АвторТема: калькулятор TMRCA  (Прочитано 6986 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн BayerM34

  • Сообщений: 30
  • Рейтинг +7/-6
  • Y-ДНК: G2
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #30 : 25 Июль 2021, 22:27:11 »
На здоровье. Для построения деревьев с возрастами рекомендую программу MURKA
Спасибо! :)

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15156
  • Страна: az
  • Рейтинг +4540/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #31 : 27 Июль 2021, 07:24:58 »
Также могу посоветовать калькулятор Дональда:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,12961.0.html

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 887
  • Страна: ru
  • Рейтинг +595/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #32 : 27 Июль 2021, 08:35:47 »
Я именно с этих сайтов и начинал сравнивать гаплотипы. По 1,5 - 2 тыс. за раз. При сравнении 111 маркерных гаплотипов работает не плохо. Y12 абсолютно бесполезен. y37 тоже спорно.
Принцип подсчета там арифметический. На сколько я помню, скорости мутаций не учитываются. В итоге перешел на инструмент сравнения маркеров который возраст не показывает, но очень наглядно показывает по каким именно маркерам отличаются гаплотипы. Какие из них медленные, какие редкие итд.
https://phylogeographer.com/str-match-finder.html#matchOutput
Там же есть ссылка на таблицу скоростей мутаций маркеров.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Сообщений: 5655
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3557/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #33 : 27 Июль 2021, 09:51:10 »
Я использую по старинке программу TNT, с расчетом возраста ветвей методом МВП самописным скриптом. Результаты перекидываю в графвиз с подсветкой цветом близких по маркерам кластеров, не обязательно совпадающих с выделенными TNT ветвями (помогает при анализе).  При построении используются как самостоятельно определенные веса, так и без весов. В дополнение к STR можно использовать известные SNP с большим весом, которые ограничивают число возможных вариаций ветвей и делают полученный результат более точным.
Хотя с тестами NGS это все стало не таким уж актуальным.

Оффлайн Emir

  • Maternal Y-DNA: I-M253
  • Сообщений: 455
  • Страна: uz
  • Рейтинг +40/-0
  • Ton'yaklı Başkortostan
  • Y-ДНК: R1b->U106->Z19(Z18)
  • мтДНК: K1a5a
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #34 : 22 Август 2021, 13:26:01 »
13 различий в 111 маркерах. подскажите. это 30 поколений? т.е. это ~1000 лет

13   22   14   11   11-13   12   12   11   13   13   29   18   9-10   11   11   25   15   19   29   15-15-16-17   11   11   19-23   15   15   16   16   36-37   12   12   11   10   15-16   8   10   10   8   10   10   12   23-23   15   10   12   12   15   8   12  22   20   13   12   11   13   11   11   13   12   36   15   9   14   11   25   26   19   11   11   12   12   10   9   11   12   10   11   11   30   12   12   25   13   10   10   21   15   18   14   24   17   12   16   25   12   23   18   10   14   17   9   12   11

13   22   14   11   11-13   12   12   11   13   13   29   19   9-9   11   11   25   15   19   29   15-15-17-17   11   11   19-23   15   15   17   17   36-37   12   12   11   10   15-16   8   11   10   8   10   10   12   23-23   15   10   12   12   15   8   12   21   20   13   12   11   13   11   11   13   12   35   15   9   14   12   25   26   19   12   11   12   12   10   9   11   12   10   11   11   30   12   12   25   13   10   10   22   15   19   14   24   17   13   16   25   12   23   18   10   14   17   9   12   11

Оффлайн Emir

  • Maternal Y-DNA: I-M253
  • Сообщений: 455
  • Страна: uz
  • Рейтинг +40/-0
  • Ton'yaklı Başkortostan
  • Y-ДНК: R1b->U106->Z19(Z18)
  • мтДНК: K1a5a
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #35 : 22 Август 2021, 13:37:11 »

Я бы сказал, от 17 до 50.

Ничего себе разбег

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 739
  • Страна: aq
  • Рейтинг +132/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #36 : 22 Август 2021, 13:43:37 »
Действительно, это может быть как 600 лет назад так и 1.5 тысячи
12 различий всреднем дает 850 лет назад
Но я бы обратил внимание что есть изменения на медленных маркерах, напр. Dys459, также Dys537, что может отдалить время MRCA. Впрочем нужен системный анализ специалистов.

Оффлайн Farharaji

  • Сообщений: 739
  • Страна: aq
  • Рейтинг +132/-7
    • Ytree YF71444
  • Y-ДНК: R1b-DF98+FT22607+BY20662+
  • мтДНК: U5b1e1*
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #37 : 22 Август 2021, 13:55:42 »
Действительно, это может быть как 600 лет назад так и 1.5 тысячи
12 различий всреднем дает 850 лет назад
Но я бы обратил внимание что есть изменения на медленных маркерах, напр. Dys459, также Dys537, что может отдалить время MRCA. Впрочем нужен системный анализ специалистов.
Хотя судя по вот этому шорт-листу  https://ru.abcdef.wiki/wiki/List_of_Y-STR_markers 459й маркер все же ближе к среднескоростным(на удивление) ну не черепашка, но скажем так, пешеходная скорость ;D Cкажем так, между среднескоростными и медленными маркерами, ниже среднего уверенно
ПС Ну я как и раньше думал так  и думаю что в случае Эмира это булгарские времена. Изначально я говорил о 9веке, с учетом имеющихся теперь данных речь идет скорее о 12 или около того(может 11 а может и 13) 

Оффлайн Emir

  • Maternal Y-DNA: I-M253
  • Сообщений: 455
  • Страна: uz
  • Рейтинг +40/-0
  • Ton'yaklı Başkortostan
  • Y-ДНК: R1b->U106->Z19(Z18)
  • мтДНК: K1a5a
Re: калькулятор TMRCA
« Ответ #38 : 22 Август 2021, 14:01:19 »
ПС Ну я как и раньше думал так  и думаю что в случае Эмира это булгарские времена. Изначально я говорил о 9веке, с учетом имеющихся теперь данных речь идет скорее о 12 или около того(может 11 а может и 13)

Действительно. Совпавший со мной американец еще ничего не говорит о времени попадания моего предка в Поволжье. Возможно, где-то бродит мой самый ближний совпаденец, так?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.