Некоторые проблемы STR-филогении

[Mich Glitch]

Опять от уважаемой Ребекки. На этот раз насчет моего мурочного дерева:

I like genetic distance based trees more than STR based trees, because you usually have to take the multi-copy markers out of the data to use STR based trees.

Не совсем понял сути замечания. Посоветуйте что ответить.

Может речь идёт о мультиснип панелях?
И о матрице генетических дистанций, рассчитанной на их основе?

Если это так, то это, блин, - сильнейшая мысль!

Как самому в голову не пришло.

По данным об УПСах создать матрицу поколенных дистанций. А по этой матрице (да хоть бы и филипкой!) выстроить дерева.

[JaG]

Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

Учитывая проблемы определения точных значений палиндромных маркеров, особенно стандартными тестами FTDNA, а также их склонность к нешаговым мутациям (инверсии, делиции, дупликации, реклохи), это разумное консервативное решение.

Только DYS389 это не касается вообще, да и DYS385 можно оставить.

[I2a1a]

distance based trees

В данном случае речь идет о деревьях, найденных с помощью алгоритма FITCH-Phylip на основе матрицы расстояний между STR-гаплотипами. Эту матрицу большинство хоббистов ДНК-генеалогии приучено получать в YUtilit.

[Valery]

Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

а какое отношение это имеет к спору о том что лучше distance-based или character-based? Каким чудесным образом филипка исправляет ситуацию? 

[I2a1a]

Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

Учитывая проблемы определения точных значений палиндромных маркеров, особенно стандартными тестами FTDNA, а также их склонность к нешаговым мутациям (инверсии, делиции, дупликации, реклохи), это разумное консервативное решение.

Только DYS389 это не касается вообще, да и DYS385 можно оставить.

Из гуру ДНК-генеалогии за такой метод особо ратует Нордтведт.
Правда он деревья не строит, а производит оценку ВБОП по Y-STR, причем в последнее время с априорным исключением мульт-копи Y-STR маркеров.

[I2a1a]

Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

а какое отношение это имеет к спору о том что лучше distance-based или character-based? Каким чудесным образом филипка исправляет ситуацию? 

Никакого. Просто кто-то из великих гуру зарубежной ДНК-генеалогии (Нордведт, Кран или кто-то еще) ляпнул, а Ребекка повторила.

[I2a1a]

Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

Учитывая проблемы определения точных значений палиндромных маркеров, особенно стандартными тестами FTDNA, а также их склонность к нешаговым мутациям (инверсии, делиции, дупликации, реклохи), это разумное консервативное решение.

Только DYS389 это не касается вообще, да и DYS385 можно оставить.

Траблы с DYS385 можно порешать с помощью Kittler тестов.

[I2a1a]

Если это так, то это, блин, - сильнейшая мысль!

 

Этой сильнейшей мысли уже лет как 5.
А мере, которой оная генетическая дистанция измеряется (Fst) - вообще лет эдак 20.

[Mich Glitch]

Если это так, то это, блин, - сильнейшая мысль!

Этой сильнейшей мысли уже лет как 5.
А мере, которой оная генетическая дистанция измеряется (Fst) - вообще лет эдак 20.

Если же в тему (сомневаюсь очень, но вдруг), то можно хотя бы одну ссылочку на построение, сделанное по матрицам ВБОПов, роассчитанным на основе УПСов.

[пенелопа]

Личные выпады удалены

Абсолютно верное применение прав модератора. /Grigoriev/

[Шад]

Так именно это я и не понял:)

Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

http://www.cstl.nist.gov/strbase/pub_pres/ButlerISFG2003_DYS464.pdf

Ребекка пояснила, что она имеет ввиду:

Most people remove all of the multi-copy markers from their file before they create for example a .YCH or phylip file.

[JaG]

Т.е. она не знает, почему это делается.
А Филипок "избавляет" от необходимости изучения филогении.

[Шад]

Похоже, что в список потенциальных трудов уважаемого Фарруха скоро добавится ещё один - как удалять лишние маркеры перед тем как построить мурочное дерево:)

Могут ли уважаемые форумчане (те кто в этом разбирается) не дожидаясь обновления мануала доходчиво объяснить - какие маркеры нужно удалить перед формированием ych-файла? И как это скажется на весах?

[Valery]

И как это скажется на весах?

никак если Вы удаляете маркер вместе с его весом

[Valery]

Только DYS389 это не касается вообще, да и DYS385 можно оставить.

так что самый типичный кандидат на удаление - это DYS464