Semargl.me: он-лайн сервис для анализа данных по Y-ДНК

[Murzalar]

Тобишь надо сначало в Ysearch его внести?

Да.

Благодарю.

[zea78]

Кто подскажет, почему в базе Семаргла карта на айпэде перестала отображаться?

[Semargl]

Кто подскажет, почему в базе Семаргла карта на айпэде перестала отображаться?

С гуглокартой сейчас есть некоторые проблемы. Бесплатно они разрешают ей пользоваться до достижения определенного порога запросов, по крайней мере так было раньше. Сейчас запросы к картам выполняются значительно дольше. Может это связано с превышением порога бесплатных запросов, а может немного поменялось API. Будет время, займусь этим вопросом. Может сделаю свой картографический сервер и отвяжусь от гугла.

[grimsvotn]

Друзья, можете создать в базе новую пoдгруппу - FGC11555 (внутри L1280)?
Включить туда тех, у кого этот снип положителен

[grimsvotn]

Да, все FGC11555+ здесь, на 2 или 3 страничке:
https://www.familytreedna.com/public/R1a/

[varang]

ждем чувствуется нехватка!

[Белгородец]

                           Здравствуйте!
На сайте Семаргла есть возможность строить филогенетические деревья, см. http://www.semargl.me/en/dna/ydna/tools/build-tree-and-asd-pairs/
При построении деревьев есть возможность не рассматривать палиндромы DYS464, DYS385 и CDY.
        Результаты без учета и с учетом палиндромов получаются весьма и весьма отличающимися...
        Понятно, что палиндромы менее надежны, чем одиночные маркеры, но насколько?
Какой из вариантов дерева (без палиндромов, с 1, 2 или 3 палиндромами) получается наиболее надежным?

[Semargl]

Понятно, что палиндромы менее надежны, чем одиночные маркеры, но насколько?
Какой из вариантов дерева (без палиндромов, с 1, 2 или 3 палиндромами) получается наиболее надежным?

Вопрос не в надежности, а самой специфике мутаций в палиндромных маркерах. Есть RecLOH, дупликация, делеция. Если подобные мутации произошли в палиндромном маркере, то он может отличаться сразу на несколько шагов от обычного, но это все равно является одной мутацией. Именно поэтому я сделал возможность исключать палиндромные маркеры из расчетов. Если гаплотипы с нестандартными мутациями в палиндромных маркерах есть в вашей выборке используемой для построения дерева, то конечно же правильным будет исключить эти маркеры из расчетов.

[Аббат Бузони]

Участника 335451 уберите из группы S2078*, так как он отдалился от меня (276034, S2078*) на 15 мутаций на 37 маркерах, что уже чересчур много для дальних родственников. К тому же у этого участника пока нет результатов тестов на снипы.

Это лучше к Аббат Бузони обратиться.

Сделано. Белогорец, не всегда могу оперативно внести изменения, поэтому пишите прошу писать сюда, когда будет вопросы по гг I
http://forum.molgen.org/index.php/topic,7258.0.html

[Farroukh]

Залогиниваюсь в Семрагл.ме, но не вижу заветной кнопочки для добавления гаплотипа в базу. Причина?

[Панк]

Почему гт с Positive SNP:   Y2910,
находится в субкладе R1a-CTS3402+, Y33+, CTS8816+, Y1392+, Y2902+ (Volga-Carpathian) Ungrouped
а не R1a-CTS3402+, Y33+, CTS8816+, Y1392+, Y2902+, Y2910+ (East Volga-Carpathian) (Y2910+ or predicted +)
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/kit/57602/

Аналогично для
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/kit/60662/
только западная подветвь

[Lesla]

Почему гт с Positive SNP:   Y2910,
находится в субкладе R1a-CTS3402+, Y33+, CTS8816+, Y1392+, Y2902+ (Volga-Carpathian) Ungrouped
а не R1a-CTS3402+, Y33+, CTS8816+, Y1392+, Y2902+, Y2910+ (East Volga-Carpathian) (Y2910+ or predicted +)
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/kit/57602/

Аналогично для
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/kit/60662/
только западная подветвь

Потому что ветви вручную выставляются. И если было изменение в гаплотипе (новый снип, к примеру), то надо это заметить и опять вручную изменить ветвь.
Спасибо за замечание! Исправил.

Вообще, будем рады замечаниям по гаплотипам в базе Семаргла. База разрастается и не всегда успеваем реагировать на конкретные гаплотипы. Будем рады, если ваши замечания вы запостите в профильных (гаплотипных) темах/разделах. Тогда админы, отвечающие за эти гаплгруппы в базе Семаргла оперативно внесут изменения.

[Semargl]

Почему гт с Positive SNP:   Y2910,
находится в субкладе R1a-CTS3402+, Y33+, CTS8816+, Y1392+, Y2902+ (Volga-Carpathian) Ungrouped
а не R1a-CTS3402+, Y33+, CTS8816+, Y1392+, Y2902+, Y2910+ (East Volga-Carpathian) (Y2910+ or predicted +)
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/kit/57602/

Аналогично для
http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/kit/60662/
только западная подветвь

Я только начал разбивать ВК ветвь на подветви. Там много еще не отнесенных гаплотипов. Появится время - продолжу.

[varang]

Можно было бы попросить внести и YP418 в карты снипов на Семаргле?

[varang]

1. Можно было бы попросить внести и YP418 в карты снипов на Семаргле?

2. И можно было заодно и попросить отобразить в Семаргле  всех позитивных на этот снип из R1a Project?