Какая программа лучше всего годится для построения древ?

[Farroukh]

Наш разговор о мурке дошёл до того, что на сегодняшний день самой оптимальной программой (по мнению Валерия) считается ТНТ.

[Аббат Бузони]

Озарение сумасшедшего.

[Valery]

Это не мое мнение Впервые такую идею высказала Танди Уорноу в 2001 году. Остальные классики (Фаррис, Пенни, Бандельт, Фельзенштейн) разрабатывали собственные универсальные методы (и были связаны с разработчиками софта на их основе) и потому их мнение не может быть полностью независимым.

[Farroukh]

Валерий, в чём конкретно мурка уступает?

[Asmat headhunter]

Лучше всего иметь несколько лучших программ. А то вдруг одна лучшая обманывает?

[mouglley]

Мурка может уступать в части точности и скорости расчётов, но в части наглядности результатов даёт 100 очков вперёд любой другой программе.

[Valery]

Валерий, в чём конкретно мурка уступает?

в скорости эвристик

[Farroukh]

Мурка может уступать в части точности и скорости расчётов, но в части наглядности результатов даёт 100 очков вперёд любой другой программе.

Именно поэтому она и приоритетней. Так, короче, нужен мануал, блджад

[Alexander]

Наш разговор дошёл до того, что на сегодняшний день самой оптимальной программой считается ТНТ.

Как-то Вы упустили - оптимальной в каком смысле и для каких задач? Если в смысле достоверности, то вряд ли сегодня кто укажет на таковую. В смысле скорости - да, возможно, ТНТ. В смысле наглядности - на любителя. На мой взгляд Нетворк красивее Мурки. Хотя графика Мурки безусловно оригинальна и, наверное, более информативна. Кстати, есть спецпроги типа Сплит - отображают неплохо.
Ещё имеет значение что за исходные данные имеются. Для некоторых и Филип оптимален. Как тут сказано авторитетами, есть попметоды - парсимония, Байес, ML. Первые (типа ТНТ) идут к предку кратчайшим путём, экономя ресурс. Байес, ML не знаю, как идут. Но предполагаю, что есть такие, которые отталкиваются от дистанций (типа Филипа). Так вот, заметил, что при большой плотности гаплотипов в выборке (когда много похожих) Филип справляется лучше ТНТ (хотя и много дольше, но там есть пара более быстрых, упрощённых алгоримов).
По-хорошему, требуется сравнение ходовых программ на единой основе (по всесторонне обмусоленной выборке гаплотипов). И только тогда говорить об оптимальности.

[Farroukh]

Упрощу донельзя. Клёсова есть за что ругать. Но. Он сделал кое-что полезное: он сумел привить мне и таким как я интерес к данной теме, рассказав азы простым языком.

Наш ресурс существует для популяризации ДНК-генеалогии. Моё присутствие здесь, помимо прочего, имеет цель объяснить простому смертному простым языком что к чему в этой науке. Частично это уже сделано - написаны краткие описания основных гаплогрупп, примерное "руководство" по интерпретации результатов.

Следующий шаг - научить поциента самому строить деревья. Уважаемый Роман в своё время написал пошаговую инструкцию для построения древа в филип-меговском виде. Я же полагаю, что мурка всё же более наглядна: понятная топология древа, сразу указаны возраста и характерные маркёры. Не вижу ничего такого, что препятствовало бы написанию доступного мануала к столь годной вещи.

Окей, кто-то считает что мурка - ещё не та. Хорошо, тогда прошу при встрече показать как работают ТНТ или Нетворк. В любому случе я не понимаю, какой вред будет от того, если всё больше людей научится работать с такими программами.

[Valery]

Фаррух, написать скрипт который результаты из ТНТ будет преобразовывать в скрипты ГрафВиз дабы была картинка и подписи как Вам нравится - как два пальца.. Буквально. Другое дело что нужна большая предварительная работа по заточке ТНТ под У-67, но ее УЖЕ ПОЛНОСТЬЮ СДЕЛАЛ Овод. Если в его скрипт добавить графвизный код все будет ОК.

Зачем Америке много писателей? Хватит двух-трех (С) 

[Valery]

Если бы скажем Вам нужна была какая-то специфическая фича которая хорошо реализована именно в Мурке, то другое дело. Например, для выборок с ограниченной гомоплазией задачу "получить объединение всех MP-деревьев" Мурка выполняет быстрее ТНТ и Меги, но Вам такая фича не понадобится так как это не случай У-СТР. Вам нужно то с чем лучше справляются другие программы, причем их превосходство здесь радикально. Зачем ждать ЧАС если то же самое ТНТ сделает за секунды?

[Farroukh]

написать скрипт который результаты из ТНТ будет преобразовывать в скрипты ГрафВиз дабы была картинка и подписи как Вам нравится - как два пальца.. Буквально. Другое дело что нужна большая предварительная работа по заточке ТНТ под У-67, но ее УЖЕ ПОЛНОСТЬЮ СДЕЛАЛ Овод. Если в его скрипт добавить графвизный код все будет ОК.

Бляха-муха, что же тады нам мешает? Как насчёт работы в этом направлении???

[Valery]

Для тех кто до сих пор не понимает зачем я писал столько лет Мурку, предлагаю сравнить имплисит инумерейшн ТНТ-файла в аттаче с запуском Murka FN на том же файле в виде RDF, он есть в дистре Нетворка, называется так же. Вопросы отпадут сразу же. И более того. Если Вы и дождетесь конца имплисита, то тот кто захочет таким способом получить сумму всех МП-деревьев данным методом, просто не доживет до завершения работы этой процедуры. За этим я и писал Мурку - чтобы люди, которым надо дожить до завершения процедур такого типа на данных некоторого типа, доживали до конца их исполнения Попутно я обнаружил, что могу делать и эвристики, работающие быстро на небольших выборках, типа 50 гаплотипов. Я их реализовал. Но я же не говорил, что хочу конкурировать с авторами, писавшими такие эвристики с начала 80-ых!

[mouglley]

Мысля хорошая получение из TNT на выходе файл Графвиза.
Кто бы ещё осилил сделать такой скрипт?