Некоторые проблемы STR-филогении

[VVR]

Пока решил оставить DYS464. Но есть другая проблема - у некоторых гаплотипов есть ещё два алельных значения. Например: 14-14-15-15-15-15, тогда как у остальных гаплотипов с этим же снипом только четыре значения: 14-14-14-15 или 14-14-15-15. Как быть: просто отбросить два этих значения или переделывать все гаплотипы, добавляя два маркера 464e и 464f и ставям по ним нулевые (?!) значения?

Надо не забывать, что в результате дупликации два аллеля не добавляются, а именно дублируются из тех, которые были. Например, было 11-13-14-17. Допустим продуплицировалась пара a-d. Значения аллелей всегда записываются в порядке возрастания. Соответственно, будет 11-11-13-14-17-17. Если отбросить 464e,464f, то  получится 11-13-14-17 мутировало в 11-11-13-14. Ерунда получается. Если добавить нули ещё хуже.
Поэтому в первую очередь надо выяснить, если конечно возможно, какая пара аллелей из четырёх продублировалась. И далее определять все мутации в DYS464.

[Шад]

В моем приере очевидно, что продублировались два последних аллеля: 15-15. Поэтому отбросить из полагаю можно без ущерба для филогении. А вот если аллели продублировались в другом порядке - нужно ли менять порядок аллелей в соответствии с произведеной реконструкцией мутации?

Пока решил оставить DYS464. Но есть другая проблема - у некоторых гаплотипов есть ещё два алельных значения. Например: 14-14-15-15-15-15, тогда как у остальных гаплотипов с этим же снипом только четыре значения: 14-14-14-15 или 14-14-15-15. Как быть: просто отбросить два этих значения или переделывать все гаплотипы, добавляя два маркера 464e и 464f и ставям по ним нулевые (?!) значения?

Надо не забывать, что в результате дупликации два аллеля не добавляются, а именно дублируются из тех, которые были. Например, было 11-13-14-17. Допустим продуплицировалась пара a-d. Значения аллелей всегда записываются в порядке возрастания. Соответственно, будет 11-11-13-14-17-17. Если отбросить 464e,464f, то  получится 11-13-14-17 мутировало в 11-11-13-14. Ерунда получается. Если добавить нули ещё хуже.
Поэтому в первую очередь надо выяснить, если конечно возможно, какая пара аллелей из четырёх продублировалась. И далее определять все мутации в DYS464.

[VVR]

В моем приере очевидно, что продублировались два последних аллеля: 15-15. Поэтому отбросить из полагаю можно без ущерба для филогении. А вот если аллели продублировались в другом порядке - нужно ли менять порядок аллелей в соответствии с произведеной реконструкцией мутации?

Можно ли? Если уверены в своей правоте и понимаете, что делаете и зачем, то можно всё. Нужно ли, это решать Вам исходя из конкретной ситуации. Кроме того, можно ведь попробовать оба варианта, с изменением и без. Затем оценить, какой более вероятный.
Если 6-аллельных несколько, то необходимо выяснить, является ли дупликация 4-6 для них общей, от одного предка.Для этого нужно оценить их филогенетическую близость без учёта DYS464. Если подтвердится, то  все 6-аллельные составят одну подветвь. Мутация ведь достаточно редкая. Но бывает, особенно если субклад(ветвь) не очень молодой и многочисленный, то эта мутация может пройти и 2, и  более раз. Всё это очень желательно выяснить, но не всегда это можно сделать надёжно.
Т.обр., проблемы в STR-филогении конечно есть, и часто очень сложные.

[Slavar]

... Во-первых,  спасибо что взяли мои результаты и моего родственника 238574 для сравнения. Да, он действительно 1975 года рождения. Я думаю,  что без учёта "веса" каждого маркёра и построенной на этом филогении эти расчёты будут крайне приблизительны. К тому же пока непонятно, из Ивановичей мой родственник или из Елисеевичей. Если второе, то у нас общий предок будет ближе к современности, чем Трофим.

В моих расчетах маркеры как раз взвешенные, т.к. я их группирую в панели по мере возрастания скорости мутациии и считаю по этим раздельным панелям (см. В.А.Рыжков. Расчёт ВБОП по раздельным панелям Y STR маркеров, отсортированных по мере возрастания констант скоростей мутаций. RJGG (2011), т.3, №2).

