Какая программа лучше всего годится для построения древ?

[kaa76]

Упрощу донельзя. Клёсова есть за что ругать. Но. Он сделал кое-что полезное: он сумел привить мне и таким как я интерес к данной теме, рассказав азы простым языком.

Наш ресурс существует для популяризации ДНК-генеалогии. Моё присутствие здесь, помимо прочего, имеет цель объяснить простому смертному простым языком что к чему в этой науке. Частично это уже сделано - написаны краткие описания основных гаплогрупп, примерное "руководство" по интерпретации результатов.

Следующий шаг - научить поциента самому строить деревья. Уважаемый Роман в своё время написал пошаговую инструкцию для построения древа в филип-меговском виде. Я же полагаю, что мурка всё же более наглядна: понятная топология древа, сразу указаны возраста и характерные маркёры. Не вижу ничего такого, что препятствовало бы написанию доступного мануала к столь годной вещи.

Уважаемый Farroukh!

Я, как начинающий интересоваться темой ДНК-генеалогии, не понимаю чем мне может помочь такая программа? Она мне выдаст, что мне по филогении ближе один человек, но я знаю, что по генетическому растоянию другой. Чайника это поставит в тупик.

[Valery]

мне по филогении ближе один человек, но я знаю, что по генетическому растоянию другой. Чайника это поставит в тупик.

Проблема в применяемой метрике. Метрика генетических дистанций всем хороша, но не учитывает скрытых параллельных и возвратных мутаций которыми весьма богата история. К истине ближе та метрика, что возникает после построения дерева - расстояния между гаплотипами в ней определяются путями между узлами дерева. В жизни подобная ситуация не редкость, например если Ваш друг живет на другом берегу реки аккурат напротив Вашего дома, а мост далеко, Вы вряд ли будете считать истинным расстоянием до его дома тупо ширину реки. Скорее всего, более практичный подход - новая метрика, устанавливающая расстоянием между двумя точками длину кратчайшего приемлемого маршрута.

[kaa76]

Проблема в применяемой метрике. Метрика генетических дистанций всем хороша, но не учитывает скрытых параллельных и возвратных мутаций которыми весьма богата история. К истине ближе та метрика, что возникает после построения дерева - расстояния между гаплотипами в ней определяются путями между узлами дерева. В жизни подобная ситуация не редкость, например если Ваш друг живет на другом берегу реки аккурат напротив Вашего дома, а мост далеко, Вы вряд ли будете считать истинным расстоянием до его дома тупо ширину реки. Скорее всего, более практичный подход - новая метрика, устанавливающая расстоянием между двумя точками длину кратчайшего приемлемого маршрута.

Т.е. не всегда попытки пробить генеалогию обратно от ближайшего по генетическому расстоянию человека обоснованны этой метрикой? Нужно подстраховываться филогенией?

[Valery]

Т.е. не всегда попытки пробить генеалогию обратно от ближайшего по генетическому расстоянию человека обоснованны этой метрикой?

Не только не всегда, но почти никогда, за исключением случаев, когда в выборке содержатся относительно недавно разошедшиеся линии. По прошествии определенного времени возрастает количество одинаковых мутаций у представителей одной и той же линии, вследствие чего прямое сравнение их гаплотипов "руками" практически невозможно. Требуется реконструировать историю рода полностью, используя данные как можно большего числа его представителей.

[Alexander]

Мысля хорошая получение из TNT на выходе файл Графвиза.

Не просто хорошая. Это было бы близко к совершенству. Кстати, можно было бы вообще любой граф-файл, лишь бы не ТНТ-шный.

[Farroukh]

не понимаю чем мне может помочь такая программа? Она мне выдаст, что мне по филогении ближе один человек, но я знаю, что по генетическому растоянию другой. Чайника это поставит в тупик.

Валерий, в общем-то, ответил. Разумеется, если Вы нашли совпаденца по всем 67 маркёрам, то Вам и древо ни к чему. Совпадение некоторого ограниченного количества маркёров ни о чём не говорит - надо смотреть на всё древо в целом. Гомоплазия-с.

