Обсуждение статей Д.Адамова и С.Каржавина (RJGG Vol.3 No.1 2011)

[Clavis]

Эту "Вину" признаю только частично. Расчеты с учетом возвратных мутаций начал делать уважаемый Clavis.

Признаю свою долю вины. Причем не исключаю рецидива: скоро выхожу на пенсию и надеюсь вернуться к доработке старой модели.

[Каржавин]

Полностью согласен. Пока что нет ни одного надёжного способа оценки TMRCA - универсального и без существенных недостатков.

А я КАТЕГОРИЧЕСКИ не согласен. Точность оценки TMRCA на данный момент зависит от объема статистики. Также, объем статистики определяет и облик мат. модели, заложенной в расчеты. Все теоретические подпорки сделаны, оптимальные алгоритмы найдены (максимально правдоподобные с наименьшей дисперсией, что доказано). В чем сомнения, господа?
Если более полные статистические покажут наличие каких-то корреляций, изменений частоты мутаций во времени и т.п., тогда речь будет идти о корретировке модели. НО ВСЕ ЭТО БУДЕТ ИДТИ В РАМКАХ СТАНДАРТНОЙ СТАТИСТИЧЕСКОЙ МЕТОДОЛОГИИ, по которой ведутся все научные работы.
А так, без наличия в руках каких-то новых данных, которые никоим боком не лезут в модель, все эти сомнения не конструктивны.

[Каржавин]

Если же речь идёт (или может идти) о перекомпиляции Вашего ВБОП алгоритма из существующего сорса (в любом виде) в иной язык/систему - то полагаю, что можно было бы попробовать, переписав логику вычислений один к одному на Си или Джаве.
Тогда можно было бы сделать отдельную тему для вопросов по коду/методу и примеров возможных вводов-выводов будущей программы (а также требований и пожеланий людей которые будут ей пользоваться). В любом случае (даже если задумка "ВБОП калькулятора" не будет осуществлена сейчас) - описание вычисления/алгоритма будет служить полезной документацией на будущее - так сказать, для будущих поколений.

Отлично! После вылизывания кое-каких моментов, я Вам текст на "СИ" перекину. Но только учтите, что написан он очень примитивно (никаких процедур и интерфейса), обычное консольное приложение, НО РАБОТАЕТ ПРАВИЛЬНО И ВПОЛНЕ БЫСТРО.
Я не программист, но программ для собственного потребления в исследовательских целях пишу очень много и часто.

[Anode]

Но только учтите, что написан он очень примитивно (никаких процедур и интерфейса), обычное консольное приложение, НО РАБОТАЕТ ПРАВИЛЬНО И ВПОЛНЕ БЫСТРО.

Дык это самое лучшее/ценное - что может быть! (Я сам олдскул и ненавижу - когда технологии ради самих себя создают дополнительную сложность, не вытекающую из исходной задачи, что и губит большинство проектов, пусть и давая кому-то временно джоб-секурити. Одна простая функция, работающая правильно - несравнимо более ценна для человечества - чем тонны мусора, в котором трудно разобраться, тем хуже - если ещё и ошибки есть и их трудно исправить из-за искуственной сложности).

[VVR]

Полностью согласен. Пока что нет ни одного надёжного способа оценки TMRCA - универсального и без существенных недостатков.

А я КАТЕГОРИЧЕСКИ не согласен. Точность оценки TMRCA на данный момент зависит от объема статистики.

С последним Вашим предложением также полностью согласен. При правильном применении методов именно от объёма статистики. Но дело в том, что глубже некоторого  возраста (в разных популяциях по разному - обычно 2-3-4 тыс.лет) статистика катастрофически минимальна. И модель этого не учитывает. Я давно уже пытаюсь это объяснить.
При этом, если по какой-либо относительно молодой, слабоизученной популяции статистику можно улучшить дополнительным тестированием, то на более глубоких возрастах её(статистику) просто неоткуда добавить.
Поэтому я и говорю, что методы, которые мы уже неоднократно обсуждали, не универсальны - глубже уже работают ненадёжно.

[Clavis]

Для расчетов на больших (несколько тысяч лет) дистанциях остается источником существенной неопределенности TMRCA то, что мы ничего не знаем о брачных традициях далеких предков, поэтому подставляем размер поколения отец -> сын исходя из собственных умозрительных построений. Если для размера поколения мать -> дочь вариации не очень велики и можно принять 25 лет (лет 10 назад была статья об этом в журнале Знание-Сила), то для мужских поколений всё сложнее.
Вот столь же умозрительная модель. Общество делится на трибы примерно десяток мужчин и десяток женщин в каждой. Все женщины детородного возраста принадлежат вождю трибы. Вождем становятся в среднем в 30 лет (необходим опыт, жизненная мудрость) и правит он в среднем до 40 лет (погибает или переизбран).  В такой модели размер поколения отец -> сын, очевидно, 35 лет и 9 месяцев.
Это я к тому, что достаточно наивно переносить на далеких предков размер поколения, вычисленный для 20 века или даже для Римской империи.

[Каржавин]

Для расчетов на больших (несколько тысяч лет) дистанциях остается источником существенной неопределенности TMRCA то, что мы ничего не знаем о брачных традициях далеких предков, поэтому подставляем размер поколения отец -> сын исходя из собственных умозрительных построений. Если для размера поколения мать -> дочь вариации не очень велики и можно принять 25 лет (лет 10 назад была статья об этом в журнале Знание-Сила), то для мужских поколений всё сложнее.
Вот столь же умозрительная модель. Общество делится на трибы примерно десяток мужчин и десяток женщин в каждой. Все женщины детородного возраста принадлежат вождю трибы. Вождем становятся в среднем в 30 лет (необходим опыт, жизненная мудрость) и правит он в среднем до 40 лет (погибает или переизбран).  В такой модели размер поколения отец -> сын, очевидно, 35 лет и 9 месяцев.
Это я к тому, что достаточно наивно переносить на далеких предков размер поколения, вычисленный для 20 века или даже для Римской империи.

Интересно, а нельзя ли использовать данные по человекообразным обезьянам? Может быть, какую-то экстраполяцию можно провести?

[VVR]

Сергей, а что там с Вашей статьёй по калибровке? Мне недавно пришла в голову интересная идея калибровки, но возможно у Вас что-то похожее и уже проработано.

[Каржавин]

Сергей, а что там с Вашей статьёй по калибровке? Мне недавно пришла в голову интересная идея калибровки, но возможно у Вас что-то похожее и уже проработано.

Да почти все в отпусках в разных и далеких от дома местах, поэтому эта работа идет вяло, но, все-таки, идет