь в ISOGG такую филогению сделали же: https://docs.google.com/spreadsheets/d/12EwwUDZbwbVx_LswB0PSCS49Zrnb0jnuMS3PWf4gcss/edit#gid=0

[nilogov]

А чего у всех них мито изучают, неужели у шимпанзе нет Y-хромосомы передающейся от самца к самцу? Прикольно было бы дерево для шимпанзе составить, совпаденцев искать, TMRCA для ветки шимпанзе рассчитать, снипы делать!

Я как-то просил YFull добавить игреки по палеогеномам и для сравнения-  по Great Apes, но они не захотели, так как это усложняет обработку данных по дереву. Там очень много снипов, которые потом появились повторно в "человеческой" части дерева. Мы же мутируем параллельно:)

Но ведь в ISOGG такую филогению сделали же: https://docs.google.com/spreadsheets/d/12EwwUDZbwbVx_LswB0PSCS49Zrnb0jnuMS3PWf4gcss/edit#gid=0

И если Big y 700 эти снипы не читает, то Nebula же читает, по образцам из Небулы можно такую филогению сделать...

[Georg]

Судя по свежим статьям, не упомянутым в этой теме, первые совсем сапиенсы установили своё Y и мито - господство надо неандертальцами 100к+ лет назад.
А вероятно приток и замещение были ещё и 300к+ назад от современников Джебель Ирхудского человека - почти сапиенс.

https://elementy.ru/novosti_nauki/433706/U_pozdnikh_neandertaltsev_pochti_vse_geny_Y_khromosomy_vytesnilis_chelovecheskimi

https://elementy.ru/novosti_nauki/433769/Proiskhozhdenie_chelovechestva_v_svete_novykh_dannykh_paleoantropologii_i_genetiki
считается, что имел место более ранний привнос сапиентных генов — еще к общим предкам всех неандертальцев, по которым есть палеогенетические данные. Источником этих сапиентных генов были очень древние сапиенсы, жившие, скорее всего, еще до начала дивергенции современных популяций (не позднее 200 т. л. н., а на рис. 4 возраст этого привноса — 350 т. л. н.)

По сути, неандертальцы, как сказал Дробышевский - это что-то вроде мелкой Северной популяции, типа эскимосов.
И к ним постоянно шёл поток генов из Африки.
Что, собственно, и могло стать точками отделения их от денсовцев 300к+ лет назад, да и потом освежать генофонд (апидима 200к+), указанные выше полные замещения Y и мито 100к (но не аутосомных генов - здесь видимо срабатывала репродуктивная изоляция и гибриды впоследствии не были успешны)