Могут ли уважаемые форумчане (те кто в этом разбирается) не дожидаясь обновления мануала доходчиво объяснить - какие маркеры нужно удалить перед формированием ych-файла? И как это скажется на весах?
Из классических маркеров DYS385, DYS459, DYS464 и YCAII.
Первый можно оставить при Киттлер-тесте.
Наверняка в 111-маркерной панели также есть мульти-копи маркеры, но какие именно надо смотреть тех.спецификацию.
О том, что такое мульти-копи маркер, и с чем его едят
http://www.genebase.com/in/dnaLearningCenter.php?id=19Определение маркеров c одной копией. Генетические/ДНКмаркеры с одной копией -это такие генетические маркеры, которые встречаются только один раз в геноме человека, в результате чего маркер имеет только одно аллельное значение.
Иллюстрация
Маркеры с несколькими копиямиСписок маркеров с несколькими копиями.
Маркеры DYS385, DYS459, DYS464 и YCAII являются Y-ДНК-маркерами STR, которые обычно встречаются в двух экземплярах (копиях).
Маркер DYS464 может встречаться в 4-7-ых экземплярах в геноме человека, и метод расчета генетическое расстояние для DYS464 отличается от метода, используемого для других маркеров с несколькими копиями.

Определениемаркеров с несколькими копиями.
Генетическиемаркеры/ДНК-маркеры с несколькими копиями - это маркеры которыевстречаются в геноме человекаболее одного раза (т.е в двух и болеекопиях)в геноме человека, в результате чего маркер может иметь различные значенияаллелейв каждой из копии. Например, маркеры DYS385, DYS459 и YCAII, как правило, представлены в двух разных местах в хромосоме Y. Поэтому эти маркеры также называются "продублированные маркеры". Для каждой из двух копий таких маркеров, одна и та же пара праймеров "связывается" с двумя разными местами на хромосоме Y, в результате чего происходит одновременная амплификация более чем одного региона хромосомы. В результате этого подобные маркеры имеют более одного аллельного значения. Стоит помнить, что аллельные значения для каждой копии не могут быть определенны в конкретном порядке, т.к. точный порядок копий, как правило,не может быть определен. Но на практике меньшее значение аллеля аллеля записывается первым, и за тем -большее значение аллеля.
Иллюстрация вышесказанного

Специальныймаркер с несколькими копиями DYS389
Маркер DYS389 представляет собой особый тип маркера с несколькими копиями . В отличие от других маркеров с несколькими копиями, амплификация проводится только в определенном месте. Так называемый прямой праймер маркера DYS389 "сцепляется" с определенным местом на хромосоме Y, в то время как обратный праймер сразу с двумя разными местами. Подобная специфическая амплификация дает два отдельных продукта ПЦР -короткий фрагмент DYS389I и длинный фрагмент DYS389II.
