23andMe - этно-популяционный анализ

[Centurion]

Извините если не в тему, если что посоветуйте кде почитать.

Как в 23andMe получить нужную информацию по маркерам соответствующим для заполнения YSearch and MitoSearch?

Никак не получить для YSearch, потому что 23ия работает только со СНИПами, а YSearch вносят STR-гаплотипы.

[Mich Glitch]

Извините если не в тему, если что посоветуйте кде почитать.

Как в 23andMe получить нужную информацию по маркерам соответствующим для заполнения YSearch and MitoSearch?

Никак не получить для YSearch, потому что 23ия работает только со СНИПами, а YSearch вносят STR-гаплотипы.

Всё правильно, выделить Вы можете только данные для MitoSearch. На 23эндМи есть специальная тема. А в ней даётся ссылка на утилиту.

[Alesh]

[ На 23эндМи есть специальная тема. А в ней даётся ссылка на утилиту.

как называется тема?

[Mich Glitch]

[ На 23эндМи есть специальная тема. А в ней даётся ссылка на утилиту.

как называется тема?

How To Easily View mtDNA Mutations Compared to CRS?
Мне как-то вытягивали другой утилитой. Но где не помню. У меня FGS (в том смысле, что полные данные и так есть), а поиск в 23эндМи работает очень медленно.

Надо, как всегда, парово3а спросить. Тут, или через личку.

[napobo3]

[ На 23эндМи есть специальная тема. А в ней даётся ссылка на утилиту.

как называется тема?

How To Easily View mtDNA Mutations Compared to CRS?
Мне как-то вытягивали другой утилитой. Но где не помню. У меня FGS (в том смысле, что полные данные и так есть), а поиск в 23эндМи работает очень медленно.

Надо, как всегда, парово3а спросить. Тут, или через личку.

Здесь.

[VictorV.]

Возможно это научные данные и их добавили в базу.

Так оно и есть:

The squares are actually from reference populations so they are not customers in our database. The tear drop shapes are actual people in our database. In other words, the squares in the Global Similarity map are not people that you can find in our database and share with.

Chia

Кстати, а запросить их возможно откуда взяты эти данные(квадраты) и можно ли узнать чьи это данные. Ведь, вполне  это какие нибудь извлечения из раскопок, тогда и предков можно будет узнать.

[I2a1a]

Возможно это научные данные и их добавили в базу.

Так оно и есть:

The squares are actually from reference populations so they are not customers in our database. The tear drop shapes are actual people in our database. In other words, the squares in the Global Similarity map are not people that you can find in our database and share with.

Chia

Кстати, а запросить их возможно откуда взяты эти данные(квадраты) и можно ли узнать чьи это данные. Ведь, вполне  это какие нибудь извлечения из раскопок, тогда и предков можно будет узнать.

Нет, это данные фазирования по популяциям.Объясню по-простому.Есть такой проект, HapMap называется. Там собираются данные по SNP-ам, которые собираются различными коммерческими и некоммерческими организациями. Это своего рода аналог базы данных по микросателлитам Y-хромосомы (yHRD), только сбор ведется по более чем миллиону снипам. Данные разделяются по условным популяциям, первыми и поэтому "классическими" стали следущие популяции

• Yoruba in Ibadan, Nigeria (abbreviation: YRI)
• Japanese in Tokyo, Japan (abbreviation: JPT)
• Han Chinese in Beijing, China (abbreviation: CHB)
• CEPH (Utah residents with ancestry from northern and western Europe) (abbreviation: CEU)

На самом деле, таких популяций сейчас более десятка, и именно данные по этим популяциям (которые кстати  можно скачать как целиком, так и отдельно по гену/cнипу из базы HapMap в формате Phased HapMap) видимо и легли в основу для сравнения (т.н. "референтную базу") при кластерном анализе на предмет наличия "главного" генетического компонента в геноме реально протестированных индивидов. Именно главные компоненты при анализе и отображаются на графике, как "южные африканцы", "восточные азиаты", "восточноевропейцы" и так далее.

[I2a1a]

Краткое описание используемого в "этноанализе" формата
http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/downloads/phasing/2007-08_rel22/phased/00README.txt

[Овод]

По ссылке, приведённой Вадимом, видно, что для референтного анализа наших гаплотипов по МГК используются не просто популяции, но данные о родстве внутри них, то есть сопоставления снипов аутосом родители-дети.

Возможно, это делается для того, чтобы определить степень неравновесия по сцеплению для каждой популяции в отдельности. И получить таким образом дополнительные данные для референтного анализа. Хотя в самой статье прямо об этом не пишется.

[I2a1a]

По ссылке, приведённой Вадимом, видно, что для референтного анализа наших гаплотипов по МГК используются не просто популяции, но данные о родстве внутри них, то есть сопоставления снипов аутосом родители-дети.

Возможно, это делается для того, чтобы определить степень неравновесия по сцеплению для каждой популяции в отдельности. И получить таким образом дополнительные данные для референтного анализа. Хотя в самой статье прямо об этом не пишется.

Более детальное описание метода
http://pritch.bsd.uchicago.edu/publications/ConradEtAl06a.pdf

[VictorV.]

Возможно это научные данные и их добавили в базу.

Так оно и есть:

The squares are actually from reference populations so they are not customers in our database. The tear drop shapes are actual people in our database. In other words, the squares in the Global Similarity map are not people that you can find in our database and share with.

Chia

Кстати, а запросить их возможно откуда взяты эти данные(квадраты) и можно ли узнать чьи это данные. Ведь, вполне  это какие нибудь извлечения из раскопок, тогда и предков можно будет узнать.

