АвторТема: Генетические маркеры и заболевания  (Прочитано 17207 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Связь между биомаркерами и заболеваниями: не доверяй и проверяй!

Согласно результатам исследования, проведенного экспертом по планированию научных работ Джоном Иоаннидисом (John Ioannidis) из Стэнфордского университета, ассоциации между генами или другими биомаркерами и заболеваниями, выявленные при проведении более двух десятков широко цитируемых исследований, значительно преувеличены. Результатом этого могут быть неадекватные врачебные рекомендации, не подкрепленные данными более масштабных исследований.

К обсуждаемым работам относятся исследования, связавшие мутацию BRCA1 с раком толстого кишечника, уровень С-реактивного белка – с заболеваниями сердечно-сосудистой системы и уровень гомоцистеина – с заболеваниями сосудов.

По словам Иоаннидиса, эти преувеличения, скорее всего, являются результатом причуд статистики в комбинации с особенностями человеческой природы и конкурентным характером научных публикаций. Ни один научный результат не является однозначным, всегда существуют флуктуации. Речь идет не об обмане или плохом планировании исследования, а о статистическом ожидании. Часть полученных результатов всегда сильнее, тогда как другая часть – слабее, однако научные журналы и исследователи любят публиковать данные о высоких уровнях корреляции.

После появления публикации уверенность в существовании взаимосвязи между маркером и заболеванием часто сохраняется, отчасти из-за распространенной практики цитирования более ранних исследований в каждой новой статье. Из-за многократного цитирования результаты этих исследований начинают восприниматься как неоспоримые факты даже при наличии более поздних работ, демонстрирующих менее выраженные или даже статистически незначимые связи между изучаемыми показателями.

В рамках своего исследования Иоаннидис и его коллега Орестис Панагиоту (Orestis Panagiotou) из университета Иоаннины, Греция, проанализировали 35 широко цитируемых исследований, опубликованных в солидных научных журналах в период с 1991 по 2006 г. Каждая из работ была процитирована в более поздних публикациях не менее 400 раз, на некоторые из них ссылались по несколько тысяч раз. Все исследования анализировали взаимосвязи между биомаркерами, такими как варианты нуклеотидных последовательностей определенных генов, патогенные микроорганизмы, уровни белков крови и т.д., с вероятностью развития различных заболеваний, в том числе рака и болезней сердечно-сосудистой системы.

В результате авторы установили, что, впоследствии, при проведении более масштабных исследований или метаанализа (обобщения результатов десятков работ на одну тему), только менее половины отобранных ими биомаркеров оказались статистически значимо ассоциированы с рисками развития заболеваний. Более чем в 80% случаев корреляция между биомаркерами и заболеваниями в первых или болеее цитируемых публикациях оказывалась значительно выше, чем в последующих и менее цитируемых статьях

Данная закономерность распространялась и на отрицательные результаты. Например, в одной часто цитируемой статье, опубликованной в New England Journal of Medicine, было заявлено, что инфицирование устойчивыми к пенициллину бактериями не повышает риск гибели пациента от пневмококковой пневмонии. Этот вывод, показавшийся нелогичным многим клиницистам, был опровергнут в более позднем исследовании, продемонстрировавшем в данном случае увеличение риска летального исхода на 50%.

Иоаннидис отмечает, что, помимо статистических аберраций, очень большое значение имеет повсеместно практикуемый «творческий» подход к анализу статистических данных, заключающийся в применении различных методов анализа до получения желаемых или ожидаемых результатов. Он считает, что одним из возможных методов решения этой проблемы является создание системы проверок и повторных оценок каждой предложенной ассоциации между биомаркером и заболеванием, и призывает специалистов верить данным, полученным при проведении масштабных метаанализов, а не результатам исследований, впервые выявивших ту или иную взаимосвязь.

Статья Comparison of Effect Sizes Associated With Biomarkers Reported in Highly Cited Individual Articles and in Subsequent Meta-analyses опубликована 1 июня в Journal of the American Medical Association.

Евгения Рябцева
Портал «Вечная молодость» www.vechnayamolodost.ru по материалам Stanford University School of Medicine: Association between biomarkers and disease often overstated, researcher finds.
« Последнее редактирование: 04 Июнь 2011, 14:58:05 от Шад »

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #1 : 04 Июнь 2011, 14:20:17 »
Генетическое тестирование – деньги на ветер?

Исследователи медицинского центра университета Эразмус в Роттердаме, Нидерланды, работающие под руководством эпидемиолога Сесиль Йанссенс (Cecile Janssens), заявили, что скрининг тысяч генов на присутствие генетических вариантов, ассоциированных с заболеваниями, практически бесполезен.

