Коррекция дерева J2a

[Людмила]

Cтараниями Ал Абурто и  Kamel Al-GAZZAH добавлен результат BigY 245714. Он имеет 2 снипа, эквивалентных F3133 -  Z7700 и Z7702, также имеет 2 снипа, эквивалентных Z7704 - Z7706 и FGC9878. Другие, эквивалентные F3133 и Z7704 снипы в BigY 245714 не показаны (Bam файл еще не анализировали - может быть они там есть, а может быть BigY их не нашел?).
Кит 245714 имеет 5 снипов, найденных ранее в FGC 8YWRW - FGC9923, FGC9927, FGC9939, FGC9961 и FGC9962.
Кит 245714  -  L363-, значит эти 5 снипов должны располагаться выше  L363.
David Dugas предположил, что один из этих  5 снипов может быть эквивалентен F761+, найденному в ГЕНО2.0 и не подтвержденному в FT, и который располагался ниже F3133 и не распространялся на L192.2.
Происхождение 245714 и 8YWRW - Аравийский полуостров.
Персональные снипы для 245714 обозначила позициями на У-хромосоме и  нуклеотидами, которые меняются. Может быть они имеют свои названия, но мне не известны. 

[татиа]

Спасибо) Хотелось бы новостей оn  L271+.

[Людмила]

татиа, чтоб были новости, надо чтоб кто-нибудь из  L271+ тестировался. Не знаю точно, ожидает ли кто рез-ты?

[Людмила]

Наше Древо на сегодня, с несколькими новыми результатами BigY.
А это Древо по версии FT+Geno2.0

   Снипов PF3927, L222 нет ни в одном известном нам тесте.
   F801+ найден в  BigY у 1 участника (В1310), наряду с 18 другими, пока частными, снипами. При этом положение его на Древе до конца не ясно, поскольку нет данных относительно снипов PF2557, FGC6764.     
   L295+ определен в Geno2.0 тоже у 1 участника (ML8F3A, кит 204221).
   F761 помещен на Древо, хотя FT до сих пор не объявляет результаты по его сиквенсу.
Координатор группы Al Aburto беспокоится, что люди будут заказывать предложенные FT снипы, смысла в которых нет. Он будет обращаться в FT, а также составил письмо к членам  ветви J2 - L24-25:
Greetings J-L24-Y-DNA Project members.

Family Tree DNA (FTDNA) recently published their new Haplotree. The new Haplotree is an improvement over the previous version, however I have noticed a pattern of project members ordering SNPs unnecessarily for their subclade within J-L24. Some of the SNPS in the new haplotree are rare and it makes no sense for everyone to test them. Some SNPs that you should be testing are not even shown in the new Haplotree! Please contact me if you are uncertain about which SNPs to test. Please contact me with any questions regarding which SNPs to test.

Over the years through testing of J-L24 members with FTDNA's Deep Clade, FTDNA's Walk through the Y(WTY), Geno 2.0, Full Genomes Corporation, and now FTDNA's BigY we have generated an accurate J-L24 genetic tree. It is shown on our J-L24-Y-DNA Results section but here is a direct link: J-L24 Project Tree. The project's J-L24 genetic tree is continuously growing, sometimes daily, based on the work of your J-L24 project volunteer administrators and members. Our J-L24 genetic tree only looks in part like FTDNA's Haplotree because even the new FTDNA Haplotree is not up to date. Some branches are personal (relatively "private") so I would only advise you to test the SNP for that branch if your 37 or 67 or 111 marker haplotype was close to the person, or persons, found positive for that branch (SNP). Some branches have many SNPs. So many in fact that it is impractical to test them all as single SNPs at FTDNA. We are searching for a means to test many of our hundreds, and in the near future probably thousands, of J-L24 SNPs at one time for a low and reasonable price.

In many cases we already know where you fit within the major branches of the J-L24 clade. The major branches are defined by these SNPs: F3133, Z387(CTS1192), and PF4888(PF5401). Most of you have already been placed within the major J-L24 branches based on your 37 or 67 marker haplotype as shown in our projects Y-DNA Results page. With your browser search function please search the web page for your kit number to see where we have placed you. For example there are a number of people shown under the 0202 L24+, L25+, F3133+, alpha cluster. We expect these people to be at least F3133+ (they have the F3133 SNP(mutation)). If you are in the 0202 cluster and haven't tested F3133 then please do. If you test F3133 and you are found F3133- (you don't have the F3133 mutation) then the J-L24-Y-DNA project will test PF4888 on you for free. The same goes if you are predicted PF4888 and you test PF4888 and you are found PF4888-, in which case the project will test F3133 for free for you. We make this offer because we are confident we already know which major J-L24 branch you belong.

If you have 4 or more SNPs that you would like to test, at one time or over a longer period, then it is much more cost effective and beneficial to order the National Geographic Geno 2.0 test where over 12,000 Y-SNPs are tested for less than 2 cents per SNP.

Respectfully Yours,
Al Aburto, volunteer project administrator,
J-L24-Y-DNA Project

[Людмила]

Наше последнее Древо с "разнесенными" снипами для ветвей L229 и L230. Al Aburto закзал FGC для своего DNA relative - FUA5E, различие с которым составляет 8 STR из 67.

