АвторТема: 23andMe - этно-популяционный анализ  (Прочитано 135621 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Otto

  • Сообщений: 57
  • Страна: lv
  • Рейтинг +7/-0
  • Lodins, Konarzewski, Ovsepian, Tikocki, Wegner
  • Y-ДНК: R1b1b2a1a1
  • мтДНК: U3b
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #435 : 19 Декабрь 2012, 17:45:17 »
К сожалению ну никак неполучается присоединить картинку..
Но, всё равно, попробую задать вопрос -  так Аз есьм чайник, всё гадаю о Х-хромосоме-у меня она на 95%Middle East. Правильно ли я понимаю- если моя мама получила Х-хромосому от своей мамы-польки и мамы отца-армянки, то должна быть смешанная Восточно европейская- Ближневосточная Х-хромосома. Но как могло случится, что моя Х-хромосома вся  (армянская)? У польско-русской бабушки на несклолько поколений непросматриваются ни армяне, не цыгане..
И ещё вопрос - если я правильно понимаю каждую часть парной аутосомной хромосомы человек наследует от каждого одного родителя. То есть если у меня одна частй состоит из Бл.В. и скажем С.Е., то это явно от мамы из-за армянских предков. А другая часть, скажем В.Е. от отца. Сравнивая с другими совпаденцами, если на этой хромосоме совпадение, и оно на "маминой" половине пары, то это значит у нас и связь через маму. Извините если вопрос дурацкий :)

Оффлайн kbg

  • Сообщений: 752
  • Страна: ua
  • Рейтинг +109/-0
  • Днипро
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #436 : 19 Декабрь 2012, 18:13:56 »
Я тоже чайник, но наглый (или любознательный?). У меня 2 Х-хр., одну я получила от папы, а одну от мамы. Поэтому на картинке, которую мне рисуют на Х-зр. 23эндМи, могут быть представлены обе мои ветки.
Я предполагаю, что то же верно для Вашей мамы.
Или как?  ???

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #437 : 19 Декабрь 2012, 19:08:37 »
Но, всё равно, попробую задать вопрос -  так Аз есьм чайник, всё гадаю о Х-хромосоме-у меня она на 95%Middle East. Правильно ли я понимаю- если моя мама получила Х-хромосому от своей мамы-польки и мамы отца-армянки, то должна быть смешанная Восточно европейская- Ближневосточная Х-хромосома.
По идее да, она должна состоять из длинных кусков, полученных от мамы вашей мамы и от мамы отца вашей мамы. Но тут, похоже, рекомбинация у вашей мамы не произошла и вам достался очень длинный кусок только с одной стороны. Я не специалист и не знаю, насколько вероятен такой вариант, может быть, это вполне типично.
.И ещё вопрос - если я правильно понимаю каждую часть парной аутосомной хромосомы человек наследует от каждого одного родителя. То есть если у меня одна частй состоит из Бл.В. и скажем С.Е., то это явно от мамы из-за армянских предков. А другая часть, скажем В.Е. от отца. Сравнивая с другими совпаденцами, если на этой хромосоме совпадение, и оно на "маминой" половине пары, то это значит у нас и связь через маму. Извините если вопрос дурацкий :)
Абсолютно верно, но только 23andme не знает, какой снип получен от какого родителя. Когда они рисуют на картинке пару хромосом, разделение там только предположительное, и может быть неверным. Поэтому с какой стороны совпаденец, можно определить, только если у вас протестирован кто-то из родителей. Ну или сделать предположение, исходя из национальности совпаденца. Многие совпаденцы ложные, когда какие-то части общего сегмента получены от мамы, какие-то части от папы, а вместе получается длинный общий сегмент.

