АвторТема: Якуты N1c1  (Прочитано 165184 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2241
  • Рейтинг +660/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Якуты N1c1
« Ответ #45 : 27 Апрель 2011, 14:19:41 »
Уважаемый VovanX, я тоже обратил на это внимание, когда работал над сводной статьей по гаплогруппам якутов

(RJGG (русская версия), 2010 №1). Два гаплотипа под номером 46 явно относятся к гаплогруппе O2b1-47z:

15-14-30-22-10-13-13-9,19-13-12-14-18-15-20-20-12.

Значения Y-STR повторов даю в стандартной последовательности YHRD для 17-маркерных гаплотипов.

Сравните с корейскими гаплотипами из статьи Kim S.H. et al. (2011) High frequencies of Y-chromosome haplogroup O2b-SRY465 lineages in Korea: a genetic perspective on the peopling of Korea. Investigative Genetics, 2:10 doi: 10.1186/2041-2223-2-10.

O2b1 Ht533: 15-14-30-22-10-13-13-9,19-13-12-14-18-15-18-20-12,
O2b1 Ht544: 15-14-31-22-10-13-13-9,19-13-12-14-18-15-19-20-13.

Гаплотипы номер 46 из Западной Якутии (Вилюйский и Верхневилюйский улусы). В этих улусах с 30-х годов прошлого века проживает немало потомков корейских переселенцев. Мне представляется, что эти гаплотипы определены верно.

« Последнее редактирование: 27 Апрель 2011, 14:54:11 от Nimissin »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2241
  • Рейтинг +660/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Якуты N1c1
« Ответ #46 : 27 Апрель 2011, 14:49:36 »
Гаплотип номер 57 очень интересен. Я его отношу к гаплогруппе С3с-М48(xM77,M86). Характерной особенностью таких гаплотипов является очень маленькое число тандемных повторов в DYS389I = 10. Такие гаплотипы образуют небольшой кластер, обладателями являются якуты (вилюйские), эвенки, эвены, юкагиры. Самая высокая частота выявлена у коряков (Малярчук и др.(2010): 11/39 = 28.2 %). Среди якутов наиболее часто встречается значение DYS385 = 11,12:

15-10-27-24-9-11-13-11,12-10-11-14-20-15-18-21-11 (4 чел.)

Гаплотип номер 56:

15-10-27-24-9-11-13-12,19-10-11-14-20-15-18-21-11.

Возможно, есть ошибка исследователей, вместо 11 определили 19.

Но, с другой стороны, есть пример гаплотипов C3d (Малярчук и др., 2010), в одной части которых DYS385 = 11,11, а в другой части DYS385 = 11,18 (это т.н. БМГ - бурятский модальный гаплотип). Вследствие recLOH происходит скачок 11 -> 18 (или наоборот). По этой же причине могут происходить аналогичные скачки

11 -> 19 в гаплотипах C3c(xM77,M86),

11 -> 19 в гаплотипах N1c1 якутов.

Конечно, это все предположения, нуждающиеся в специальной проверке.

Я полагаю, что уровень исследований у французской группы весьма высок. Смогли же амплифицировать участки Y-хромосомы из якутских захоронений 15-19 веков.

Оффлайн VovanX

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 72
  • Рейтинг +26/-0
  • пляшите с бубном правильно!
  • Y-ДНК: I2a2-M423
Re: Якуты N1c1
« Ответ #47 : 27 Апрель 2011, 15:31:33 »
Уважаемый Nimissin. Касательно ht 46 видимо Вы правы.
По ht 57 немного ошибаетесь. Специфичный кластер гаплотипов с размером 7 (10) по 389-1 относится не к С3с и не к С3d (бурятский модал), а к С3* (xM77, M48, M407). Максимум частоты его не у коряков (хотя там его тоже много), а у НИВХОВ Сахалина (что жутко интересно на мой взгляд).

Насчет скачков. У меня после перепроверки сомнительных образцов никаких скачков не остается ;) На 200 якутах N1c ничего такого нет. 19 аллели 385-го идут на тех праймерах что используем мы как раз размером 401п.н., а в маркере мол. веса есть пик 400. Как вариант. На плохих по качеству образцах очень часто неспецифичные пики могут быть выше правильных, специфичных - тоже можно принять за основной. Могут быть и аберрантные продукты при плохой денатурации ДНК в формамиде перед загрузкой в анализатор.

