Коррекция дерева J2a

[Eiport]

https://cloud.mail.ru/public/3bvT/Mjwpx9UNo
И ссылка на сегодняшнее Древо J2-L24 (2015-10-14) с результатами кита №177986.

Спасибо, cпасибо, cпасибо!

[MaG]

Спасибо!
Здесь скачивается без проблем.
На Гоогле+ там какие-то не очень удобные настройки для доступа.

[Людмила]

3 кита Z387+ L70- образуют новую ветвь FGC35503+,  снип FGC35461 обозначает дальнейшее ветвление.
Все Древо по ссылке -
https://cloud.mail.ru/home/J2-L24%282015%2010%2028%29.pdf

[Eiport]

http://images.vfl.ru/ii/1446066066/290b0b95/10321240_m.jpg
3 кита Z387+ L70- образуют новую ветвь FGC35503+,  снип FGC35461 обозначает дальнейшее ветвление.
Все Древо по ссылке -
https://cloud.mail.ru/home/J2-L24%282015%2010%2028%29.pdf

Спасибо...!
Я забыл, что раньше #177986 полностью был тестирован через "1000 геномов".  Почему все снипы "Z"

[Людмила]

Я забыл, что раньше #177986 полностью был тестирован через "1000 геномов".

Вы знаете свой номер - ID в проекте 1000Genomes? Кто-нибудь анализировал его? Какие снипы там определили?

Почему все снипы "Z"

"Z" номер дает Ал Абурто снипам, которые он находит. YFull даст свои названия.

[Eiport]

"Z" номер дает Ал Абурто снипам, которые он находит. YFull даст свои названия.

Да разве это легальное? Ведь 1000 genomes дает символы "Z" !

[Людмила]

Насколько я знаю,
"Z-SNP names are the names given by volunteer researchers of the Y-chromosome (many of them are project admins with FTDNA)". 
Далее названия снипов посылаются Thomas Krahn, который поддерживает базу данных Y-SNP - YBrowse (http://ybrowse.isogg.org/index.html).
На Древе, которое мы ведем, несколько тестов из 1000Genomes. У части из них снипы Z-серии (данные Ал Абурто), у части - FGC- серии (анализ проведен FGC - компанией, оплачен из личных средств Ал Абурто).
Странно, что Вы не знаете результаты своего теста в 1000Genomes. Имея результаты и проанализировав их, наверно, можно было не делать BigY. Да и сейчас можно дополнить свой результат. Вспомнили Вы свой ID в 1000Genomes? Только просить об анализе нужно будет Абурто.

[Eiport]

Насколько я знаю,
"Z-SNP names are the names given by volunteer researchers of the Y-chromosome (many of them are project admins with FTDNA)". 
Далее названия снипов посылаются Thomas Krahn, который поддерживает базу данных Y-SNP - YBrowse (http://ybrowse.isogg.org/index.html).
На Древе, которое мы ведем, несколько тестов из 1000Genomes. У части из них снипы Z-серии (данные Ал Абурто), у части - FGC- серии (анализ проведен FGC - компанией, оплачен из личных средств Ал Абурто).
Странно, что Вы не знаете результаты своего теста в 1000Genomes. Имея результаты и проанализировав их, наверно, можно было не делать BigY. Да и сейчас можно дополнить свой результат. Вспомнили Вы свой ID в 1000Genomes? Только просить об анализе нужно будет Абурто.

Я благодарю за объяснeние названия "Z".
Я отдал несколько образцов Y-DNA моих родственников и два чужиx к FTDNA, GENO-2 и наверное два к 1000 genomes.
Но я теперь не надежный, ли это был #177986...

[Eiport]

Или подать результаты Y-Full для того, чтобы сравнить?

[Людмила]

Если у Вас есть результаты от Y-full, Вы сами можете сравнить. При анализе разными людьми (компаниями) могут добавиться (убавиться) некоторые снипы. Субъективный элемент присутствует в анализе (может быть, объяснимый большей практикой), кто-то считает снип недостаточно достоверным или стабильным и пр. Так что сравните, если у Вас есть результат от Y-full.

[Eiport]

Я вижу, что результаты анализа от YFull.com очень скромные, потому что не имели доступа к результатам J.Gonzales (Куба).

