Обсуждение статей Д.Адамова и С.Каржавина (RJGG Vol.3 No.1 2011)

[asan-kaygy]

Здесь есть еще ряд весьма серьезных вопросов, которые на Родстве, по уверению ув. Клесова в его полемике с Nimissin'ом, давно понятны и уже не подлежат дискуссии.

Где-нить предварительно подытожены все ошибки Клёсова в датировках?

Думаю нет, ибо там все придется пересматривать, а это очень большая трата времени.

[Каржавин]

А кто третий, если не секрет?

Не обижайтесь, пока секрет (но недолго  ).

[Каржавин]

Здесь есть еще ряд весьма серьезных вопросов, которые на Родстве, по уверению ув. Клесова в его полемике с Nimissin'ом, давно понятны и уже не подлежат дискуссии.

Где-нить предварительно подытожены все ошибки Клёсова в датировках?

Думаю нет, ибо там все придется пересматривать, а это очень большая трата времени.

В том то и дело. Здесь даже дело не в ошибках, а в несколько устарелой методологии. В каких-то случаях она и сейчас пригодна, а в каких-то случаях дает большие ошибки. Мы не так давно очертили пределы применимости методов, которыми пользуется Клесов. Странно, что наши с Дмитрием результаты никак им не были использованы. Математические результаты, вообще говоря, стоят в стороне от политических и идеологических споров. Имеет ли смысл отрицать теорию относительности из-за нелюбви к евреям? Или теорию всемирного тяготения из-за аналогичной нелюбви к англо-саксам ("вечно эта англичанка гадит!")?

[asan-kaygy]

Не могли бы вы привести датировки с которыми согласны?

[Каржавин]

Не могли бы вы привести датировки с которыми согласны?

Мы сделаем по-другому: в готовящемся номере представим результаты по цыганам. В предыдущей статье мы сделали обзор разных методов применительно к датировке цыган, а сейчас более "продвинутым" методом посчитаем дату жизни начального предка.
Еще немного потратим время на калибровку скоростей мутаций.
А процесс "массового" ПЕРЕдатирования, наверное, нужно будет нам всем вместе согласовывать.
Вот, кстати, намного более удачный термин - частота мутаций, вместо скорости мутаций. У мутаций нет скоростей, а можно говорить о скорости изменения гаплотипа или локуса. В крайнем случае, о скорости изменения количества повторов в локусе ПОД ВОЗДЕЙСТВИЕМ мутаций, но не непосредственно о скорости самих мутаций. А вот частота мутаций в данном случае точно определяет и суть процесса и даже более корректна с математической точки зрения, чем, скажем, интенсивность потока мутаций.
Замечу, что в задаче вычисления времени жизни начального предка есть два этапа вычислений:
1-й этап: вычисление количества накопленных мутаций по тому, как далеко друг от друга "разбежались" гаплотипы финальных предков.
2-й этап: пересчет количества мутаций во время жизни начального предка с помощью калибровочных частот мутаций.
Методически было бы верным давать два параметра по каждой датировке: количество мутаций и время жизни. Первый параметр (количество мутаций) никоим образом не зависит от калибровок частот мутаций и может быть положен в основу сравнения различных методов вычисления или сравнения расчетов по разным совокупностям гаплотипов одной и той же гаплогруппы. Сейчас уже так не раз было, когда для сравнения предлагаются какие-то датировки без указания количества мутаций, и непонятно, как их сравнить с нашими результатами, поскольку мы окончательно пересчитываем во время с помощью частот мутаций "отец-сын" и приводим к поколениям, а другие - по калибровочным результатам Рожанского. А вот если сравнивать вычисленное количество мутаций, то это совсем другое дело! Сразу будет видно, насколько методы дают разные значения.

[VVR]

1-й этап: вычисление количества накопленных мутаций по тому, как далеко друг от друга "разбежались" гаплотипы финальных предков.

Оговорка- должно быть финальных потомков. Извините за дотошность и занудство, но это от характера.
Ещё можно уточнить, что в результате вычисления очень желательно получить величину максимально близкую к реальному количеству накопленных мутаций от реальных значений  предкового гаплотипа БОП(MRCA) выборки(группы гаплотипов) по которой ведутся вычисления.

[Farroukh]

Сейчас уже не вдвоем, а втроем ведем работу по калибровке частоты (скоростей) мутаций.