Оффлайн VovanX

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 72
  • Рейтинг +26/-0
  • пляшите с бубном правильно!
  • Y-ДНК: I2a2-M423
Re: Якуты N1c1
« Ответ #48 : 27 Апрель 2011, 15:40:41 »
Уровень конечно уровнем, кто бы спорил, но ЛЮДЯМ СВОЙСТВЕННО ОШИБАТЬСЯ. А при генотипировании STR и подавно, особенно если перед носом нет пары сотен родственных гаплотипов для сравнения и тщательной перепроверки результатов на предмет выбивающихся аллелей. Еще один вариант источника ошибки - полностью автоматическое определение всех размеров (скорее всего так и было), без проверки вручную правильности определение размерной линейки в КАЖДОМ образце. Она частенько завирает именно после 350 п.н. Программа проскочила один из пиков линейки и посчитала вместо него следующий, в результате пики продуктов приобрели неправильный размер. Поскольку 385 это самый тяжелый локус, то сбой определения пика линейки 400 не затронет солусы короче 350 п.н. (все остальные) и человек просто не заметит кривого генотипа.

Оффлайн VovanX

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 72
  • Рейтинг +26/-0
  • пляшите с бубном правильно!
  • Y-ДНК: I2a2-M423
Re: Якуты N1c1
« Ответ #49 : 27 Апрель 2011, 15:44:23 »
Это все конечно ИМХО. И возможно они действительно нашли СУПЕРРЕДКОСТНЫХ мутантов сразу на 6 тандемов. 385 такое любит (например спец. кластер R1a1 у алтайцев)

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2241
  • Рейтинг +660/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Якуты N1c1
« Ответ #50 : 27 Апрель 2011, 16:25:22 »
По ht 57 немного ошибаетесь. Специфичный кластер гаплотипов с размером 7 (10) по 389-1 относится не к С3с и не к С3d (бурятский модал), а к С3* (xM77, M48, M407).
Уважаемый VovanX. При определении гаплогруппы кластера гаплотипов с 10 повторами в DYS389I я ориентировался на статью Пакендорф и др. (2006). Несмотря на то, что в ней нет прямого указания на эти гаплотипы, при более тщательном изучении размещенных в YHRD гаплотипов можно установить, что Пакендорф с соавторами нашли в них мутацию M48, определяющую гаплогруппу C3c. А вот мутации M86 в них не нашли. Если предположить, что маркеры M77 (которые используете Вы и группа Малярчука) и M86 параллельны, то и по M77 в гаплотипах с DYS389I = 10 мутации не будет. Что и показано было Борисом Малярчуком с соавторами в статье 2010  года на 11 гаплотипах коряков С3(хМ77).

Максимум частоты его не у коряков (хотя там его тоже много), а у НИВХОВ Сахалина (что жутко интересно на мой взгляд).

Уважаемый VovanX, а гаплотипы нивхов где-нибудь опубликованы?
« Последнее редактирование: 27 Апрель 2011, 16:39:31 от Nimissin »

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2241
  • Рейтинг +660/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Якуты N1c1
« Ответ #51 : 27 Апрель 2011, 16:30:33 »
Насчет скачков. У меня после перепроверки сомнительных образцов никаких скачков не остается ;) На 200 якутах N1c ничего такого нет.
Вы нарастили статистику по гаплотипам якутов? В Вашей работе 2008 года было 109 гаплотипов усть-алданских якутов.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2241
  • Рейтинг +660/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Якуты N1c1
« Ответ #52 : 27 Апрель 2011, 16:38:46 »
Уровень конечно уровнем, кто бы спорил, но ЛЮДЯМ СВОЙСТВЕННО ОШИБАТЬСЯ. А при генотипировании STR и подавно, особенно если перед носом нет пары сотен родственных гаплотипов для сравнения и тщательной перепроверки результатов на предмет выбивающихся аллелей. Еще один вариант источника ошибки - полностью автоматическое определение всех размеров (скорее всего так и было), без проверки вручную правильности определение размерной линейки в КАЖДОМ образце. Она частенько завирает именно после 350 п.н. Программа проскочила один из пиков линейки и посчитала вместо него следующий, в результате пики продуктов приобрели неправильный размер. Поскольку 385 это самый тяжелый локус, то сбой определения пика линейки 400 не затронет солусы короче 350 п.н. (все остальные) и человек просто не заметит кривого генотипа.
Согласен с Вами, проверка вручную очень полезна, а для нас, ДНК-генеалогов, обязательна. Только так, обработав вручную сотни гаплотипов, начинаешь чувствовать всю выборку. Я наметанным глазом сразу определяю некоторые гаплогруппы - N1c1, C3, H1a с субкладами.
А 385 локус мне нравится, очень информативный :).

