Я использую по старинке программу TNT, с расчетом возраста ветвей методом МВП самописным скриптом. Результаты перекидываю в графвиз с подсветкой цветом близких по маркерам кластеров, не обязательно совпадающих с выделенными TNT ветвями (помогает при анализе). При построении используются как самостоятельно определенные веса, так и без весов. В дополнение к STR можно использовать известные SNP с большим весом, которые ограничивают число возможных вариаций ветвей и делают полученный результат более точным.
Хотя с тестами NGS это все стало не таким уж актуальным.