АвторТема: Некоторые проблемы STR-филогении  (Прочитано 18812 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #30 : 29 Сентябрь 2011, 20:29:30 »
Опять от уважаемой Ребекки. На этот раз насчет моего мурочного дерева:
Цитировать
I like genetic distance based trees more than STR based trees, because you usually have to take the multi-copy markers out of the data to use STR based trees.

Не совсем понял сути замечания. Посоветуйте что ответить.

Может речь идёт о мультиснип панелях?
И о матрице генетических дистанций, рассчитанной на их основе?

Если это так, то это, блин, - сильнейшая мысль!

Как самому в голову не пришло.

По данным об УПСах создать матрицу поколенных дистанций. А по этой матрице (да хоть бы и филипкой!) выстроить дерева.

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 507
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #31 : 29 Сентябрь 2011, 20:34:44 »
Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.
Учитывая проблемы определения точных значений палиндромных маркеров, особенно стандартными тестами FTDNA, а также их склонность к нешаговым мутациям (инверсии, делиции, дупликации, реклохи), это разумное консервативное решение.

Только DYS389 это не касается вообще, да и DYS385 можно оставить.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #32 : 29 Сентябрь 2011, 20:36:47 »
Цитировать
distance based trees

В данном случае речь идет о деревьях, найденных с помощью алгоритма FITCH-Phylip на основе матрицы расстояний между STR-гаплотипами. Эту матрицу большинство хоббистов ДНК-генеалогии приучено получать в YUtilit.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5642
  • Страна: 00
  • Рейтинг +533/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #33 : 29 Сентябрь 2011, 20:39:30 »
Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

а какое отношение это имеет к спору о том что лучше distance-based или character-based? Каким чудесным образом филипка исправляет ситуацию?  :P

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #34 : 29 Сентябрь 2011, 20:40:17 »
Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.
Учитывая проблемы определения точных значений палиндромных маркеров, особенно стандартными тестами FTDNA, а также их склонность к нешаговым мутациям (инверсии, делиции, дупликации, реклохи), это разумное консервативное решение.

Только DYS389 это не касается вообще, да и DYS385 можно оставить.

Из гуру ДНК-генеалогии за такой метод особо ратует Нордтведт.
Правда он деревья не строит, а производит оценку ВБОП по Y-STR, причем в последнее время с априорным исключением мульт-копи Y-STR маркеров.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #35 : 29 Сентябрь 2011, 20:41:50 »
Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

а какое отношение это имеет к спору о том что лучше distance-based или character-based? Каким чудесным образом филипка исправляет ситуацию?  :P

Никакого. Просто кто-то из великих гуру зарубежной ДНК-генеалогии (Нордведт, Кран или кто-то еще) ляпнул, а Ребекка повторила.
« Последнее редактирование: 29 Сентябрь 2011, 21:08:48 от пенелопа »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #36 : 29 Сентябрь 2011, 20:44:36 »
Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.
Учитывая проблемы определения точных значений палиндромных маркеров, особенно стандартными тестами FTDNA, а также их склонность к нешаговым мутациям (инверсии, делиции, дупликации, реклохи), это разумное консервативное решение.

Только DYS389 это не касается вообще, да и DYS385 можно оставить.

Траблы с DYS385 можно порешать с помощью Kittler тестов.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #37 : 29 Сентябрь 2011, 20:49:13 »

Если это так, то это, блин, - сильнейшая мысль!


 ;D

Этой сильнейшей мысли уже лет как 5.
А мере, которой оная генетическая дистанция измеряется (Fst) - вообще лет эдак 20.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 37082
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3689/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #38 : 29 Сентябрь 2011, 20:53:33 »

Если это так, то это, блин, - сильнейшая мысль!


Этой сильнейшей мысли уже лет как 5.
А мере, которой оная генетическая дистанция измеряется (Fst) - вообще лет эдак 20.

Если же в тему (сомневаюсь очень, но вдруг), то можно хотя бы одну ссылочку на построение, сделанное по матрицам ВБОПов, роассчитанным на основе УПСов.
« Последнее редактирование: 29 Сентябрь 2011, 21:06:05 от пенелопа »

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5880
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2134/-12
  • мтДНК: H1b
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #39 : 29 Сентябрь 2011, 21:07:43 »
Личные выпады удалены >:(

Абсолютно верное применение прав модератора. /Grigoriev/
« Последнее редактирование: 29 Сентябрь 2011, 21:12:32 от Grigoriev »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6292
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1229/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #40 : 29 Сентябрь 2011, 21:38:14 »

Так именно это я и не понял:)
Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

http://www.cstl.nist.gov/strbase/pub_pres/ButlerISFG2003_DYS464.pdf

Ребекка пояснила, что она имеет ввиду:
Цитировать
Most people remove all of the multi-copy markers from their file before they create for example a .YCH or phylip file.

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 507
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #41 : 29 Сентябрь 2011, 21:54:05 »
Т.е. она не знает, почему это делается.
А Филипок "избавляет" от необходимости изучения филогении.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6292
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1229/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #42 : 29 Сентябрь 2011, 21:58:03 »
Похоже, что в список потенциальных трудов уважаемого Фарруха скоро добавится ещё один - как удалять лишние маркеры перед тем как построить мурочное дерево:)

Могут ли уважаемые форумчане (те кто в этом разбирается) не дожидаясь обновления мануала доходчиво объяснить - какие маркеры нужно удалить перед формированием ych-файла? И как это скажется на весах?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5642
  • Страна: 00
  • Рейтинг +533/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #43 : 29 Сентябрь 2011, 22:00:58 »
И как это скажется на весах?

никак если Вы удаляете маркер вместе с его весом

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5642
  • Страна: 00
  • Рейтинг +533/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #44 : 29 Сентябрь 2011, 22:04:40 »
Только DYS389 это не касается вообще, да и DYS385 можно оставить.

так что самый типичный кандидат на удаление - это DYS464

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100