Сравнение неандертальцев и современного человека по митоДНК

[ankr21]

Вообще в принципе интересен вопрос - насколько частая ситуация, когда SNP появляется повторно в нескольких разных ветках? Т.е. не унаследован от общего предка, а именно что возник параллельно. FTDNA утверждает, что вероятность этого почти никакая. Но может эта оценка неверна?

По Y повторно мутации возникают реже чем по мито. В первом случае исследуют 25 млн. Нуклеотидный пар а во втором всего 16500. Некоторые нестабильные мутации обнаруживаются в разных гаплогрупах и по Y хромосоме, но а мито "крутит" быть здоров.

[AlexanderK]

А чего у всех них мито изучают, неужели у шимпанзе нет Y-хромосомы передающейся от самца к самцу? Прикольно было бы дерево для шимпанзе составить, совпаденцев искать, TMRCA для ветки шимпанзе рассчитать, снипы делать!

Я как-то просил YFull добавить игреки по палеогеномам и для сравнения-  по Great Apes, но они не захотели, так как это усложняет обработку данных по дереву. Там очень много снипов, которые потом появились повторно в "человеческой" части дерева. Мы же мутируем параллельно:)

Ну так любопытно же - у шимпанзе тоже есть свои Адам и Ева?

[Шад]

Ну конечно же:)
http://dienekes.blogspot.ru/2013/07/the-history-of-great-apes.html
http://genome.cshlp.org/content/early/2016/02/16/gr.198754.115

[ankr21]

А чего у всех них мито изучают, неужели у шимпанзе нет Y-хромосомы передающейся от самца к самцу? Прикольно было бы дерево для шимпанзе составить, совпаденцев искать, TMRCA для ветки шимпанзе рассчитать, снипы делать!

Я как-то просил YFull добавить игреки по палеогеномам и для сравнения-  по Great Apes, но они не захотели, так как это усложняет обработку данных по дереву. Там очень много снипов, которые потом появились повторно в "человеческой" части дерева. Мы же мутируем параллельно:)

Ну так любопытно же - у шимпанзе тоже есть свои Адам и Ева?

Есть и "Адам" и "Ева" и гаплогруппы у каждого вида, даже у бактерий. Только вот надо это кому. Филогенетические деревья для шимпанзе придется строить на базе большого количества качественно прочитанных геномов. Это стоит денег. Гранты надо выбивать или у меценатов стрелять. Сами обезьянки платить за анализ не будут. Вряд ли их генеалогия интересует.
Но что-то все таки изучают и анализируют. Вот например статейка если интересно: http://www.eva.mpg.de/fileadmin/content_files/primatology/Molecular_Genetics_Laboratory/pdf/ErikssonbonoboY2006.pdf

[ankr21]

А чего у всех них мито изучают, неужели у шимпанзе нет Y-хромосомы передающейся от самца к самцу? Прикольно было бы дерево для шимпанзе составить, совпаденцев искать, TMRCA для ветки шимпанзе рассчитать, снипы делать!

Я как-то просил YFull добавить игреки по палеогеномам и для сравнения-  по Great Apes, но они не захотели, так как это усложняет обработку данных по дереву. Там очень много снипов, которые потом появились повторно в "человеческой" части дерева. Мы же мутируем параллельно:)

Ну так любопытно же - у шимпанзе тоже есть свои Адам и Ева?

Есть и "Адам" и "Ева" и гаплогруппы у каждого вида, даже у бактерий. Только вот надо это кому. Филогенетические деревья для шимпанзе придется строить на базе большого количества качественно прочитанных геномов. Это стоит денег. Гранты надо выбивать или у меценатов стрелять. Сами обезьянки платить за анализ не будут. Вряд ли их генеалогия интересует.
Но что-то все таки изучают и анализируют. Вот например статейка если интересно: http://www.eva.mpg.de/fileadmin/content_files/primatology/Molecular_Genetics_Laboratory/pdf/ErikssonbonoboY2006.pdf

Вот здесь есть митодеревья для 8 видов домашних животных. Шимпанзе к сожалению нет.
http://www.dometree.org/

[AlexanderK]

Вот здесь есть митодеревья для 8 видов домашних животных. Шимпанзе к сожалению нет.
http://www.dometree.org/

И котиков нет. Что огромное упущение - при невысокой стоимости многие в соцсетях наверняка бы своих котиков не только фоткали, но и делали бы им генетические тесты!  Впрочем для собачек с родословной это тоже неплохо пошло, можно было бы через клубы собаководов продвигать - это ведь в отличие от "родословных" не подделаешь!!!

В общем классная идея для стартапа, надо будет с Генотеком обсудить!!!!

[Шад]

Есть такие сервисы... Попадались на глаза. Но не в СССР:)
Правда вопросами филогении мало кто озабочен. Больше тестируют питомцев на наследуемые признаки/болезни.

Даже в таком профессиональном деле как коневодство не так много полных сиквенсов по Y и мито.

[Шад]

Относительно недавней новости о неандертальской митоДНК, сходной с ДНК современого человека
http://dienekes.blogspot.ru/2017/07/deepest-neandertal-mtdna-split.html

Если быть точными, то филогенетические построения показали, что неандертальский образец HST по мито находится в корне неандертальского дерева. Соответственно именно с него начинается "развилка" на неандертальские мито и мито современного человека.
Следует ли из этого вывод о том, что HST имел отношение к современным людям. На мой взгляд - нет.

Тогда откуда вот такой вывод?

Но главное заключалось в другом. Оказалось, митохондриальная ДНК неандертальца несла в себе следы скрещивания с представителями Homo sapiens. А так как эта группа неандертальцев отделилась от других сородичей более 200 тыс. лет назад, учёные сделали вывод: первые люди пришли в Европу намного раньше основной волны заселения. То есть, задолго до того, как люди заселили Европу 40 тыс. лет назад, сюда пришли отдельные группы Homo sapiens, которые намного раньше покинули Африку. Происходило это около 219 тыс. лет назад.

https://chrdk.ru/news/lyudi-mogli-priiti-v-evropu-na-150-000-let-ranshe

[Шад]

Гейдельбе́ргский челове́к и денисовцы оказались в одной кладе (https://www.yfull.com/mtree/HD/) по митоДНК, а неандертальцы и современный человек - в другой (https://www.yfull.com/mtree/NM/).

Ну и спасибо YFull - теперь можно насладиться подробным и, вероятно, обновляемым деревом по денисовцам (https://www.yfull.com/mtree/DN/) и неандертальцам (https://www.yfull.com/mtree/ND/)