калькулятор TMRCA

[BayerM34]

На здоровье. Для построения деревьев с возрастами рекомендую программу MURKA

Спасибо!

[Farroukh]

Также могу посоветовать калькулятор Дональда:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,12961.0.html

[Val_Metov]

Я именно с этих сайтов и начинал сравнивать гаплотипы. По 1,5 - 2 тыс. за раз. При сравнении 111 маркерных гаплотипов работает не плохо. Y12 абсолютно бесполезен. y37 тоже спорно.
Принцип подсчета там арифметический. На сколько я помню, скорости мутаций не учитываются. В итоге перешел на инструмент сравнения маркеров который возраст не показывает, но очень наглядно показывает по каким именно маркерам отличаются гаплотипы. Какие из них медленные, какие редкие итд.
https://phylogeographer.com/str-match-finder.html#matchOutput
Там же есть ссылка на таблицу скоростей мутаций маркеров.

[Semargl]

Я использую по старинке программу TNT, с расчетом возраста ветвей методом МВП самописным скриптом. Результаты перекидываю в графвиз с подсветкой цветом близких по маркерам кластеров, не обязательно совпадающих с выделенными TNT ветвями (помогает при анализе).  При построении используются как самостоятельно определенные веса, так и без весов. В дополнение к STR можно использовать известные SNP с большим весом, которые ограничивают число возможных вариаций ветвей и делают полученный результат более точным.
Хотя с тестами NGS это все стало не таким уж актуальным.

[Emir]

13 различий в 111 маркерах. подскажите. это 30 поколений? т.е. это ~1000 лет

13   22   14   11   11-13   12   12   11   13   13   29   18   9-10   11   11   25   15   19   29   15-15-16-17   11   11   19-23   15   15   16   16   36-37   12   12   11   10   15-16   8   10   10   8   10   10   12   23-23   15   10   12   12   15   8   12  22   20   13   12   11   13   11   11   13   12   36   15   9   14   11   25   26   19   11   11   12   12   10   9   11   12   10   11   11   30   12   12   25   13   10   10   21   15   18   14   24   17   12   16   25   12   23   18   10   14   17   9   12   11

13   22   14   11   11-13   12   12   11   13   13   29   19   9-9   11   11   25   15   19   29   15-15-17-17   11   11   19-23   15   15   17   17   36-37   12   12   11   10   15-16   8   11   10   8   10   10   12   23-23   15   10   12   12   15   8   12   21   20   13   12   11   13   11   11   13   12   35   15   9   14   12   25   26   19   12   11   12   12   10   9   11   12   10   11   11   30   12   12   25   13   10   10   22   15   19   14   24   17   13   16   25   12   23   18   10   14   17   9   12   11

[Emir]

Я бы сказал, от 17 до 50.

Ничего себе разбег

[Farharaji]

Действительно, это может быть как 600 лет назад так и 1.5 тысячи
12 различий всреднем дает 850 лет назад
Но я бы обратил внимание что есть изменения на медленных маркерах, напр. Dys459, также Dys537, что может отдалить время MRCA. Впрочем нужен системный анализ специалистов.

[Farharaji]

Действительно, это может быть как 600 лет назад так и 1.5 тысячи
12 различий всреднем дает 850 лет назад
Но я бы обратил внимание что есть изменения на медленных маркерах, напр. Dys459, также Dys537, что может отдалить время MRCA. Впрочем нужен системный анализ специалистов.

Хотя судя по вот этому шорт-листу  https://ru.abcdef.wiki/wiki/List_of_Y-STR_markers 459й маркер все же ближе к среднескоростным(на удивление) ну не черепашка, но скажем так, пешеходная скорость Cкажем так, между среднескоростными и медленными маркерами, ниже среднего уверенно
ПС Ну я как и раньше думал так  и думаю что в случае Эмира это булгарские времена. Изначально я говорил о 9веке, с учетом имеющихся теперь данных речь идет скорее о 12 или около того(может 11 а может и 13) 

[Emir]

ПС Ну я как и раньше думал так  и думаю что в случае Эмира это булгарские времена. Изначально я говорил о 9веке, с учетом имеющихся теперь данных речь идет скорее о 12 или около того(может 11 а может и 13)

Действительно. Совпавший со мной американец еще ничего не говорит о времени попадания моего предка в Поволжье. Возможно, где-то бродит мой самый ближний совпаденец, так?