Некоторые проблемы STR-филогении

[Шад]

И как это скажется на весах?

никак если Вы удаляете маркер вместе с его весом

А что рекомендуется удалять? Я так понял, что существуют разные точки зрения на целесообразность удаления разных маркеров. Как раз и пытаюсь выяснить - существует ли какая-либо консенсус-рекомендация: данные по каким маркерам нужно удалить.

[Valery]

А что рекомендуется удалять? Я так понял, что существуют разные точки зрения на целесообразность удаления разных маркеров. Как раз и пытаюсь выяснить - существует ли какая-либо консенсус-рекомендация: данные по каким маркерам нужно удалить.

Для начала 464, но ТОЛЬКО если в Ваших данных его значения сильно прыгают

[I2a1a]

Могут ли уважаемые форумчане (те кто в этом разбирается) не дожидаясь обновления мануала доходчиво объяснить - какие маркеры нужно удалить перед формированием ych-файла? И как это скажется на весах?

Из классических маркеров DYS385, DYS459, DYS464 и YCAII.
Первый можно оставить при Киттлер-тесте.
Наверняка в 111-маркерной панели также есть мульти-копи маркеры, но какие именно надо смотреть тех.спецификацию.

О том, что такое мульти-копи маркер, и с чем его едят

http://www.genebase.com/in/dnaLearningCenter.php?id=19

Определение маркеров c одной копией.

 Генетические/ДНКмаркеры с одной копией -это такие генетические маркеры, которые встречаются только один раз в геноме человека, в результате чего маркер имеет только одно аллельное значение.

Иллюстрация



Маркеры с несколькими копиямиСписок маркеров с несколькими копиями.
 Маркеры DYS385, DYS459, DYS464 и YCAII являются  Y-ДНК-маркерами STR, которые обычно встречаются в двух экземплярах (копиях).

 Маркер DYS464 может встречаться в 4-7-ых экземплярах в геноме человека, и метод расчета генетическое расстояние для DYS464 отличается от метода, используемого для других маркеров с несколькими копиями.



Определениемаркеров с несколькими копиями.

 Генетическиемаркеры/ДНК-маркеры с несколькими копиями - это маркеры которыевстречаются в геноме человекаболее одного раза (т.е в двух и болеекопиях)в геноме человека, в результате чего маркер может иметь различные значенияаллелейв каждой из копии. Например, маркеры DYS385, DYS459 и YCAII, как правило, представлены в двух разных местах в хромосоме Y. Поэтому эти маркеры также называются "продублированные маркеры". Для каждой из двух копий таких маркеров, одна и та же пара праймеров "связывается" с двумя разными местами на хромосоме Y, в результате чего происходит одновременная амплификация более чем одного региона хромосомы. В результате этого подобные маркеры имеют более одного аллельного значения. Стоит помнить, что аллельные значения для каждой копии не могут быть определенны в  конкретном порядке, т.к. точный порядок копий, как правило,не может быть определен. Но на практике  меньшее значение аллеля аллеля записывается первым, и за тем -большее значение аллеля.

Иллюстрация вышесказанного


Специальныймаркер с несколькими копиями DYS389

 Маркер DYS389 представляет собой особый тип маркера с несколькими копиями . В отличие от других  маркеров с несколькими копиями, амплификация проводится только в определенном месте. Так называемый прямой праймер маркера DYS389 "сцепляется" с определенным местом на хромосоме Y, в то время как обратный праймер сразу с двумя разными местами. Подобная специфическая амплификация дает два отдельных продукта ПЦР -короткий фрагмент DYS389I и длинный фрагмент DYS389II.

[Valery]

короткий фрагмент DYS389I и длинный фрагмент DYS389II.

последний из которых обычно репортят после вычитания значения первого

[Valery]

Нет, нифига, 389-2 во всех форматах оставляют длинным, я ошибся.

[Овод]

Могут ли уважаемые форумчане (те кто в этом разбирается) не дожидаясь обновления мануала доходчиво объяснить - какие маркеры нужно удалить перед формированием ych-файла? И как это скажется на весах?