[kaa76]

Валерий, в общем-то, ответил. Разумеется, если Вы нашли совпаденца по всем 67 маркёрам, то Вам и древо ни к чему. Совпадение некоторого ограниченного количества маркёров ни о чём не говорит - надо смотреть на всё древо в целом. Гомоплазия-с.

Так речь теперь об очередном "прометеевском" FAQ - "Вишенка от яблоньки недалеко катится" 
Многие видят матчи, страны и думают что видят мир как он есть...

[Farroukh]

Тут в чём ведь всё дело6 я изначально настаивал на 67-маркёрном анализе и глубоком снипе. И уже только для таких гаплотипов имеет смысл что-то считать. Но зачастую на практике такого нет - то гаплотипы короткие, то субклады недоделанные. А новичок начинает делать неверные выводы и толкать атомные теории.

[Nimissin]

Провел небольшой анализ работ отечественных поп. генетиков. Как правило, используют Network. Иногда используется PHYLIP для построения древ. Упоминаний о TNT, PAUP, Mega и др. нет. Вопрос: это как-то связано с тем, что наши ученые работают в основном с 17-маркерными гаплотипами Yfiler, а не с 67-маркерными коммерческими? Т.е. потребность в софте ограничена сравнительно короткими гаплотипами? Или просто "страшная сила привычки"?

[Valery]

Провел небольшой анализ работ отечественных поп. генетиков. Как правило, используют Network. Иногда используется PHYLIP для построения древ. Упоминаний о TNT, PAUP, Mega и др. нет. Вопрос: это как-то связано с тем, что наши ученые работают в основном с 17-маркерными гаплотипами Yfiler, а не с 67-маркерными коммерческими? Т.е. потребность в софте ограничена сравнительно короткими гаплотипами? Или просто "страшная сила привычки"?

Именно сила привычки. Дело в том что еще в середине 90х огромное влияние на ученых работающих с однородительскими маркерами оказала небольшая группа математиков, которую возглавляли алгебраист Бандельт из Гамбурга и матбиолог Ричардз из Оксфорда. Они развели довольно большой пиар вокруг методологии используемой Бандельтом, а именно метода медианных сетей. Сам по себе этот метод очень хорош для сниповых филогений, ввиду их малой гомоплазии, но совершенно несостоятелен для быстромутирующих признаков, каковыми являются микросателлиты. Но чтобы это понять требуется определенная квалификация, которую трудно ожидать от неспециалистов. Кроме того, Нетворк, написанный первоначально для ДОСа учеником Бандельта Ролем, не имеет встроенных средств классического анализа филогений, таких как бутстрэпы, консенсусы итп, что тоже сказывалось на понимании сути дела не лучшим образом. В итоге авторы, следующие при написании работ довольно узким примерам и стандартам, упускают массу возможностей подтвердить (или наоборот опровергнуть) ту или иную гипотезу с помощью формальных средств, и вместо этого фактически полагаются на свою интуицию и картинки Нетворка

В общем, лучше задайте этот вопрос ув. VovanX - он как раз из среды, наверное ответит лучше. Впрочем, сейчас у Нетворка есть конкурент - mtPhyl, правда работает только с мтднк

[Nimissin]

Спасибо за обстоятельный ответ. Уважаемый VovanX как раз активно использует Network в своих работах.

[Valery]

Уважаемый VovanX как раз активно использует Network в своих работах.

ну и зря При этом 90% работы приходится на интуицию ув.VovanX и 10% - на сам Нетворк.

[Nimissin]

Где-то я слышал, что развитая научная интуиция близка к максимально правдоподобной оценке. Значит, небольшие деревья можно строить и на глазок.

[Valery]

Где-то я слышал, что развитая научная интуиция близка к максимально правдоподобной оценке. Значит, небольшие деревья можно строить и на глазок.

при возрастании количества признаков для многих видов метрик и филипка приближается к МП

[Nimissin]

филипка

Чувствуется Ваше неоднозначное отношение к сему продукту