В ожидании добавки до 111 маркеров откалибровал по скоростям мутаций 44 маркера остатка и выстроил формат 111FTDNA по мере возрастания КСМ в те же 7-мь панелей, расширив их по числу маркеров (со 2-ой по 6-ю включительно). Погонял этот формат по разным ветвям проектов FTDNA: вроде работает стабильно, результаты между панелями стали сходится даже лучше, чем в переформатированном 67FTDNA, что и должно быть, если калибровка по КСМ произведена более или менее верно.
Приценился к "Мономашичам" (= 875±100 (100) years ago -->  ~1975-875 ≈ 1100 y.AC )  и опять к родственникам Tsepelin:
Between 224434Ru-B1a*& 238574Ru-B1a (from Tsepelin born ab.1570 y.AC:

FTDNAi    ΣCSM      A,y/m   n   Nh   M   Ti,y   Limit,ky
111F1      0.00125   20000   8   1   0   0   95
111F2      0.00974   2567   22   1   1   2627   25
111F3      0.02932   853   25   1   1   870   11
111F4      0.09066   276   36   1   3   864   5
111F5      0.04655   537   10   1   1   565   2.5
111F6      0.07279   343   7   1   0   0   1.3
111F7      0.07143   350   2   1   0   0   0.5
T(1)4 = 875±?
111F1,2   0.01099   2275   30   1   1   2314   25
111F2,3   0.03906   640   47   1   2   1308   11
111F3,4   0.11998   208   61   1   4   860   5
111F4,5   0.13721   182   46   1   4   761   2.5
111F5,6   0.11934   209   17   1   0   0   1.3
111F6,7   0.14422   173   9   1   0   0   0.5
T(2)2-6 = 725± (550)
111F1-3   0.04031   620   55   1   2   1263   11
111F1-4   0.13097   191   91   1   5   982   5
111F1-5   0.17752   141   101   1   6   872   2.5
111F1-6   0.25031   100   108   1   6   617   1.3
111F1-7   0.32174   78   110   1   6   481   0.5
T(3)4-6 = 825±300(125)  / 2 -> ~ 400 years ago -> 1975-400= 1575 y.AC  vs ~1570 y. AC for Trofim Semenov son Tsepelin(Zepelin)

[RomanS]

... Во-первых,  спасибо что взяли мои результаты и моего родственника 238574 для сравнения. Да, он действительно 1975 года рождения. Я думаю,  что без учёта "веса" каждого маркёра и построенной на этом филогении эти расчёты будут крайне приблизительны. К тому же пока непонятно, из Ивановичей мой родственник или из Елисеевичей. Если второе, то у нас общий предок будет ближе к современности, чем Трофим.

В моих расчетах маркеры как раз взвешенные, т.к. я их группирую в панели по мере возрастания скорости мутациии и считаю по этим раздельным панелям (см. В.А.Рыжков. Расчёт ВБОП по раздельным панелям Y STR маркеров, отсортированных по мере возрастания констант скоростей мутаций. RJGG (2011), т.3, №2).

В ожидании добавки до 111 маркеров откалибровал по скоростям мутаций 44 маркера остатка и выстроил формат 111FTDNA по мере возрастания КСМ в те же 7-мь панелей, расширив их по числу маркеров (со 2-ой по 6-ю включительно). Погонял этот формат по разным ветвям проектов FTDNA: вроде работает стабильно, результаты между панелями стали сходится даже лучше, чем в переформатированном 67FTDNA, что и должно быть, если калибровка по КСМ произведена более или менее верно.
Приценился к "Мономашичам" (= 875±100 (100) years ago -->  ~1975-875 ≈ 1100 y.AC )  и опять к родственникам Tsepelin:
Between 224434Ru-B1a*& 238574Ru-B1a (from Tsepelin born ab.1570 y.AC:

FTDNAi    ΣCSM      A,y/m   n   Nh   M   Ti,y   Limit,ky
111F1      0.00125   20000   8   1   0   0   95
111F2      0.00974   2567   22   1   1   2627   25
111F3      0.02932   853   25   1   1   870   11
111F4      0.09066   276   36   1   3   864   5
111F5      0.04655   537   10   1   1   565   2.5
111F6      0.07279   343   7   1   0   0   1.3
111F7      0.07143   350   2   1   0   0   0.5
T(1)4 = 875±?
111F1,2   0.01099   2275   30   1   1   2314   25
111F2,3   0.03906   640   47   1   2   1308   11
111F3,4   0.11998   208   61   1   4   860   5
111F4,5   0.13721   182   46   1   4   761   2.5
111F5,6   0.11934   209   17   1   0   0   1.3
111F6,7   0.14422   173   9   1   0   0   0.5
T(2)2-6 = 725± (550)
111F1-3   0.04031   620   55   1   2   1263   11
111F1-4   0.13097   191   91   1   5   982   5
111F1-5   0.17752   141   101   1   6   872   2.5
111F1-6   0.25031   100   108   1   6   617   1.3
111F1-7   0.32174   78   110   1   6   481   0.5
T(3)4-6 = 825±300(125)  / 2 -> ~ 400 years ago -> 1975-400= 1575 y.AC  vs ~1570 y. AC for Trofim Semenov son Tsepelin(Zepelin)