Я обычно вообще не удаляю, если не вижу в данных очевидных реклохов. Но если и удалять, то прежде всего 464 и  иногда CDY. На весах это не скажется, а вот среднюю скорость мутации и её стоимость = 1 ро придётся пересчитывать.
 
И ещё надо бороться с делициями.
 
Но учтите - удаление маркеров в любом случае понизит разрешение в кроне дерева (хотя топология прикорневых веток может улучшится). Так что выбирайте одно из двух зол, которое сочтёте меньшим.

[VVR]

Нет, нифига, 389-2 во всех форматах оставляют длинным, я ошибся.

Для филогенетических построений обязательно надо вычитать, на мой взгляд. Иначе мутация в 389-1 будет посчитана дважды.

[VVR]

Маркер DYS464 может встречаться в 4-7-ых экземплярах в геноме человека,

Неточность у Genebase. Правильно - "Маркер DYS464 может встречаться в 2-7-ых экземплярах в геноме человека"

[Шад]

Нет, нифига, 389-2 во всех форматах оставляют длинным, я ошибся.

Для филогенетических построений обязательно надо вычитать, на мой взгляд. Иначе мутация в 389-1 будет посчитана дважды.

Аллельное значение 389-2 нужно уменьшить на аллельное значение 389-1? А какой вес оставить в Мурке для этого "расчетного" значения?

[mouglley]

Для филогенетических построений обязательно надо вычитать, на мой взгляд. Иначе мутация в 389-1 будет посчитана дважды.

Аллельное значение 389-2 нужно уменьшить на аллельное значение 389-1? А какой вес оставить в Мурке для этого "расчетного" значения?

Я пока не увлекаюсь употреблением вместо 389-2 значения 389-II.
При введении 389-II структура дерева N1 рушится.

Лучше уж строить дерево с правильной топологией, но с ошибкой, о которой точно знаешь, чем строить полную лажу.

[VVR]

Я пока не увлекаюсь употреблением вместо 389-2 значения 389-II.
При введении 389-II структура дерева N1 рушится.

Лучше уж строить дерево с правильной топологией, но с ошибкой, о которой точно знаешь, чем строить полную лажу.

Должна быть какая-то причина обрушения. Как по Вашему мнению, почему это происходит?

[mouglley]

Должна быть какая-то причина обрушения. Как по Вашему мнению, почему это происходит?

Есали бы я знал в чём проблема, я это бы решил её.
Она висит уже больше года.

А так, если употребить 389-II, то представители одного из субгрупп N1* оказываются отростком самой мелкой ветви N1c1.

[VVR]

А так, если употребить 389-II, то представители одного из субгрупп N1* оказываются отростком самой мелкой ветви N1c1.

Ну так это нормальное явление. Одна ветвь "садится на голову" другой. Никто ведь всерьёз и не ожидает от СТР-филогенетических построений идеального совпадения с реальностью, а если кто ожидает, тот глубоко заблуждается.

[mouglley]

А так, если употребить 389-II, то представители одного из субгрупп N1* оказываются отростком самой мелкой ветви N1c1.

Ну так это нормальное явление. Одна ветвь "садится на голову" другой. Никто ведь всерьёз и не ожидает от СТР-филогенетических построений идеального совпадения с реальностью, а если кто ожидает, тот глубоко заблуждается.

Ну, таки, Вы, наверное, подозреваете, что я - перфекционист.
Либо дерево с более-менее реальной топологией, либо никакого.

Любой вопрос филогении можно решить различными методами, если хватает маркеров.

Для N1 их хватает. Для R1a1 67-ми мало.

[Шад]

Пока решил оставить DYS464. Но есть другая проблема - у некоторых гаплотипов есть ещё два алельных значения. Например: 14-14-15-15-15-15, тогда как у остальных гаплотипов с этим же снипом только четыре значения: 14-14-14-15 или 14-14-15-15. Как быть: просто отбросить два этих значения или переделывать все гаплотипы, добавляя два маркера 464e и 464f и ставям по ним нулевые (?!) значения?