АвторТема: Некоторые проблемы STR-филогении  (Прочитано 18811 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ОводАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2088
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #15 : 07 Июль 2011, 18:15:36 »
Или вывод о бесперспективности Y-STR филогении уже сделан, но ещё просто не осознан "широкими массами"?

Наличие неопределенностей в СТР-филогении вовсе не означает ее бесперспективности. Фактически, она не более "гадательна", чем, скажем, квантовая механика, целиком построенная на соотношении неопределенностей Гейзенберга.
 
Просто нужно уметь играть с Господом Богом в кости по его правилам. А не придумывать свои. И не жульничать.
 
А ее роль (СТР-филогении) в будущем только повысится. Особенно в определении близкородственных связей. И, естественно, в комплексе со снип-филогенией.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6292
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1229/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #16 : 11 Июль 2011, 22:56:31 »
На эту же тему адмнистратор Q yDNA Haplogroup Project Rebekah Adele:
Цитировать
I find that Y-DNA based STR analysis becomes increasingly unreliable when the genetic distance is more than about 25% of the number of markers tested. There is improvement with more STRs, but too often only very close matches upgrade to Y-DNA67 or Y-DNA111.

Но в любом случае у уважаемого Овода получилось очень образно. Без иронии: я даже задумался над сходством ДНК-филогении с каббалой: числа, Древо жизни...
« Последнее редактирование: 29 Сентябрь 2011, 19:48:19 от Шад »

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #17 : 12 Июль 2011, 00:27:53 »
На мой взгляд, самое сложное в любой науке - прогнозирование, в широком смысле этого слова.
А потом нужно уметь обоснованно объяснить, почему реальность не совпала с прогнозируемым.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6292
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1229/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #18 : 03 Август 2011, 12:03:16 »
Интересная ситуация возникла у нас в гаплогруппе Q1b - настолько существенное расхождение результатов по снипу и филогении, что не знаю даже как к этому относиться.
Посмотрите сами:
#193005 Abdullin. По крайней мере на момент написания этого сообщения сгруппирован как Q-M378, L245+. В совпаденцах по Y-match у него также все L245+. По филогении он четко попадает именно в это окружение по всем 67 маркерам.
Сегодня опубликован снип: L245-.
Неужели возможно столь сильное расхождение между снипами и филогенией? 

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8848
  • Страна: kz
  • Рейтинг +863/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #19 : 03 Август 2011, 12:16:28 »
чем больше численность народа, тем более вероятна гомоплазия.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9708
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #20 : 03 Август 2011, 12:41:01 »
Цитировать
Неужели возможно столь сильное расхождение между снипами и филогенией? 
не исключена банальная ошибка при типирование. такое случается.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5642
  • Страна: 00
  • Рейтинг +533/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #21 : 03 Август 2011, 12:45:20 »
Еще возможно что снип говеный. Но это должно подтверждаться несколькими разными источниками: он должен то вскакивать то пропадать в разных ветвях одной гг.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1527
  • Страна: ru
  • Рейтинг +109/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #22 : 03 Август 2011, 13:18:28 »
Интересная ситуация возникла у нас в гаплогруппе Q1b - настолько существенное расхождение результатов по снипу и филогении, что не знаю даже как к этому относиться.
Посмотрите сами:
#193005 Abdullin. По крайней мере на момент написания этого сообщения сгруппирован как Q-M378, L245+. В совпаденцах по Y-match у него также все L245+. По филогении он четко попадает именно в это окружение по всем 67 маркерам.
Сегодня опубликован снип: L245-.
Неужели возможно столь сильное расхождение между снипами и филогенией?
Мне кажется, ничего странного. Допустим, его ветвь с L245- отпочковалась незадолго до возникновения L245, и по случайности его гаплотипу досталось очень мало мутаций в STR. В результате он окажется в самой гуще ветви L245+, там, где положено быть предковому гаплотипу.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #23 : 03 Август 2011, 16:58:26 »
Посмотрел проект и согласен с Clavisом. Ничего необычного. Вероятно Q1b1* Не вижу никаких филогенических препятствий, чтобы его гаплотип принадлежал к ветви Q-M378,L245- (DYS454=12) или к ветви, обозначенной в пректе Q-M378, или другой ветви М378, из которой протестирован только он один.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6292
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1229/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #24 : 03 Август 2011, 18:56:34 »
Посмотрел проект и согласен с Clavisом. Ничего необычного. Вероятно Q1b1* Не вижу никаких филогенических препятствий, чтобы его гаплотип принадлежал к ветви Q-M378,L245- (DYS454=12) или к ветви, обозначенной в пректе Q-M378, или другой ветви М378, из которой протестирован только он один.

К ветви Q-M378,L245- (DYS454=12) он принадлежать не может, так как у него DYS454=11. В остальном я согласен с Вашими выводами.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2668
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #25 : 03 Август 2011, 19:25:05 »
Может у него в последних поколениях произошла мутация DYS454 12>11, а до этого у его предков было 12. Одна мутация не выбрасывает его из ветви и не может определять ветвь.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6292
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1229/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #26 : 29 Сентябрь 2011, 19:48:36 »
Опять от уважаемой Ребекки. На этот раз насчет моего мурочного дерева:
Цитировать
I like genetic distance based trees more than STR based trees, because you usually have to take the multi-copy markers out of the data to use STR based trees.

Не совсем понял сути замечания. Посоветуйте что ответить.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5642
  • Страна: 00
  • Рейтинг +533/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #27 : 29 Сентябрь 2011, 20:09:57 »
Опять от уважаемой Ребекки. На этот раз насчет моего мурочного дерева:
Цитировать
I like genetic distance based trees more than STR based trees, because you usually have to take the multi-copy markers out of the data to use STR based trees.

Не совсем понял сути замечания. Посоветуйте что ответить.


Лучше чем ответил ув. VVR ответить трудно:
Цитировать
На мой взгляд, самое сложное в любой науке - прогнозирование, в широком смысле этого слова.
А потом нужно уметь обоснованно объяснить, почему реальность не совпала с прогнозируемым.


Единственное, Вы можете ответить вопросом на вопрос: поинтересоваться чем ей больше нравятся distance-based trees (скажем филипковые) и каким критерием она меряет их ценность. И как она избежала необходимости "to take the multi-copy markers out of the data" при построении филипковых деревьев, ведь расстояния для филипки считают по всем маркерам.

Ну и наконец, не мешает спросить что все же значит "to take the multi-copy markers out of the data"  ;D ;D ;D

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6292
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1229/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #28 : 29 Сентябрь 2011, 20:18:26 »
Ну и наконец, не мешает спросить что все же значит "to take the multi-copy markers out of the data"  ;D ;D ;D

Так именно это я и не понял:)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10574
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: Некоторые проблемы STR-филогении
« Ответ #29 : 29 Сентябрь 2011, 20:22:11 »
Ну и наконец, не мешает спросить что все же значит "to take the multi-copy markers out of the data"  ;D ;D ;D

Так именно это я и не понял:)


Убрать из гаплотипа маркеры типа DYS385, DYS389, DYS464, DYS459 и т.д.
То есть все маркеры, которые в гаплотипе имеют больше одной копии.

http://www.cstl.nist.gov/strbase/pub_pres/ButlerISFG2003_DYS464.pdf

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100