Оффлайн Alex AXe

  • Сообщений: 319
  • Страна: ua
  • Рейтинг +39/-0
  • Y-ДНК: J1 Z1842+ CTS1460-
  • мтДНК: I1a1c
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #438 : 19 Декабрь 2012, 22:05:14 »
Но, всё равно, попробую задать вопрос -  так Аз есьм чайник, всё гадаю о Х-хромосоме-у меня она на 95%Middle East. Правильно ли я понимаю- если моя мама получила Х-хромосому от своей мамы-польки и мамы отца-армянки, то должна быть смешанная Восточно европейская- Ближневосточная Х-хромосома.
По идее да, она должна состоять из длинных кусков, полученных от мамы вашей мамы и от мамы отца вашей мамы. Но тут, похоже, рекомбинация у вашей мамы не произошла и вам достался очень длинный кусок только с одной стороны. Я не специалист и не знаю, насколько вероятен такой вариант, может быть, это вполне типично.
Вполне вероятен. У меня по некоторым хромосомам видно, что папа передал мне только дедову или только бабушкину. Тем более, что в Х рекомбинация менее вероятна, как мне кажется чем в аутосоме сравнимой длины.
У меня в совпаденцах есть 2 сестры, так у них между собой  вообще нет никаких совпадений по одной из пар хромосом.

Оффлайн Humanophage

  • Сообщений: 3
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: E-V13
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #439 : 20 Декабрь 2012, 00:44:11 »
А мне нравится, что гадают. У меня есть любимая идея, которую я всюду повторяю (пардон  :-[) про то, что еще 2 года назад (!!!) тест на 23эндМи стоил 500 долл., да и в 2012 еще 300 - это не те суммы, которые могут оторвать от семьи среднестатистические граждане СНГ (и даже в Европе-Америке таких не очень много), т.е. все это еще в очень младенческой стадии развития. Калькулятору Веренича на ГМ еще года нет, кажется...
Так что спасибо всем "гадалкам" (и их критикам тоже) - благодаря им этноанализ становится все точнее  :) :) :)
Я имею в виду именно этот новый анализ на 23andMe, в калькуляторах как раз используют правильный подход.

В принципе, нет ничего плохо в том, чтобы попробовать все подходы, просто этот мне кажется менее адекватным, чем калькуляторные. На 23andme никогда не было собственных аналогичных калькуляторов. Впрочем, с этой функцией начинает справляться GEDMATCH.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #440 : 20 Декабрь 2012, 08:08:54 »
Я тоже думаю, что калькуляторы адекватнее анализа 23andme. Для нас, восточноевропейцев, альтернативы им пока по сути нет. Тем не менее,  интересно попробовать все подходы. Все-таки деятельность 23andme направлена не на нас, так что сложно от них ждать полного удовлетворения наших потребностей :) Калькуляторные условные единицы интуитивно понимаются неправильно, видимо, поэтому они пошли другим путем.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #441 : 20 Декабрь 2012, 20:36:29 »
Вполне вероятен. У меня по некоторым хромосомам видно, что папа передал мне только дедову или только бабушкину. Тем более, что в Х рекомбинация менее вероятна, как мне кажется чем в аутосоме сравнимой длины.
У меня в совпаденцах есть 2 сестры, так у них между собой  вообще нет никаких совпадений по одной из пар хромосом.
Вот хороший показательный случай: двоюродные сестры, родство чисто по женской линии. На X-хромосоме такая картинка:
Нет общего сегмента - половинный общий сегмент - нет общего сегмента - центромера - нет общего сегмента
Их разделяет четыре передачи генов (по две от бабушки к каждой внучке). На этом расстоянии как минимум один раз была рекомбинация (двойная). Но мне кажется, если бы рекомбинаций было четыре, то общих сегментов получилось бы больше. Двоюродные сестры разделяют 1/8 общих генов, а здесь общий половинный сегмент довольно короткий, что-то порядка 1/15 длины хромосомы = 1/30 общих генов. Если этот случай отображает реальное распределение вероятностей, тогда рекомбинация X-хромосомы чаще не происходит, чем происходит.

Update Совсем забыл про дедушку по материнской линии, я почему-то вечером подумал, что дедушки разные. Общий дедушка заведомо передает свою X-хромосому обеим матерям и тогда общих генов по ней у кузин должно быть в среднем 3/8. В случае разных дедушек так и остается 1/8
« Последнее редактирование: 21 Декабрь 2012, 08:05:57 от Srkz »

Оффлайн nmash

  • Сообщений: 585
  • Страна: ru
  • Рейтинг +63/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #442 : 20 Декабрь 2012, 21:29:20 »
Их разделяет четыре передачи генов (по две от бабушки к каждой внучке).
???

Общая 1 бабушка ХХ (это точно - мама наших с кузиной матерей) + 1 мама моего папы + 1 мама кузининого папы = ???

