Коррекция дерева J2a

[Людмила]

Последние слухи - в FTDNA заказаны новые праймеры на  F761 и они уже в лаб.

[Людмила]

Относительно F761 новостей от FT пока нет. David Dugas наносит на карту места проживания фамилий со-группников, надеется, что праймеры для этого снипа будут подобраны.
https://maps.google.ca/maps/ms?msid=204898611543258175905.0004dd4f0782505d6d546&msa=0&ll=35.173808,39.111328&spn=62.298028,106.787109
На нашем Древе есть некоторые изменения:
1. Грек N114108 по результатам GENO2.0 оказался не просто Z387+, а еще и с новым снипом  СTS1451+,  дал начало новой ветви.
2. У Ал.Абурто по 37 STR нашлись 2 близких гаплотипа (155536 и 287050), по снипам они оказались L229+ L230- (L264 еще не известен), т.о. ветвь L229 разветвилась.

[Людмила]

Уважаемый JaG, иногда и Вы оказываетесь не правы 

« Ответ #27 : 02 Февраль 2013, 23:06:22 »
Критерии, по которым Томас решает добавлять ли тот или иной снип на дерево и в какой позиции, мне не суждено понять 
А наивные клиенты снова поведутся на мусорный снип 

Относительно CTS8690, который подразумевался под мусорным - он сыграл свою роль - выстрелил точно.  Пришел результат человека, который на 37 маркерах имел 4 различия с гаплотипом моего мужа -278223  Kozar.   CTS8690+!

[JaG]

Уважаемый JaG, иногда и Вы оказываетесь не правы 

Безусловно 

« Ответ #27 : 02 Февраль 2013, 23:06:22 »
Критерии, по которым Томас решает добавлять ли тот или иной снип на дерево и в какой позиции, мне не суждено понять 
А наивные клиенты снова поведутся на мусорный снип 

Это была эмоциональная реакция на предыдущее сообщение, где подчеркнуто добавление CTS1489 на дерево. Именно его я назвал мусором - 5 положительных результатов в разных линиях E1b1b1, J1, J2.

[Людмила]

Получены 4 результата по Yfull. Анализ данных проведен Al Aburto. Так выгдядит дополненное новыми снипами наше Древо-

[Людмила]

похоже, разделились снипы подгруппы самого Абурто (N14560). L264 наверно теперь 1ый из известных снипов, определяющих ветвь, за ним L229.

N14560 (L264+ L229 + L230 +)  и результат в GENO2.0  #304753 (L264+ L229 - L230 -) отличаются 39 из111 маркеров.  По расчетам Абурто это примерно 2700 лет до общего предка, т.е. это может быть возраст снипа L264+.
На самом деле, это мое немного поспешное заявление о разделении снипов. Вспомнили, что у GENO2.0 проблемы с определением  L229. Поэтому сейчас заказан тест этого снипа в  FT, а L264 проверят  у Т.Крана. Думаем, что данные по обоим снипам подтвердятся. Есть основания так думать, исходя из довольно больших различий в STR маркерах этих 2х гаплотипов.
Найденные осенью 2 близких к N14560 гаплотипа  были L229 +.
О результатах сообщу.

[mikhail a.]

Посмотрел ISOGG 2014. Отличия в структуре J2a по сравнению с предыдущей версией 2013 года не нашел. Я что-то упустил, или оно так и есть?

[JaG]

В начале нового года публикуется исходная версия дерева на текущий год. Как правило, она повторяет последнию версию предыдущего года, а изменения вносятся уже потом.

Дерево ISOGG гаплогруппы J настолько устарело, что им практически не имеет смысла пользоваться.

[mikhail a.]

Спасибо за пояснения. Именно по этому я и ожидал изменений в новой версии ветки J2a.

[mikhail a.]

Провел небольшой анализ генетических дистанций отменя (кит 313158) и самого ближнего ко мне совпаденца (кит 103233 L26 Claster B). Анализировались сопаденцы только по 67 (66) маркерам на основе поиска Семаргла.
Получилась следующая таблица

Получается своего рода треугольник между Кластером Б, мною и ближайшей частью "основного массива" L26. При этом ближайшими ко мне является плотная группа M92, а к Кластеру Б - PF5169.
С учетом полученной картинки кажется сомнительным у меня PF5169+. Напрашивается какая-то отдельная ветвь.

[JaG]

Я предположил PF5169+ не строя филогенических деревьев, поэтому мне сложно обосновать такой вывод. Но поскольку Крис, независимо от меня, отнес Ваш гаплотип к "b1c*B suspected" в его классификации, то вероятность ошибки мала.

Реально "ближайших" для Вас просто нет, есть лишь "наименее удаленные", поэтому картинка - это в основном обман зрения. Видимо реальна из нее только далекая связь с кластером "L26-B" который почти наверняка PF5169+. К сожалению, он представлен в основном анонимами, у которых явно отсутствует какой-либо интерес к гаплогруппным исследованиям.

[mikhail a.]

А оплатить за них этот снип возможно? Я готов это сделать.

[JaG]

Нужно только получить согласие тестируемого/опекуна. Крис является также со-администратором гаплогруппного проекта J, в котором состоит 103233 Swisher, так что у него есть возможность обратиться к нему.

[mikhail a.]

То, что нужно согласие владельца, это понятно. Я как раз и хотел узнать, если с ними контакт. При случае, предложу Крису переговорить на эту тему  с владельцем кита. Было бы, конечно, очень полезно их протестировать!

[Людмила]

немного поспешное заявление о разделении снипов. Вспомнили, что у GENO2.0 проблемы с определением  L229. Поэтому сейчас заказан тест этого снипа в  FT, а L264 проверят  у Т.Крана. Думаем, что данные по обоим снипам подтвердятся. Есть основания так думать, исходя из довольно больших различий в STR маркерах этих 2х гаплотипов.

Все это подтвердилось, т.е. наиболее древний снип в этой ветви L264, потом следует L229, за ним - L230.
На Древе добавились новые снипы благодаря анонимному результату FGC под № 8YWRW, о котором ранее было известно L363+. Т.е. данный гаплотип относится к одной из 3х (F3133, PF5401, Z387)  больших ветвей L25 - к ветви F3133, результатов по FGC данной ветви до сих пор не было. По анализу Ал Абурто установлено:
1. FGC9877 возможно эквивалентен F3133
2. 3 новых снипа - FGC9878, FGC9882,  FGC9883 вороятно  эквивалентны Z7704
3.  L363 лежит под Z7704, являясь его субкладом
4.  L363 имеет порядка 100 дополнительных эквивалентных снипов
Т.о. по данным от  FGC каждая из 3х основных ветвей L25 - F3133, PF5401, Z387 имеет сравнимое друг с другом количество снипов, равноотдаляющих каждую из ветвей от их общего предка  L25.
По поводу F761, 8YWRW определен как F761- (68 "ридов", были F761-  и 2 были F761+). Ранее  по результатам GENO2.0 L363+ предполагался F761+.  Отдельный заказанный в FT сиквенс области, в которой находится данная мутация, никак не завершится. Еще в августе 2013 были 

некоторые сомнения в наличие самого F761 снипа, поскольку тестированные ранее в FT были все -. Ал Абурто заказал дополнительную проверку в FT.