Сергей, возможно ли в итоге получить доступное программное обеспечение, которое считало бы ВБОП выборки по вашему методу.

[Каржавин]

Сейчас уже не вдвоем, а втроем ведем работу по калибровке частоты (скоростей) мутаций.

Сергей, возможно ли в итоге получить доступное программное обеспечение, которое считало бы ВБОП выборки по вашему методу.

ДА, но если кто-нибудь возьмет на себя труд перекомпилировать современным покупным компилятором. А так я готов представить исходный код.

[Каржавин]

1-й этап: вычисление количества накопленных мутаций по тому, как далеко друг от друга "разбежались" гаплотипы финальных предков.

Оговорка- должно быть финальных потомков. Извините за дотошность и занудство, но это от характера.
Ещё можно уточнить, что в результате вычисления очень желательно получить величину максимально близкую к реальному количеству накопленных мутаций от реальных значений  предкового гаплотипа БОП(MRCA) выборки(группы гаплотипов) по которой ведутся вычисления.

Все Ваши замечания, уважаемый VVR, принимаются полностью 

[Nimissin]

Где-нить предварительно подытожены все ошибки Клёсова в датировках?

Здесь надо четко осознавать, что доказать наличие ошибки в средних значениях датировок очень сложно. Разве только с помощью машины времени. Беда в том, что отсутствуют четкие критерии истины. В итоге каждая группа исследователей фактически только верит в свои датировки, укладывающиеся в какие-то достаточно субъективные системы взглядов. Клесов и Рожанский намного опередили в достоверности датировок профессиональных ученых, публикующих в солидных журналах откровенные ляпы с применением т.н. "эволюционной" скорости мутаций. У меня замечания к ним только в части расчета погрешностей, которые они, на наш с Сергеем взгляд, сильно занижают. Но и тут не все так просто. Могу об этом говорить, так как сам вывел эти формулы, которыми они пользуются. Когда факт занижения погрешностей прояснится, то виновник известен.

[Каржавин]

Где-нить предварительно подытожены все ошибки Клёсова в датировках?

Здесь надо четко осознавать, что доказать наличие ошибки в средних значениях датировок очень сложно. Разве только с помощью машины времени. Беда в том, что отсутствуют четкие критерии истины. В итоге каждая группа исследователей фактически только верит в свои датировки, укладывающиеся в какие-то достаточно субъективные системы взглядов. Клесов и Рожанский намного опередили в достоверности датировок профессиональных ученых, публикующих в солидных журналах откровенные ляпы с применением т.н. "эволюционной" скорости мутаций. У меня замечания к ним только в части расчета погрешностей, которые они, на наш с Сергеем взгляд, сильно занижают. Но и тут не все так просто. Могу об этом говорить, так как сам вывел эти формулы, которыми они пользуются. Когда факт занижения погрешностей прояснится, то виновник известен.

Надо четко разделять систематическую и случайную погрешность. Я оставлю в стороне реверансы по поводу того, что кто-то когда-то опередил профессиональных ученых. Лавры и признание за это уже получены, а нам надо двигаться дальше.
За невинной формулировкой "занижение систематической погрешности" иногда может стоять и двухкратное занижение возраста. А "занижение флуктуационной составляющей" - занижение разброса оценки также раза в два-три, что может свести к нулю ценность датировки.
Замечу также, что не было ПОЛНОЙ УВЕРЕННОСТИ в правильности используемых формул, поскольку математические обоснования мы только сейчас вдвоем, пыхтя и сопя, как-то сформулировали и исследовали на моделях. Сразу же выявилось ряд серьезных проблем, неточностей в формулировках и так далее. По крайней мере, сейчас все используемые методы расставлены по местам, более-менее очерчены области их применения.
Я категорически не согласен, что нет четких критериев истины. Они есть, и давно сформулированы статистической наукой, если мы, конечно, согласованно на основе экспериментальных данных полагаем, что модель мутирования вероятностная и подчиняется вполне определенным постулатам.
Думаю, что все эти сомнения и метания надо перенести в область регулярного испытания принятой математической модели новыми экспериментальными данными на предмет ее доработки.
И БОЛЕЕ СЛОЖНЫЕ ПРИРОДНЫЕ ЯВЛЕНИЯ, ЧЕМ ПРОЦЕСС МУТИРОВАНИЯ, ОПИСАНЫ МАТЕМАТИЧЕСКИ И НЕТ ПРОБЛЕМ С КРИТЕРИЯМИ ПРАВИЛЬНОСТИ. САМОЛЕТЫ И РАКЕТЫ ЛЕТАЮТ, ПУШКИ СТРЕЛЯЮТ В ЦЕЛЬ, СПУТНИКИ ФОТОГРАФИРУЮТ ЮПИТЕР.