[Людмила]

Исправлю свой Рис. - FUA5E параллельно ED5BA

[сармат]

 J2a* с Испании:

N33325 Leonardo Montenegro, born c. 1880 Spain J-M172 12 24 16 10 14-16 11 14 12 13 11 29 18 9-9 11 11 25 14 19 30 15-15-15-16
M304+, M172+, M410+, M419-, P279-, P81-, M205-, M267-, M280-, M102-, M12-, M137-, M158-, M163-, M166-, M339-, M365-, M367-, M368-, M369-, M390-, M47-, M62-, M67-, M68-, M92-, M99-, L24-, L25-, L26-, L27-, M289-, M318-, M319-, M340-

N73530 Pacho, Fregenal de la Sierra (Espaсa) siglo XVI Spain J-M410 13 21 16 10 16-19 11 14 10 14 11 31 18 9-9 11 11 25 15 19 29 11-15-16-17 10 10 19-22 14 13 17 18 33-38 11 9 M172+, M410+, M67-, M92-, P279-, L24-, L25-, L26-, L27-, M12-, M205-, M241-, M289-, M321-, M340-

https://www.familytreedna.com/public/Iberia...ection=yresults

J2a* s Livii:
M6058 Al Tariqi Libya J-M410 13 23 14 11 12-15 11 13 10 14 11 30 18 9-9 11 11 19 16 19 27 13-16-17-17 10 9 19-21 15 14 18 16 31-34 13 9 11 7 16-16 8 10 10 8 11 9 13 21-22 14 10 12 12 17 8 13 21 21 11 12 10 13 11 12 12 12
M172+, M410+, M67-, M92-, P279-, L24-, L25-, L26-, L27-, M289-, M340-

https://www.familytreedna.com/public/Iraq/d...ection=yresults

J2a* s Italii:

143591 Carmelo Lamancusa,b.c.1835,San Piero Patti, Sicily Italy J-M410 12 24 14 10 13-15 11 14 11 14 11 31 16 9-9 11 11 19 15 19 27 11-14-15-16-16-16 9 10 19-22 15 14 20 17 33-36 12 9 11 7 15-16 8 10 11 8 10 9 11 20-22 16 10 12 12 17 8 12 23 21 14 12 10 13 11 13 12 11

M410+, P279-, L24-, L25-, L26-, L27-, M289-, M319-, M340-


146015 Giuseppe Di Paolo Cansano, L'Aquila 1859 - 1919 Italy J-M410 12 24 14 11 13-15 11 14 12 14 11 30

M410+, M419-, M47-, P279-, L192-, L198-, L210-, L229-, L231-, L26-, M289-, M319-, M339-, M340-


E8073 Domaxio Serbregondi,1332 Domaso, Como, Lombardia Italy J-M410 12 24 15 10 13-17 11 15 11 13 11 29 18 9-9 11 11 25 16 22 28 11-14-16-16 11 10 19-22 14 14 14 16 34-37 12 9 11 7 16-16 8 11 10 8 10 9 12 23-23 14 10 12 12 15 8 11 24 20 13 12 11 13 10 12 12 11
M172+, M410+, P279-, L26-, L27-, M12-, M241-, M289-, M340-

[JaG]

"*" в J2a* означает отрицательные результаты на принадлежность ко всем известным на данный момент нисходящим линиям. Таких сейчас изветно две: одна определяется снипом PF4610 или его аналогами, другая - L581 или его аналогами. Ни один из выше упомянутых гаплотипов не является J2a*.

[Людмила]

Мы в своей группе кажется поняли, что такое снип F761, который четко определялся в GENO2.0, довольно разумно объединял несколько ветвей  и не подтверждался FT (из-за чего его пришлось убрать с Древа). Догадка пришла к Al Aburto. Позиция F761 - 6136070 (A-->G). Анализ 120 bp фрагмента, содержащего снип, показал, что кроме данного расположения на (+) цепи У хромосомы, этот фрагмент имеет 99,2% гомологии с (-) цепью ДНК в районе 9744163 - 9744282. Просмотрев этот район в   bam-файлах 4х персон F761+ (по версии GENO2.0), Al Aburto увидел в позиции 9744226 Т-->C на (+) цепи, т.е. A-->G на (-) цепи. По FGC результатам одного из этих 4х F761+ тоже в данной позиции Т-->C и снип этот называется FGC9876 (данная персона по версии FGC, как и по версии FT, является F761-). Т.е. GENO2.0, по всей видимости, принимала  FGC9876 за F761.
Персона с L231+ подтвердила снипы FGC9961+ и FGC9962+, находящиеся в одном ряду с FGC9876, т.е. эти снипы объединяют ветви L231 и L363 (как по версии GENO2.0 их объединял снип F761).
На сегодня Древо J2a-L25 видится так -

[Людмила]

FGC результаты 4х L363+ позволили разветвлить эту ветвь -

[Людмила]

1). F3369 встал под  Z7704 (кит M8438 Z7704+) - данные от Kamel Al-GAZZAH
2). FGC9962 - субклад от FGC9961 (кит 131218 FGC9961+ FGC9962-) - данные от David Dugas
3). В группе L192.2 (кит HG03851) найдены 3 известных ранее снипа - F492,  M11498,  K457. 
F492 можно заказать в FT.

[Людмила]

Сегодня стал доступен для заказа в ФТ и снип K457 (для L192.2 группы).

[Людмила]

Новый результат BigY кит 215025 (Италия) имеет 2 общих снипа S10543, S11348 c китом NA20778 (Италия), тестированным в  1000 Genomes, и набор персональных снипов.

[Людмила]

В группе L192.2 снип F492 оказался ниже - на уровне L534. Тест с ветви L271+ оказался F492-.

[Людмила]

Дальнейшее уточнение филогении одной из 3х основных ветвей J2a-L25 - F3133.
Мало на нашем форуме представителей J2a, но тем не менее, за последнее время прибавились  граждане бывшей нашей империи-
Kitno 312831 - Lithuanian Tatar
Kitno 236546- Kazakhstan
Оба L192.2+.