Как-то красиво у Вас всё получается! 
А между тем, сейчас провожу очередную верификацию своего Древа, так мой протестированный родственник может мне оказаться ...троюродным братом. Правда это только пока по очень косвенным данным.

[VVR]

А между тем, сейчас провожу очередную верификацию своего Древа, так мой протестированный родственник может мне оказаться ...троюродным братом. Правда это только пока по очень косвенным данным.

Сенсация будет. Слишком маленькая вероятность. Хотя, если есть вероятность, отличная от нуля, у кого-то же она должна проявиться.
А Славар конечно завысил. У него в методике есть методические ошибки.

[Аббат Бузони]

Как-то красиво у Вас всё получается! 

Роман, это еще не читали вирши про слово "х...р" и солнечный шейпинг черепной коробки. Так не то что красиво, там вся суть этногенеза, начиная с парагаплогруппы MNOPS.

[RomanS]

А между тем, сейчас провожу очередную верификацию своего Древа, так мой протестированный родственник может мне оказаться ...троюродным братом. Правда это только пока по очень косвенным данным.

Сенсация будет. Слишком маленькая вероятность. Хотя, если есть вероятность, отличная от нуля, у кого-то же она должна проявиться.
А Славар конечно завысил. У него в методике есть методические ошибки.

Я тоже надеюсь, что эта вероятность не "сыграет".  Но на всякий случай ещё ФФ его проверю и документы буду искать дополнительные. А может ещё кого-либо  протестирую из родственников.

[Slavar]

А между тем, сейчас провожу очередную верификацию своего Древа, так мой протестированный родственник может мне оказаться ...троюродным братом. Правда это только пока по очень косвенным данным.

Сенсация будет. Слишком маленькая вероятность. Хотя, если есть вероятность, отличная от нуля, у кого-то же она должна проявиться.
А Славар конечно завысил. У него в методике есть методические ошибки.

Если я "конечно завысил" и у меня в методике методические ошибки, то не подскажите, где я завысил и что это за методические ошибки? А то при обсуждении методики два года назад никто по существу так ничего и не сказал.
И второе. Не подскажите как надо правильно считать? Расчет АК по выделенной мной медленной панели не предлагать, т.к. это частный случай моей методики, применяемый им втупую, а потому довольно часто не по делу и неверно. Как Вы то считаете, если не по раздельным панелям?

[Slavar]

Как-то красиво у Вас всё получается! 

Роман, это еще не читали вирши про слово "х...р" и солнечный шейпинг черепной коробки. Так не то что красиво, там вся суть этногенеза, начиная с парагаплогруппы MNOPS.

Александр, самому-то не противно? Так всю жизнь в коридорных и останетесь.

[Slavar]

....
Как-то красиво у Вас всё получается! 
А между тем, сейчас провожу очередную верификацию своего Древа, так мой протестированный родственник может мне оказаться ...троюродным братом. Правда это только пока по очень косвенным данным.

RomanS, я ранее для 67FTDNA формата сказал, что это грубая оценка, поскольку всего два участника (родственника). 111 формат уже лучше. Было бы  400-500 маркеров, можно было бы и для двух родственников прогнозы делать.
Вот мой расчет  по 111-ти для Гедиминовичей, например:
N1c1-S.Baltian-392=15;716=28?;522=14?;463=22;607=14;557=13;460=10;456=13;576=15-Gediminids-4
132895Khovanski, 158600Prince Trubetskoy, 160454Prince Golitsin, 133144 Chertorizhsky
FTDNAi ΣCSM   A,y/m   n   Nh   M   Ti,y   Limit,ky
111F1   0.00125   20000   8   4   1   5079   95
111F2   0.00974   2567   22   4   1   645   25
111F3   0.02932   853   25   4   5   1094   11
111F4   0.09066   276   36   4   8   568   5
111F5   0.04655   537   10   4   7   1030   2.5
111F6   0.07279   343   7   4   6   576   1.3
111F7   0.07143   350   2   4   0   0   0.5
T(1)4-6 = 725+-(275)
111F1,2   0.01099   2275   30   4   2   1147   25
111F2,3   0.03906   640   47   4   6   976   11
111F3,4   0.11998   208   61   4   13   694   5
111F4,5   0.13721   182   46   4   15   711   2.5
111F5,6   0.11934   209   17   4   13   751   1.3
111F6,7   0.14422   173   9   4   6   283   0.5
T(2)3-6 = 725+-(25)
111F1-3   0.04031   620   55   4   7   1103   11
111F1-4   0.13097   191   91   4   15   731   5
111F1-5   0.17752   141   101   4   22   797   2.5
111F1-6   0.25031   100   108   4   28   723   1.3
111F1-7   0.32174   78   110   4   28   564   0.5
Τ(3)4-6  =750+-(50)
Sum(3)4-6 = 725+-150 (125) -> 1975-725 = 1250 AC  vs Гедимин ок.1275 AC