[VVR]

Где-нить предварительно подытожены все ошибки Клёсова в датировках?

Здесь надо четко осознавать, что доказать наличие ошибки в средних значениях датировок очень сложно. Разве только с помощью машины времени. Беда в том, что отсутствуют четкие критерии истины.

Полностью согласен. Пока что нет ни одного надёжного способа оценки TMRCA - универсального и без существенных недостатков.

[VVR]

Где-нить предварительно подытожены все ошибки Клёсова в датировках?

У меня замечания к ним только в части расчета погрешностей, которые они, на наш с Сергеем взгляд, сильно занижают. Но и тут не все так просто. Могу об этом говорить, так как сам вывел эти формулы, которыми они пользуются. Когда факт занижения погрешностей прояснится, то виновник известен.

Дмитрий, Вы уж полностью "вину" признавайте. Это ведь Вы вывели формулу для расчёта так наз. возвратных(или т.н. ненаблюдаемых) мутаций,и сделали таблицу, которой Клёсов пользуется до сих пор. Рожанский, как более продвинутый, пользуется формулой.
Этот расчёт даёт систематическую погрешность(т.е. фактически ошибку) на занижение возраста из-за неучёта разной частоты (интенсивности, скорости, вероятности) мутаций в разных Y-STR локусах(маркерах,маркёрах).
Вас оправдывает, что в то время у всех было мало знаний в этих вопросах и на то время это было серьёзным шагом вперёд. С тех пор Вы с Каржавиным существенно продвинулись вперёд, а вот Клёсов остался в том времени и не хочет слышать ничего нового в оценке TMRCA.
Кстати, моделирование он категорически отвергает как аргумент.

[Anode]

Сейчас уже не вдвоем, а втроем ведем работу по калибровке частоты (скоростей) мутаций.

Сергей, возможно ли в итоге получить доступное программное обеспечение, которое считало бы ВБОП выборки по вашему методу.

ДА, но если кто-нибудь возьмет на себя труд перекомпилировать современным покупным компилятором. А так я готов представить исходный код.

Уважаемый Каржавин,
о каком компиляторе (какого языка) идёт речь?

Если же речь идёт (или может идти) о перекомпиляции Вашего ВБОП алгоритма из существующего сорса (в любом виде) в иной язык/систему - то полагаю, что можно было бы попробовать, переписав логику вычислений один к одному на Си или Джаве.
Тогда можно было бы сделать отдельную тему для вопросов по коду/методу и примеров возможных вводов-выводов будущей программы (а также требований и пожеланий людей которые будут ей пользоваться). В любом случае (даже если задумка "ВБОП калькулятора" не будет осуществлена сейчас) - описание вычисления/алгоритма будет служить полезной документацией на будущее - так сказать, для будущих поколений.

[Nimissin]

Дмитрий, Вы уж полностью "вину" признавайте. Это ведь Вы вывели формулу для расчёта так наз. возвратных(или т.н. ненаблюдаемых) мутаций,и сделали таблицу, которой Клёсов пользуется до сих пор. Рожанский, как более продвинутый, пользуется формулой.

Эту "Вину" признаю только частично. Расчеты с учетом возвратных мутаций начал делать уважаемый Clavis.

Этот расчёт даёт систематическую погрешность(т.е. фактически ошибку) на занижение возраста из-за неучёта разной частоты (интенсивности, скорости, вероятности) мутаций в разных Y-STR локусах(маркерах,маркёрах).

Если Вы имеете в виду расчет по линейному методу с использованием средней скорости мутаций на маркер, то Вы правы. Для квадратичных методов это не так, использование средней скорости не приводит к систематическому смещению.

Вас оправдывает, что в то время у всех было мало знаний в этих вопросах и на то время это было серьёзным шагом вперёд. С тех пор Вы с Каржавиным существенно продвинулись вперёд, а вот Клёсов остался в том времени и не хочет слышать ничего нового в оценке TMRCA.
Кстати, моделирование он категорически отвергает как аргумент.

Напрасно отвергает.