Pезультат #177986 oт YFull:
 [.....................]
J-L24 PF5289 • F1723 PF5332 CTS2850 • PF5292 FGC2818 • Z7683 Z7698 Z403 • PF5290 PF5296 • F1900 CTS6007 • PF5306 Z427 • PF5317 Z439 • PF5335 L207.3 • L207.1 • L207.2 • PF5273 • L207 CTS10588 • PF5324 CTS11427 • PF5338 PF5330 Z396 Z429 • PF5319 FGC4915 • Z7682 PF5270 L24 • S286 • F4168 FGC2816 • Z428 Z390 • PF5275 • F892 Z393 • PF5279 • F1021 PF5288 Z426 • PF5314 Z445 • PF5343 FGC2819 • Z7680 Z414 PF5272 Z422 • PF5312 FGC2813 • Z7686 Z419 • PF5310 Z424 • PF5313 Z441 • PF5339 PF5311 Z388 • PF5274 • F848 FGC5875 • Z7692 Z404 • PF5291 CTS1032 • PF5277 FGC4912 • Z7681 FGC2815 • Z7684 PF5334 Z401 • PF5287 PF5267 Z442 • PF5340 Z410 • PF5302

J-L25 CTS830 • PF5276 FGC2823 • Z7689 FGC2817 • Z7699 Z399 PF5293 PF5309 • F2355 PF5323 • F4290 CTS1634 • PF5161 CTS4928 • PF5300 Z430 • PF5320 Z392 FGC4916 • Z7690 FGC2822 • Z7696 Z8121 PF5282 PF5336 FGC4913 • Z7691 PF5301 PF5329 PF5341 PF5271 FGC2814 • Z7687 Z434 • PF5327 FGC2824 • Z7697 Z406 • PF5295 Z431 • PF5322 Z2132 • PF5344 • F4344 Z7695 PF5333 Z407 • PF5298 • F4186 PF5321 • F2933 FGC4914 • Z7693 Z394 • PF5280 PF5331 L25 • PF5345 • S399 Z408 • PF5299 Z443 • PF5342 PF4947 Z412 • PF5304 CTS1362 • PF5278 PF5269 Z416 • PF5307 PF5316 CTS11298 • PF5337 Z413 • PF5305 • F2152 FGC2821 • Z7694 Z2263 FGC2820 • Z7688 Z411 • PF5303 CTS8852 • PF5318 Z385 PF5164 Z400 • F1683 PF5284 PF5326 Z436 • PF5328 Z397 • PF5285 PF5283

J-Z438 FGC2826 • Z7709 FGC2831 • Z7719 FGC2838 • Z7715 FGC2830 • Z7718 FGC6720 • Z438 Y7295 FGC6723 • Z7714 PF5416 FGC6722 • Z7713 Y7296

J-Z387 FGC2841 • Z2162 Z2153 Z409 FGC2840 • Z7720 S8712 Z437 • PF5443 Z2151 • PF5415 Z2163 • PF5436 Z2165 • CTS1192 • PF5413 Z391 • PF5412 Z402 • PF5420 Z432 • PF5437 FGC2829 • Z2157 FGC2832 • Z2159 Z2170 • PF5428 Z386 FGC2827 • Z2149 FGC2835 • Z2160 FGC2828 • Z7711 Z2155 Z405 • PF5422 Z7717 Z420 • PF5427 Z8122 FGC2837 • Z440 Z2154 • CTS4326 Z2142 • PF5281 Z421 • PF5429 Z2171 • PF5442 Z417 • PF5426 FGC2825 • Z2164 FGC6721 • Z2150 Z2176 Z387 • PF5411 (=28)

+ NOVEL = 29 (best quality) + 7 (acceptable)  + 35 (ambiguous) +  0

[Eiport]

На дереве Y-Full дописали группу Y17949
(Там не хватает  FGC35485, FGC35509)
http://www.yfull.com/tree/J-Z387/

(Y ваc не хватает Y17949)

[Eiport]

На дереве Y-Full дописали группу Y17949
(Там не хватает  FGC35485, FGC35509)
http://www.yfull.com/tree/J-Z387/

(Y ваc не хватает Y17949)

3.11.2015:
J-L24 PF5289 • F1723 PF5332 CTS2850 • PF5292 FGC2818 • Z7683 Z7698 Z403 • PF5290 PF5296 • F1900 CTS6007 • PF5306 Z427 • PF5317 Z439 • PF5335 L207.3 • L207.1 • L207.2 • PF5273 • L207 CTS10588 • PF5324 CTS11427 • PF5338 PF5330 Z429 • PF5319 FGC4915 • Z7682 Z396 PF5270 L24 • S286 • F4168 FGC2816 • Z428 Z390 • PF5275 • F892 Z393 • PF5279 • F1021 PF5288 Z426 • PF5314 FGC2819 • Z7680 Z445 • PF5343 PF5272 Z414 Z422 • PF5312 Z419 • PF5310 FGC2813 • Z7686 Z424 • PF5313 Z441 • PF5339 PF5311 Z388 • PF5274 • F848 FGC5875 • Z7692 Z404 • PF5291 CTS1032 • PF5277 FGC2815 • Z7684 FGC4912 • Z7681 PF5334 Z401 • PF5287 PF5267 Z410 • PF5302 Z442 • PF5340