Изучение результатов генетических тестов, предлагаемых несколькими конкурирующими компаниями, привело к получению сильно разнящихся результатов. В некоторых случаях аналогичные прогнозы можно было сделать путем подбрасывания монеты. По сути, оказалось, что тесты, стоимость которых иногда превышает 500 фунтов стерлингов, являются пустой тратой денег и могут вводить людей в заблуждение о тенденциях изменения состояния их здоровья в будущем.

При проведении исследования ученые с помощью компьютерной программы смоделировали генетическую информацию 100 000 обычных индивидуумов. После этого они обработали ее с помощью формул, используемых двумя крупнейшими специализирующимися на генетическом тестировании компаниями – deCODEme и 23andMe – для прогнозирования риска 8 заболеваний, в том числе инфаркта миокарда, рака предстательной железы, целиакии (пищевой аллергии, вызванной недостаточным расщеплением в кишечнике белков зерновых), макулярной дегенерации (возрастной дегенерации сетчатки) и диабета.

По словам авторов, тесты разных компаний выдавали противоречащие друг другу результаты по рискам развития ряда заболеваний. Часто причиной этого было использование различающихся данных о распространенности болезней в популяции.

Вторым слабым местом тестирования оказалось то, что предметом анализа были исключительно генетические факторы, тогда как развитие многих заболеваний во многом определяется образом жизни и другими факторами окружающей среды.

В ряде случаев результаты тестирования с помощью модели компании deCODEme предполагали существование более чем 100%-й вероятности развития пяти заболеваний, в том числе макулярной дегенерации. Такие результаты вызывают сомнения в адекватности результатов тестирования, о чем исследователи собираются доложить на Европейской конференции по генетике человека в Амстердаме.

Исполнительный директор deCODEme Кари Стефанссон (Kari Stefansson), разумеется, заявила, что голландские ученые неправильно интерпретировали используемые ими компьютерные модели. Она отметила, что компания никогда не указывает на существование рисков, превышающих 90%.

Со своей стороны, Брайан Нотон (Brian Naughton), главный научный сотрудник компании 23andMe, отметил, что специалисты компании осознают, что для большинства людей характерны низкие риски развития большинства заболеваний. Это является отражением ожиданий специалистов, а не показателем неадекватности результатов. Он также заявил, что компания принимает активные меры для обеспечения точности результатов на всех этапах процесса анализа и представления данных. В заключение своей речи он также предупредил, что не стоит делать выводы о точности данных, предоставляемых 23andMe, на основании анализа результатов, получаемых deCODEme или какой-либо другой компанией.

Евгения Рябцева
Портал «Вечная молодость» www.vechnayamolodost.ru по материалам The Guardian – Genetics tests flawed and inaccurate, say Dutch scientists.

03.06.2011
« Последнее редактирование: 04 Июнь 2011, 14:51:26 от Шад »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Биомаркеры и заболевания
« Ответ #2 : 04 Июнь 2011, 14:44:19 »
"Биомаркеры" не слишком хороший термин, так как включает в себя признаки очень разной природы - от белков-онкомаркеров концентрация которых зависит от множества факторов и может быстро меняться (как в связи с болезнью так и независимо от нее) до молекулярных признаков которые неизменны в течение всей жизни.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #3 : 04 Июнь 2011, 15:03:03 »
"Биомаркеры" не слишком хороший термин, так как включает в себя признаки очень разной природы - от белков-онкомаркеров концентрация которых зависит от множества факторов и может быстро меняться (как в связи с болезнью так и независимо от нее) до молекулярных признаков которые неизменны в течение всей жизни.

Замечание учтено - поменял название темы. Хотя такой термин был у авторов процитированных статей.
Действительно интересно - насколько обоснованы выводы о связи конкретных генов и заболеваний. Логически эта взаимосвязь понятна, но насколько то, что мы видим (например у 23andMe), подкреплено статистически?
Буквально на днях столкнулся с аналогичной ситуацией по более близкой мне теме с происхождением гаплогруппы Q1b. Выясняется, что на основании одного исследования и двух (!) выявленных гаплотипов строятся целые теории, ломаются копья и т.п.

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 592
  • Страна: il
  • Рейтинг +122/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #4 : 04 Июнь 2011, 17:22:02 »
Не надо путать маркеры, показывающие вероятность заболевания с генами, вызывающими заболевания.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #5 : 04 Июнь 2011, 18:02:03 »
Не надо путать маркеры, показывающие вероятность заболевания с генами, вызывающими заболевания.

Но в любом случае маркеры - это всего лишь внешнее проявление генов, вызывающих болезнь. И вопрос в том насколько корректно определяется корреляция между болезнью и соответствующими маркерами.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #6 : 04 Июнь 2011, 18:08:27 »
Не надо путать маркеры, показывающие вероятность заболевания с генами, вызывающими заболевания.

