АвторТема: калькулятор TMRCA  (Прочитано 6995 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #15 : 25 Июль 2011, 07:17:18 »
Еще вопрос - если в результатах по одному и тому же маркеру есть расхождение не на один, а на 2 шага, я учитываю это в матчах как одно несовпадение или два? Соответственно, три шага - три несовпадения и т.д.
Нет, при данном методе мы считаем не одношаговые мутации, а именно маркеры с мутациями вообще.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1285/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #16 : 08 Август 2011, 15:29:11 »
Про поколенные интервалы.
На генеалогическом интервале (до 500 лет тому назад) однозначно надо брать интервал в 30 лет на поколение.
Если глубже (то есть там, где никто не проверял, да и не проверит явно), то можно умозрительно укоротить до 25 лет.

Просьба подсказать - если более-менее консенсусное мнение на этот счет? Для большинства ситуаций вопрос 25 или 30 лет вряд ли имеет значение. Вообще можно оперировать поколениями. Но для исторической реконструкции по гаплогруппе Q1b этот вопрос приобрел какой-то особо острый характер. Так применение интервала в 25 лет выводит TMRCA на времена Хазарского каганата. А применение 30-летнего интервала в гораздо более ранний период. Из-за этого ломается много копий:)

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #17 : 08 Август 2011, 15:55:21 »
Просьба подсказать - если более-менее консенсусное мнение на этот счет? Для большинства ситуаций вопрос 25 или 30 лет вряд ли имеет значение. Вообще можно оперировать поколениями. Но для исторической реконструкции по гаплогруппе Q1b этот вопрос приобрел какой-то особо острый характер. Так применение интервала в 25 лет выводит TMRCA на времена Хазарского каганата. А применение 30-летнего интервала в гораздо более ранний период. Из-за этого ломается много копий:)
Какого-то консенсусного мнения пока нет. Но ясно, что поколенный интервал зависит от того, какую систему скорости мутаций Вы выбираете. Если Вы ориентируетесь на скорости, определенные по парам "отец-сын", то лучше брать 31-32 года. Более подробно смотрите в статье Адамова и Каржавина (2011) по генеалогии европейских цыган Н1а-М82:
http://ru.rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/view/90/106

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1285/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #18 : 08 Август 2011, 16:33:57 »

Какого-то консенсусного мнения пока нет. Но ясно, что поколенный интервал зависит от того, какую систему скорости мутаций Вы выбираете. Если Вы ориентируетесь на скорости, определенные по парам "отец-сын", то лучше брать 31-32 года. Более подробно смотрите в статье Адамова и Каржавина (2011) по генеалогии европейских цыган Н1а-М82:
http://ru.rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/view/90/106

Если я для расчетов использую известный он-лайн калькулятор Y-Utility? Выбирая в опциях Mutation Rate - FTDNA, Probability - 95%...
Кстати, у меня есть данные YSTR по группе родственников, относящихся к Q1b, с указанием степени их родства. Но, к сожалению, не хватает знаний и опыта для проведения калибровки...

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #19 : 08 Август 2011, 16:37:32 »
Кстати, у меня есть данные YSTR по группе родственников, относящихся к Q1b, с указанием степени их родства. Но, к сожалению, не хватает знаний и опыта для проведения калибровки...
Литературы по расчетам TMRCA достаточно. Изучайте...

Оффлайн BayerM34

  • Сообщений: 30
  • Рейтинг +7/-6
  • Y-ДНК: G2
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #20 : 25 Июль 2021, 14:08:34 »
Кто может посоветовать хороший онлайн TMRCA калькулятор для группы гаплотипов (>2)?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #21 : 25 Июль 2021, 14:23:27 »
Кто может посоветовать хороший онлайн TMRCA калькулятор для группы гаплотипов (>2)?
Лучше самому посчитать.

Оффлайн BayerM34

  • Сообщений: 30
  • Рейтинг +7/-6
  • Y-ДНК: G2
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #22 : 25 Июль 2021, 14:29:10 »
Кто может посоветовать хороший онлайн TMRCA калькулятор для группы гаплотипов (>2)?
Лучше самому посчитать.
В ручную очень хлопотно, есть только Nevgen. Он конечно иногда спасает положение, но далек от идеала.
Удивительно, много лет генетике, а онлайн сервисов или скачиваемых утилит для анализа множества данных на рынке не обнаружил. :-\
Может кто-то еще что-то посоветует.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 887
  • Страна: ru
  • Рейтинг +596/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #23 : 25 Июль 2021, 16:35:08 »
Массовый анализ возможен с помощью настольной версии невгена. Точность хуже онлайн.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15163
  • Страна: az
  • Рейтинг +4545/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #24 : 25 Июль 2021, 17:24:05 »
Всё есть и давно. Утилита МакГи:
http://www.mymcgee.com/tools/yutility111.html

Оффлайн BayerM34

  • Сообщений: 30
  • Рейтинг +7/-6
  • Y-ДНК: G2
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #25 : 25 Июль 2021, 17:58:21 »
Благодарю за ответы.

Наверное придет время этим необходимо заняться хотя бы, как коммерческий вариант. ;D
Вообще предполагал, что такие сервисы прикручены к форуму молгена.
« Последнее редактирование: 25 Июль 2021, 18:11:13 от BayerM34 »

Оффлайн BayerM34

  • Сообщений: 30
  • Рейтинг +7/-6
  • Y-ДНК: G2
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #26 : 25 Июль 2021, 18:11:18 »
Цитировать
Всё есть и давно. Утилита МакГи:
http://www.mymcgee.com/tools/yutility111.html

Понравилась утилитка, интересно насколько хороша ее точность? Судя по широкому набору опций можно и деревья строить.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15163
  • Страна: az
  • Рейтинг +4545/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #27 : 25 Июль 2021, 18:28:30 »
Вместо того, чтобы критиковать через слово, Вы лучше бы форум изучили бы. Здесь есть целый математический раздел:
https://forum.molgen.org/index.php/board,125.0.html

Оффлайн BayerM34

  • Сообщений: 30
  • Рейтинг +7/-6
  • Y-ДНК: G2
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #28 : 25 Июль 2021, 21:38:27 »
Вместо того, чтобы критиковать через слово, Вы лучше бы форум изучили бы. Здесь есть целый математический раздел:
https://forum.molgen.org/index.php/board,125.0.html
Я вообще-то не критиковал, просто интересовался и поделился идеей, может она для вас давно не нова. Я его уже изучил, спасибо.
« Последнее редактирование: 25 Июль 2021, 22:26:28 от BayerM34 »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15163
  • Страна: az
  • Рейтинг +4545/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #29 : 25 Июль 2021, 22:19:29 »
На здоровье. Для построения деревьев с возрастами рекомендую программу MURKA

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.