Нет, это данные фазирования по популяциям.Объясню по-простому.Есть такой проект, HapMap называется. Там собираются данные по SNP-ам, которые собираются различными коммерческими и некоммерческими организациями. Это своего рода аналог базы данных по микросателлитам Y-хромосомы (yHRD), только сбор ведется по более чем миллиону снипам. Данные разделяются по условным популяциям, первыми и поэтому "классическими" стали следущие популяции

• Yoruba in Ibadan, Nigeria (abbreviation: YRI)
• Japanese in Tokyo, Japan (abbreviation: JPT)
• Han Chinese in Beijing, China (abbreviation: CHB)
• CEPH (Utah residents with ancestry from northern and western Europe) (abbreviation: CEU)

На самом деле, таких популяций сейчас более десятка, и именно данные по этим популяциям (которые кстати  можно скачать как целиком, так и отдельно по гену/cнипу из базы HapMap в формате Phased HapMap) видимо и легли в основу для сравнения (т.н. "референтную базу") при кластерном анализе на предмет наличия "главного" генетического компонента в геноме реально протестированных индивидов. Именно главные компоненты при анализе и отображаются на графике, как "южные африканцы", "восточные азиаты", "восточноевропейцы" и так далее.

Спасибо здесь понятно...
Ну а  вот мой вопрос теперь  формулирую несколько иначе  - где же тогда хранятся данные полученные при обследований останков при раскопках, например курганов и т.д.? Понимаю что в научных базах, но а в чьих, у кого? Есть ли где нибудь подобный список? Если кто знаком с этой темой, подскажите пожалуйста. Например, нетрудно было найти посредством поисковиков,  что у "алтайской принцессы", обнаружена мито U5? А вот где всё это лежит, что бы можно было увидеть степень приближения своих и данных, например, знакомых к тому что есть в базах?

[I2a1a]

В научных статьях.Впрочем, этно-популяционный анализ на мумиях вряд ли удасться провести.

[VictorV.]

В научных статьях.Впрочем, этно-популяционный анализ на мумиях вряд ли удасться провести.

Нет мне не этно-популяционный анализ нужен - я  просто хотел бы иметь возможность сравнивать и видеть степень приближения далеко/близко.
Собственно я хотел узнать где хранятся данные(в каких научных базах) снятые с найденных останках при раскопках.

[Centurion]

В научных статьях.Впрочем, этно-популяционный анализ на мумиях вряд ли удасться провести.

Нет мне не этно-популяционный анализ нужен - я  просто хотел бы иметь возможность сравнивать и видеть степень приближения далеко/близко.
Собственно я хотел узнать где хранятся данные(в каких научных базах) снятые с найденных останках при раскопках.

Да эти данные только по митохондрии получить иногда сложно, а вы думаете что по 500 тыс снипов как орехи щелкают дДНК. Такие данные были бы опубликованы. Есть только как бы полное секвенирование по неандертальцам... но вы я думаю от них будете далеко Вся ядерная ДНК сильно подвержена разрушению. Так что не надейтесь.

[VictorV.]

В научных статьях.Впрочем, этно-популяционный анализ на мумиях вряд ли удасться провести.

Нет мне не этно-популяционный анализ нужен - я  просто хотел бы иметь возможность сравнивать и видеть степень приближения далеко/близко.
Собственно я хотел узнать где хранятся данные(в каких научных базах) снятые с найденных останках при раскопках.

Да эти данные только по митохондрии получить иногда сложно, а вы думаете что по 500 тыс снипов как орехи щелкают дДНК. Такие данные были бы опубликованы. Есть только как бы полное секвенирование по неандертальцам... но вы я думаю от них будете далеко Вся ядерная ДНК сильно подвержена разрушению. Так что не надейтесь.

Да, я об этом слышал...Но  ведь  mt алтайской принцессы все-таки определили как U5 и из курганных захоронений было извлечено немало -в основном фигурирует R1a. У тохарских мумий в Китае были извлечены R1a и, как ни странно, R1b -это то, что успели до того как Китай засекретил результаты исследований. Так что не всё и не везде разрушается, но вот где бы поподробнее найти "расшивки" имеющихся  результатов -в этом вопрос...

Вот что подвигло меня на размышления:
"Не так давно достоянием научной общественности стали результаты генетического исследования останков представителей древнего индоевропейского населения Сибири. Учеными были исследованы 25 костных фрагментов, относящихся к четырем древним культурам – андроновской, карасукской, тагарской и таштыкской, которые существовали на территории современного Красноярского края с третьего тысячелетия до н.э. по четвертый век н.э. Цель исследования заключалась в том, чтобы по аутосомным генам определить цвет кожи, волос и глаз людей. Это удалось сделать для 23 из 25 образцов. Оказалось, что, по меньшей мере, 60% исследованных лиц имели светлые (голубые или зеленые) глаза. Вывод ученых: "фенотип большинства древних образцов имел типичную светлую европейскую пигментацию, по всей видимости, им были присущи черты типичного европейского пигмента, т.е. глаза голубого или зеленого цвета и светлые волосы и кожа, и они, вероятно, имели индивидуальное европейское происхождение".
    В том же исследовании гены из 25 костных останков были сравнены с образцами генов европейцев, азиатов и африканцев. Оказалось, что 22 лица имели европейское происхождение, 2 – азиатское и 1 – промежуточное между европейским и азиатским. Ранее те же останки были исследованы с целью определения их мужской гаплогруппы (Y-хромосомы). Это удалось сделать для 18 образцов. 17 из них относились к индоевропейской гаплогруппе R1a1, а 1 – к азиатской гаплогруппе С. Таким образом, очевидно прямое соотношение между индоевропейской мужской гаплогруппой R1a1, европейскими аутосомными генами и светлой пигментацией."