J-L25 CTS830 • PF5276 FGC2823 • Z7689 FGC2817 • Z7699 Z399 PF5293 PF5309 • F2355 PF5323 • F4290 CTS1634 • PF5161 CTS4928 • PF5300 Z430 • PF5320 Z392 FGC4916 • Z7690 Z8121 FGC2822 • Z7696 PF5282 PF5336 FGC4913 • Z7691 PF5329 PF5301 PF5341 PF5271 FGC2814 • Z7687 Z434 • PF5327 FGC2824 • Z7697 Z406 • PF5295 Z431 • PF5322 Z7695 Z2132 • PF5344 • F4344 PF5333 PF5321 • F2933 Z407 • PF5298 • F4186 Z394 • PF5280 PF5331 FGC4914 • Z7693 L25 • PF5345 • S399 Z408 • PF5299 PF4947 Z443 • PF5342 Z412 • PF5304 CTS1362 • PF5278 PF5269 Z416 • PF5307 PF5316 Z413 • PF5305 • F2152 CTS11298 • PF5337 FGC2821 • Z7694 Z2263 FGC2820 • Z7688 Z411 • PF5303 CTS8852 • PF5318 Z385 PF5164 PF5284 PF5326 Z400 • F1683 Z436 • PF5328 Z397 • PF5285 PF5283

J-Z438 FGC2826 • Z7709 FGC2831 • Z7719 FGC2838 • Z7715 FGC2830 • Z7718 Y7295 FGC6720 • Z438 PF5416 FGC6723 • Z7714 FGC6722 • Z7713 Y7296

J-Z387 Z2153 FGC2841 • Z2162 Z409 FGC2840 • Z7720 Z437 • PF5443 S8712 Z2151 • PF5415 Z2163 • PF5436 Z2165 • CTS1192 • PF5413 Z391 • PF5412 Z402 • PF5420 Z432 • PF5437 FGC2829 • Z2157 FGC2832 • Z2159 Z2170 • PF5428 Z386 FGC2827 • Z2149 FGC2835 • Z2160 Z405 • PF5422 Z2155 FGC2828 • Z7711 Z7717 Z8122 Z420 • PF5427 FGC2837 • Z440 Z2154 • CTS4326 Z2142 • PF5281 Z421 • PF5429 Z417 • PF5426 Z2171 • PF5442 FGC6721 • Z2150 FGC2825 • Z2164 Z387 • PF5411 Z2176

J-Y17949 FGC35476 FGC35468 FGC35495 FGC35485 FGC35461 Y17949 FGC35491 FGC35472 FGC35503 FGC35500

[Людмила]

Eiport

На дереве Y-Full дописали группу Y17949
(Там не хватает  FGC35485, FGC35509)
http://www.yfull.com/tree/J-Z387/
(Y ваc не хватает Y17949)

Спасибо за информацию.
Y17949 нанесем на свое Древо, этот снип действительно есть у вас у всех 3-х, т.е. на уровне FGC35503.
Если Вы посмотрите Таблицу, которую Вам присылал Ал Абурто, то относительно FGC35509 информация такая - ТА->T, т.е. делеция 1 нуклеотида. Но она присутствует у вас у всех 3-х, и больше ни у кого в J2a-L24 не выявлена.
FGC35485 это С 17174019 Т - тоже присутствует у вас 3-х. И даже попадает в один из так называемых районов  combBED 17165219  17175696, снипы в которых считаются более достоверными. По этим соображениям FGC35485, FGC35509 включены в снипы Вашей ветви.

[Eiport]

FGC35461 - Этот снип соединяет на вашем дереве только Шляга и Гонзалес.
Он наверное должен представлять собой подгруппу соображением оставшийся:
J-Y17949 FGC35476 FGC35468 FGC35495 FGC35485 FGC35461 Y17949 FGC35491 FGC35472 FGC35503 FGC35500.
Гонзалес еще неприсоединился к YFull tree, верно?