А вот для 4-х Овечкиных из проекта N1c1:

N1c1-S.Baltian-Ovechkin-4 {224089, 189221, 224091, 241544}

FTDNAiΣCSM      A,y/m   n   Nh   M   Ti,y   Limit,ky
11F1   0.00125      20000   8   4   1   5079   95
111F2   0.00974      2567   22   4   1   645   25
111F3   0.02932      853   25   4   6   1319   11
111F4   0.09066      276   36   4   2   139   5
111F5   0.04655      537   10   4   0   0   2.5
111F6   0.07279      343   7   4   5   471   1.3
111F7   0.07143      350   2   4   0   0   0.5
T(1)2-7 = 425+-(500)
111F1,2   0.01099   2275   30   4   2   1147   25
111F2,3   0.03906   640   47   4   7   1141   11
111F3,4   0.11998   208   61   4   8   423   5
111F4,5   0.13721   182   46   4   2   91   2.5
111F5,6   0.11934   209   17   4   5   271   1.3
111F6,7   0.14422   173   9   4   5   232   0.5
T(2)= 425+-(425)
111F1-3   0.04031   620   55   4   8   1263   11
111F1-4   0.13097   191   91   4   10   484   5
111F1-5   0.17752   141   101   4   10   357   2.5
111F1-6   0.25031   100   108   4   15   382   1.3
111F1-7   0.32174   78   110   4   15   298   0.5
Τ(3)3-7 =  375+-100(75)
Sum(3) = 425+_100 (375), 1975-425 = 1550 AC vs 1570 AC

Было бы здорово, если бы Владимир сделал расчеты для этих же выборок и можно было бы сравнить, а уж потом делать выводы о методических погрешностях.

[Аббат Бузони]

Как-то красиво у Вас всё получается! 

Роман, это еще не читали вирши про слово "х...р" и солнечный шейпинг черепной коробки. Так не то что красиво, там вся суть этногенеза, начиная с парагаплогруппы MNOPS.

Александр, самому-то не противно? Так всю жизнь в коридорных и останетесь.

Противно, поскольку начинаю писать это когда вы вываливаете на форум тонны бредятины, а люди должны знать, что человек ходит с вирусом фрическим.

Лучше быть коридорным в психушке, чем психом в палате номер 6. 

[VVR]

Если я "конечно завысил" и у меня в методике методические ошибки, то не подскажите, где я завысил и что это за методические ошибки? А то при обсуждении методики два года назад никто по существу так ничего и не сказал.
И второе. Не подскажите как надо правильно считать? Расчет АК по выделенной мной медленной панели не предлагать, т.к. это частный случай моей методики, применяемый им втупую, а потому довольно часто не по делу и неверно. Как Вы то считаете, если не по раздельным панелям?

Не подскажу. Потому как сейчас пишу статью на эту тему. Пересказывать здесь её не буду. У Вас в статье были  здравые мысли, только Вы их сами не до конца понимаете. Я насчитал целых три. О чём кстати и писал здесь на форуме сразу после выхода статьи. Только не говорите потом, что я у Вас что-то стырил. Я писал об этом  на форуме родства и ругался с Клёсовым ещё три с лишним года назад, когда ещё "Вас тут не стояло". Это всё можно найти.
Кроме того после выхода Вашей статьи я писал, что один раздел в Вашей статье полностью и абсолютно фрический(о том, что у всех маркеров изначально предковое значение было 12). Трудно представить, как такая идея могла на трезвую голову прийти   человеку, хотя бы в общих чертах понимающему механизмы мутаций.                 

