Некоторые проблемы STR-филогении

[Овод]

Или вывод о бесперспективности Y-STR филогении уже сделан, но ещё просто не осознан "широкими массами"?

Наличие неопределенностей в СТР-филогении вовсе не означает ее бесперспективности. Фактически, она не более "гадательна", чем, скажем, квантовая механика, целиком построенная на соотношении неопределенностей Гейзенберга.
 
Просто нужно уметь играть с Господом Богом в кости по его правилам. А не придумывать свои. И не жульничать.
 
А ее роль (СТР-филогении) в будущем только повысится. Особенно в определении близкородственных связей. И, естественно, в комплексе со снип-филогенией.

[Шад]

На эту же тему адмнистратор Q yDNA Haplogroup Project Rebekah Adele:

I find that Y-DNA based STR analysis becomes increasingly unreliable when the genetic distance is more than about 25% of the number of markers tested. There is improvement with more STRs, but too often only very close matches upgrade to Y-DNA67 or Y-DNA111.

Но в любом случае у уважаемого Овода получилось очень образно. Без иронии: я даже задумался над сходством ДНК-филогении с каббалой: числа, Древо жизни...

[VVR]

На мой взгляд, самое сложное в любой науке - прогнозирование, в широком смысле этого слова.
А потом нужно уметь обоснованно объяснить, почему реальность не совпала с прогнозируемым.

[Шад]

Интересная ситуация возникла у нас в гаплогруппе Q1b - настолько существенное расхождение результатов по снипу и филогении, что не знаю даже как к этому относиться.
Посмотрите сами:
#193005 Abdullin. По крайней мере на момент написания этого сообщения сгруппирован как Q-M378, L245+. В совпаденцах по Y-match у него также все L245+. По филогении он четко попадает именно в это окружение по всем 67 маркерам.
Сегодня опубликован снип: L245-.
Неужели возможно столь сильное расхождение между снипами и филогенией? 

[asan-kaygy]

чем больше численность народа, тем более вероятна гомоплазия.

[Centurion]

Неужели возможно столь сильное расхождение между снипами и филогенией? 

не исключена банальная ошибка при типирование. такое случается.

[Valery]

Еще возможно что снип говеный. Но это должно подтверждаться несколькими разными источниками: он должен то вскакивать то пропадать в разных ветвях одной гг.

[Clavis]

Интересная ситуация возникла у нас в гаплогруппе Q1b - настолько существенное расхождение результатов по снипу и филогении, что не знаю даже как к этому относиться.
Посмотрите сами:
#193005 Abdullin. По крайней мере на момент написания этого сообщения сгруппирован как Q-M378, L245+. В совпаденцах по Y-match у него также все L245+. По филогении он четко попадает именно в это окружение по всем 67 маркерам.
Сегодня опубликован снип: L245-.
Неужели возможно столь сильное расхождение между снипами и филогенией?

Мне кажется, ничего странного. Допустим, его ветвь с L245- отпочковалась незадолго до возникновения L245, и по случайности его гаплотипу досталось очень мало мутаций в STR. В результате он окажется в самой гуще ветви L245+, там, где положено быть предковому гаплотипу.

[VVR]

Посмотрел проект и согласен с Clavisом. Ничего необычного. Вероятно Q1b1* Не вижу никаких филогенических препятствий, чтобы его гаплотип принадлежал к ветви Q-M378,L245- (DYS454=12) или к ветви, обозначенной в пректе Q-M378, или другой ветви М378, из которой протестирован только он один.

[Шад]

Посмотрел проект и согласен с Clavisом. Ничего необычного. Вероятно Q1b1* Не вижу никаких филогенических препятствий, чтобы его гаплотип принадлежал к ветви Q-M378,L245- (DYS454=12) или к ветви, обозначенной в пректе Q-M378, или другой ветви М378, из которой протестирован только он один.

К ветви Q-M378,L245- (DYS454=12) он принадлежать не может, так как у него DYS454=11. В остальном я согласен с Вашими выводами.

[VVR]

Может у него в последних поколениях произошла мутация DYS454 12>11, а до этого у его предков было 12. Одна мутация не выбрасывает его из ветви и не может определять ветвь.

[Шад]

Опять от уважаемой Ребекки. На этот раз насчет моего мурочного дерева:

I like genetic distance based trees more than STR based trees, because you usually have to take the multi-copy markers out of the data to use STR based trees.

Не совсем понял сути замечания. Посоветуйте что ответить.

[Valery]

Опять от уважаемой Ребекки. На этот раз насчет моего мурочного дерева:

I like genetic distance based trees more than STR based trees, because you usually have to take the multi-copy markers out of the data to use STR based trees.

Не совсем понял сути замечания. Посоветуйте что ответить.

Лучше чем ответил ув. VVR ответить трудно:

На мой взгляд, самое сложное в любой науке - прогнозирование, в широком смысле этого слова.
А потом нужно уметь обоснованно объяснить, почему реальность не совпала с прогнозируемым.

Единственное, Вы можете ответить вопросом на вопрос: поинтересоваться чем ей больше нравятся distance-based trees (скажем филипковые) и каким критерием она меряет их ценность. И как она избежала необходимости "to take the multi-copy markers out of the data" при построении филипковых деревьев, ведь расстояния для филипки считают по всем маркерам.

Ну и наконец, не мешает спросить что все же значит "to take the multi-copy markers out of the data" 

[Шад]

Ну и наконец, не мешает спросить что все же значит "to take the multi-copy markers out of the data" 

Так именно это я и не понял:)

[I2a1a]

Ну и наконец, не мешает спросить что все же значит "to take the multi-copy markers out of the data" 

Так именно это я и не понял:)

Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

http://www.cstl.nist.gov/strbase/pub_pres/ButlerISFG2003_DYS464.pdf