Кого я упустила?
Общая 1 бабушка ХХ   отдала мне Х или Х
Папина мама из ХХ отдала мне тоже 1 Х,
т.е. у меня м.б.Х и Х
или
 Х и Х
или
Х и Х
или
Х и Х?
« Последнее редактирование: 20 Декабрь 2012, 21:37:34 от nmash »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #443 : 20 Декабрь 2012, 21:37:41 »
Их разделяет четыре передачи генов (по две от бабушки к каждой внучке).
???

Общая 1 бабушка (это точно - мама наших с кузиной матерей) + 1 мама моего папы + 1 мама кузининого папы = ???

Кого я упустила?
От вас к маме переход раз, от мамы к бабушке два, от бабушки к маме кузины три, от мамы кузины к кузине четыре. Или, если считать от бабушки, два перехода по одной линии и два по другой.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #444 : 20 Декабрь 2012, 21:45:27 »
Либо вам, либо вашей кузине, либо обеим сразу достался кусочек красной хромосомы от бабушки, и кусочек синей (они перемешались при передаче). Мы пытаемся оценить, насколько часто это перемешивание происходит. Если бы хромосомы передавались исключительно целыми, тогда у вас с кузиной либо было бы половинное совпадение по всей хромосоме (с вероятностью 1/8), либо никакого совпадения.

То есть возможны, например, варианты:
т.е. у меня м.б.}{ и Х
или
}{ и Х

Update Как уже писал выше, забыл про дедушку. Одна X-хромосома может прийти от дедушки по материнской линии. При общем дедушке вероятность сопадения в данном случае повышается до 3/8
« Последнее редактирование: 21 Декабрь 2012, 08:10:59 от Srkz »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #445 : 02 Январь 2013, 21:53:29 »
Появились результаты моей мамы в 23andme. Теперь мы можем сравнить, как меняются показатели Ancestry Composition после фазирования данных по родителю. Используются результаты в режиме Speculative, как наиболее интересные и экзотичные :)
Я до фазирования:


Uploaded with ImageShack.us

Моя мама до фазирования (первые сутки):


Uploaded with ImageShack.us
Моя мама после моего фазирования (уж не знаю, как их алгоритм отражается на родителе, но изменения очевидны):


Uploaded with ImageShack.us

Я после фазирования:


Uploaded with ImageShack.us

Режим Split View:


Uploaded with ImageShack.us

Ну что сказать, результаты странные. Достаточно посмотреть на различия в X-хромосоме, судя по всему, левая часть передалась мне от мамы без рекомбинации, но показывается по-другому. Split View тоже доверия не внушает, судя по совпаденцам, большая часть финских генов должна была придти как раз от мамы. Ну и увеличилось количество нераспознанных сегментов, либо распознанных как Nonspecific European.
Из положительного могу отметить пропажу немецких и британских сегментов, они были явно лишними :)

Оффлайн sanych_85

  • Сообщений: 370
  • Страна: ru
  • Рейтинг +27/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b
  • мтДНК: H, H6a1b (по отцу)
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #446 : 02 Январь 2013, 22:09:29 »
Srkz ,а у мамы корни откуда? Приличная финская компонента

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #447 : 02 Январь 2013, 23:00:43 »
Srkz ,а у мамы корни откуда? Приличная финская компонента
С Дальнего Востока. Один прадед был казаком, остальные предки неизвестны. Аутосомный компонент South Asian/Indian позволяет предположить Урал/Поволжье, хотя в совпаденцах преобладают финны Финляндии.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1259
  • Страна: il
  • Рейтинг +348/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #448 : 03 Январь 2013, 13:38:53 »
Srkz ,а у мамы корни откуда? Приличная финская компонента
С Дальнего Востока. Один прадед был казаком, остальные предки неизвестны. Аутосомный компонент South Asian/Indian позволяет предположить Урал/Поволжье, хотя в совпаденцах преобладают финны Финляндии.
В HIR Search в последнее время повалили финны, закиньте свои данные, чтобы увидеть кто из них ближе.
http://bit.ly/h_o_w_t_o

Оффлайн kbg

  • Сообщений: 752
  • Страна: ua
  • Рейтинг +109/-0
  • Днипро
Re: 23andMe - этно-популяционный анализ
« Ответ #449 : 03 Январь 2013, 15:50:18 »
У меня ссылка не открывается  :(

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.