... хотел более наглядно показать, где схожесть и где отличия в методах.
Схожесть очень большая. Различий два, но принципиальные.
-помаркерный расчёт
-учёт многошаговых мутаций.
1. Метод Нордведта (далее МН) оперирует субкладами. Метод выборочных пар (далее МВП) оперирует филогенетическим древом. В случае отсутствия филогенетического древа, но при наличии снипов, разносящих гаплотипы по субкладам, МВП сводится к МН. Напротив, МН при отсутствии субкладов, но при наличии филогенетического древа требует введения понятия псевдосубклад, т.е., деление совокупности гаплотипов на принадлежащие разным ветвям (псесдосубкладам).
2. МН никак не выведен из математической модели, а основан более на рассуждениях. Ниоткуда не следует, что ядро метода - вычисление дисперсии распределения аллелей - дает несмещенную максимально правдоподобную оценку накопленного количества мутаций. В МВП весь путь от формулировки математической модели до вывода вычислительной процедурыпроделан, правда, это заняло несколько статей. Показано, почему для "внутрикладового" ASD получается смещение оценки, а для "межкладового" ASD - нет. Да и много чего другого. Не никаких нелепых модальных гаплотипов для каждого субклада, которые появляются только от непонимания проблемы.
3. Для МН не проведена аттестация, не вычислены ошибки, не определены свойства оценки, что, вообще говоря, недопустимо для предложения метода к использованию. Для МВП такая аттестация проведена.
4. Для МВП показана (в отдельной статье), что можно "в лоб" использовать максимально правдоподобную оценку вместо ASD, что для малого количества маркеров и при плохом знании калибровочных значений интенсивностей мутаций даст несколько лучший результат по разбросу оценки.
Вся работа по созданию МВП и проведению аттестации была проведена без оглядки на кого бы то ни было. То. что во многих случаях это совпало с методом Нордведта, тем лучше для него. Тем не менее, повторяю, что если метод не аттестован, не исследованы его свойства, пользоваться им категорически нельзя. А это я наблюдаю на разных форумах постоянно: выдумываются различные процедуры, толком не исследуются, в большинестве случаев все ограничивается правдоподобными рассуждениями.
В конце концов, для меня лично МВП не конечная цель. Мне нужно, чтобы оценки TMRCA, которые народ будет публиковать в своих работах, были вычислены в соответствии с МВП, пусть и "по Нордведту". Главное, чтобы я им доверял, чтобы сам мог использовать далее в своих собственных исследованиях. А пока большинство публикуемых датировок не выдерживает никакой критики.
Надеюсь, что теперь всем стало очевидно, что несмотря на то, быстрые маркеры или медленные, никакого "популяционного" смещения оценки TMRCA БЫТЬ НЕ МОЖЕТ. Вся проблема только в точности измеренных интенсивностей мутаций (как обычно говорят, "скоростей мутаций", хотя никакого отношения к скоростям это не имеет. Уж лучше бы назвали "частота мутаций", и то более логично). Думаю, МВП при разделении на панели маркеров и использовании варианта МВП с усреднением по панелям маркеров дает возможность контроля за правильностью вычисления этих усредненных интенсивностей мутаций.
Тема: Обсуждение статей Д.Адамова и С.Каржавина (RJGG Vol.3 No.1 2011) (Прочитано 19757 раз)