Оффлайн VovanX

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 72
  • Рейтинг +26/-0
  • пляшите с бубном правильно!
  • Y-ДНК: I2a2-M423
Re: Якуты N1c1
« Ответ #53 : 28 Апрель 2011, 09:34:18 »
Цитировать
Уважаемый VovanX. При определении гаплогруппы кластера гаплотипов с 10 повторами в DYS389I я ориентировался на статью Пакендорф и др. (2006). Несмотря на то, что в ней нет прямого указания на эти гаплотипы, при более тщательном изучении размещенных в YHRD гаплотипов можно установить, что Пакендорф с соавторами нашли в них мутацию M48, определяющую гаплогруппу C3c. А вот мутации M86 в них не нашли. Если предположить, что маркеры M77 (которые используете Вы и группа Малярчука) и M86 параллельны, то и по M77 в гаплотипах с DYS389I = 10 мутации не будет. Что и показано было Борисом Малярчуком с соавторами в статье 2010  года на 11 гаплотипах коряков С3(хМ77).
Уважаемый Nimissin. Я про это и писал, думал, что Вы имеете в виду С3с по M77 или M86. M48 не типируем.
Цитировать
Вы нарастили статистику по гаплотипам якутов? В Вашей работе 2008 года было 109 гаплотипов усть-алданских якутов.
Так точно.
Цитировать
Уважаемый VovanX, а гаплотипы нивхов где-нибудь опубликованы?
Пока нет, но я постараюсь написать статью в ближайшие месяцы.
 

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2241
  • Рейтинг +660/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Якуты N1c1
« Ответ #54 : 28 Апрель 2011, 11:38:42 »
Цитировать
Вы нарастили статистику по гаплотипам якутов? В Вашей работе 2008 года было 109 гаплотипов усть-алданских якутов.
Так точно.
Цитировать
Уважаемый VovanX, а гаплотипы нивхов где-нибудь опубликованы?
Пока нет, но я постараюсь написать статью в ближайшие месяцы.
 
Спасибо за пояснения, уважаемый VovanX. Будем ждать публикации Ваших статей и данных по гаплотипам. А гаплотипы нивхов было бы уместно типировать и по М48, действительно очень интересный материал!

Оффлайн VovanX

  • Группа: ученые-генетики
  • Сообщений: 72
  • Рейтинг +26/-0
  • пляшите с бубном правильно!
  • Y-ДНК: I2a2-M423
Re: Якуты N1c1
« Ответ #55 : 28 Апрель 2011, 14:04:03 »
Ну вот теперь придется их сначала типировать на М48 ;(((

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2241
  • Рейтинг +660/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Якуты N1c1
« Ответ #56 : 28 Апрель 2011, 14:08:01 »
 ;D

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Якуты N1c1
« Ответ #57 : 28 Апрель 2011, 14:23:25 »
Владимир, о возможности ошибки в типировании DYS385 рассказали убедительно.
Среди якутов наиболее часто встречается значение DYS385 = 11,12:

15-10-27-24-9-11-13-11,12-10-11-14-20-15-18-21-11 (4 чел.)

Гаплотип номер 56:

15-10-27-24-9-11-13-12,19-10-11-14-20-15-18-21-11.

Возможно, есть ошибка исследователей, вместо 11 определили 19.

Это все конечно ИМХО. И возможно они действительно нашли СУПЕРРЕДКОСТНЫХ мутантов сразу на 6 тандемов. 385 такое любит (например спец. кластер R1a1 у алтайцев)


Но, с другой стороны, есть пример гаплотипов C3d (Малярчук и др., 2010), в одной части которых DYS385 = 11,11, а в другой части DYS385 = 11,18 (это т.н. БМГ - бурятский модальный гаплотип). Вследствие recLOH происходит скачок 11 -> 18 (или наоборот).
Но если это не ошибка, то наверняка наоборот. Предковый якутов может быть 12,19(сохранился у очень малого количества). У предка остальных RecLOH 12,12 и затем мутация 11,12. Именно это значение и встречается у большинства.
Возможен такой вариант.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2241
  • Рейтинг +660/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: Якуты N1c1
« Ответ #58 : 28 Апрель 2011, 14:36:15 »
Из статьи Tajima A. et al. (2004) Genetic origins of the Ainu inferred from combined DNA analyses of maternal and paternal lineages. J.Hum.Genet. 49: 187-193.

Nivkhi (n=21):
C3-M217        8/21 = 38.1 %,
O-M175          6/21 = 28.6 %,
P-P27             4/21 = 19.0 %,
R-SRY10831b  2/21 = 9.5 %,
Y(xA,C,DE,K)   1/21 = 4.8 %.

M48 не типировали. P-P27, по-видимому, это Q.

Оффлайн YurganАвтор темы

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8737
  • Страна: gt
  • Рейтинг +748/-7
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Якуты N1c1
« Ответ #59 : 22 Сентябрь 2011, 22:30:40 »
Родство хакаса Сандараева и уважаемого Nimissina несомненно.
Но точно такие же показатели у эстонца  N56160 Mihkli Juri, b. 1736, Martna, Estonia
По мутациям он также близок к уважаемому Nimissinу.
Вот тебе и сибирский след у эстонцев.
Надо выявлять снип  и проверять, правда ли это.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100