[Slavar]

Если я "конечно завысил" и у меня в методике методические ошибки, то не подскажите, где я завысил и что это за методические ошибки? А то при обсуждении методики два года назад никто по существу так ничего и не сказал.
И второе. Не подскажите как надо правильно считать? Расчет АК по выделенной мной медленной панели не предлагать, т.к. это частный случай моей методики, применяемый им втупую, а потому довольно часто не по делу и неверно. Как Вы то считаете, если не по раздельным панелям?

Не подскажу. Потому как сейчас пишу статью на эту тему. Пересказывать здесь её не буду. У Вас в статье были  здравые мысли, только Вы их сами не до конца понимаете. Я насчитал целых три. О чём кстати и писал здесь на форуме сразу после выхода статьи. Только не говорите потом, что я у Вас что-то стырил. Я писал об этом  на форуме родства и ругался с Клёсовым ещё три с лишним года назад, когда ещё "Вас тут не стояло". Это всё можно найти.
Кроме того после выхода Вашей статьи я писал, что один раздел в Вашей статье полностью и абсолютно фрический(о том, что у всех маркеров изначально предковое значение было 12). Трудно представить, как такая идея могла на трезвую голову прийти   человеку, хотя бы в общих чертах понимающему механизмы мутаций.                 

Вы продолжаете в своем стиле о том, что у меня "спина белая". Мое предположение о том, что у всех маркеров исходное значение МОГЛО быть равно 12 основано на экспериментальных данных (там есть график). На чем основан Ваш вывод о том, что это предположение "фрическое". Вы достоверно знаете каким оно могло быть? Есть какие-то другие данные? Просветите, пожалуйста.
Три с половиной года назад, "когда меня не стояло", я даже не помышлял о расчетах ВБОПов, т.к. думал, что на Родстве и Молгене достаточно людей, способных разобраться. На мои осторожные замечания Клёсову о неверности подходов при расчетах (например,  попгеновском занижении Рожанским константы 67ФТДНА почти в 2 раза с 0.22 до 0.12, не учете сверхвысоких скоростей мутации маркеров CDY и других очевидных быстрых маркеров) тот посоветовал мне заняться расчетами самому. Что я и сделал, сразу выделив медленную панель, которую АК до сих пор с переменным успехом использует. Думаю, что не стоит напоминать, что до появления расчетов по медленной панели Вы были горячим поклонником подхода Рожанского расчета по ВСЕЙ 67-маркерной панели с константой 0.12? Чем такой подход отличается от подхода Животовского? На мой взгляд, лишь уровнем поставленных задач, к которым все и подгоняется.
Мне фиолетово какие результаты получаются, а заниматься  подтасовкой или рассчитывать по заведомо неверным моделям - зря тратить время, которого в одной жизни отпущено слишком мало. Я профессиональный ученый, в области аналитической химии с помощью ядерных методов анализа отобранный в 2005 году в качестве ЗАРЕГИТРИРОВАННОГО эксперта РФ в науке: на тот момент один из 4000 российских ученых-экспертов на полмиллиона. К фричеству это имеет нулевое отношение. В 2010-2011 параллельно с текущей работой и написанием статьей в Вестник ДНК-генеалогии и RJGG, я написал проект в Роснано, который прошел научно-техническую экспертизу и до сих пор ждет своей реализации в России (заморожен на стадии финасовой экспертизы до лучших времен). При этом в 2010-2011 мне было заказано около 20 многостраничных обзоров по нанотехнологиям российским правительством, которые тоже пришлось написать. Так что времени на пустые споры у меня просто нет. Если нет конструктивного диалога/критики я просто удаляюсь, как делал на Родстве с 2008 по 2010 год, равно как и на Молгене в  2010-2013. Если кто-то думает, что мне нечего ответить, то ошибается. Просто нет предмета для конструктивной дискуссии.
Предварительно ссылаясь на возможность того, что Вы собираетесь "стырить" у меня, не освобождает Вас от ответственности за предполагаемый плагиат.

[Slavar]

Как-то красиво у Вас всё получается! 

Роман, это еще не читали вирши про слово "х...р" и солнечный шейпинг черепной коробки. Так не то что красиво, там вся суть этногенеза, начиная с парагаплогруппы MNOPS.

Александр, самому-то не противно? Так всю жизнь в коридорных и останетесь.

Противно, поскольку начинаю писать это когда вы вываливаете на форум тонны бредятины, а люди должны знать, что человек ходит с вирусом фрическим.

Лучше быть коридорным в психушке, чем психом в палате номер 6. 

Ну, что ж, каждому своё. В совковой психушке достойнее все-таки быть психом в палате номер 6.