А помоему, это одно и тоже.
Поясните, как Вы понимаете различия между маркерами, показывающими вероятность заболевания и генами, вызывающими заболевания.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #7 : 04 Июнь 2011, 19:11:08 »
Не надо путать маркеры, показывающие вероятность заболевания с генами, вызывающими заболевания.

А помоему, это одно и тоже.
Поясните, как Вы понимаете различия между маркерами, показывающими вероятность заболевания и генами, вызывающими заболевания.


Скорее всего, здесь имеется в виду разница между моногенными болезнями, вызываемыми одним снипом, который и есть истинная причина непорядка, и болезнями, которые скорее всего имеют наследственную природу, но вряд ли вызываются дефектом одного гена.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #8 : 04 Июнь 2011, 22:30:40 »
Если разобрать ситуацию на примере 23andMe - в текущем тесте дается заключение о риске по 102 болезням, наличии 24 синдромов, связанных с генетическими аномалиями, 50 индивидуальным особенностям и об устойчивости к алкоголю/наркотикам/лекарствам.

В отношении трех последних разделов ситуация более-менее ясна: выявлены гены, либо вызывающие отдельные отклонения от генетеческой нормы, либо формирующие определенный фенотип. В отношении болезней - это результат статистической обработки медицинских данных? По какой выборке велась такая обработка - клиентов 23andMe, медицинских учреждений? 

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 592
  • Страна: il
  • Рейтинг +122/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #9 : 05 Июнь 2011, 08:59:00 »
Не надо путать маркеры, показывающие вероятность заболевания с генами, вызывающими заболевания.

А помоему, это одно и тоже.
Поясните, как Вы понимаете различия между маркерами, показывающими вероятность заболевания и генами, вызывающими заболевания.
гены, вызывающие заболевания - ген 1 вызывает болезнь тая-закса, ген 2 вызывает болезнь крона и т.д.
маркеры, показывающие вероятность заболевания - "вероятность заболеть диабетом составляет 17% или в 1.47 раза ниже, чем в среднем по популяции".

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #10 : 05 Июнь 2011, 19:38:36 »
Это одно и тоже.
Ну не верю я в то, что наличие структурного или функционального дефекта гена (его вариации) автоматически вызывает заболевание. :)

А те маркеры, про которые Вы написали в 100% находятся в генетическом сцеплении с геном (т.е находятся в определенной непосредственной физической близости к гену), ассоциированным с тем или иным заболевание. Под ассоциацией здесь подразумевается статистически устойчивая корреляция между определенным фенотипическим мед.признаком (диабет) и генотипическим признаком (аллелем например).
Поэтому то и пишут "вероятность заболеть диабетом составляет 17% или в 1.47 раза ниже, чем в среднем по популяции."

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6486
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2714/-13
  • мтДНК: H1b
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #11 : 06 Июнь 2011, 12:19:03 »
Недавно узнала от знакомой, что она делала тест у 23иЯ, ее интересовала медицина, - непопадалово в реальность примерно 80%. Подробности не знаю, с ее слов, вероятно тоже пригрозили ожирением  :) (как и одному из уважаемых молгеновцев при том, что он всегда был строен и никогда не имел лишнего веса).

Страшноватые цифры: "Рост врожденных аномалий в России за последние пять лет составил 12,8%. В Петербурге же эти показатели выше общероссийских - на 100 тысяч человек приходится 164 с врожденными отклонениями. Совсем немного отстает Москва. Кроме того, в два раза увеличилось количество людей с первичными симптомами и признаками отклонений от норм".

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19888
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1818/-60
  • Y-ДНК: I1-SHTR7+
  • мтДНК: H16-a1-T152C!
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #12 : 06 Июнь 2011, 12:42:25 »
Адаптация.

Оффлайн dima75

  • Сообщений: 592
  • Страна: il
  • Рейтинг +122/-1
    • Tartakovsky surname project
  • Y-ДНК: E1b1b1-PF1975 (E-Z830-A)
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #13 : 06 Июнь 2011, 13:39:45 »
Страшноватые цифры: "Рост врожденных аномалий в России за последние пять лет составил 12,8%. В Петербурге же эти показатели выше общероссийских - на 100 тысяч человек приходится 164 с врожденными отклонениями. Совсем немного отстает Москва. Кроме того, в два раза увеличилось количество людей с первичными симптомами и признаками отклонений от норм".
Сейчас рожают в более старом возрасте, тем более в столицах, где больше времени тратят на карьеру.

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: Генетические маркеры и заболевания
« Ответ #14 : 08 Июнь 2011, 07:51:36 »
Конечно, гены и маркеры это одно и тоже. Присутствие какого-то маркера(гена), точнее, присутствие в нем определенной мутации (поскольку все гены есть у каждого) повышает развитие какой-то болезни (по мнению группы ученых на сегодняшний день). На сколько это корректно для разных заболеваний -вопрос.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.