SplitsTree4 дает значения бутстрепа при листьях дерева. Что это значит?

[Alexei Kassian]

Из бинарной матрицы *.nex в SplitsTree4 строится дерево каким-либо методом (NJ, UPGMA и т.д.). Запускается бутстреп. Программа приписывает значения нодам, в том числе и листьям, т.е. конечным нодам. Нередко эти значения оказываются отличными от 100.

См. пример, где 99.7 у листа Macedonian_Literary, 74 у Belorussian_Literary и т.д.:



По идее числа бутстрепа показывают вероятность того, что таксоны, прицепленные к следующей ноде, образуют отдельный клад. Как может быть вероятность того, что таксон Macedonian_Literary образует отдельный клад, ниже 100?

[VVR]

Рискну предположить, что программа строит множество возможных деревьев и затем выдаёт консенсусное дерево. Возле каждого узла указано в каком проценте вариантов дерева положение узла(в том числе и конечного) и его состав(для узлов включающих несколько таксонов) совпадает с консенсусным деревом. Т.е., по Вашему примеру с македонским в 99,7% вариантов он располагается именно так, а в 0,3% вариантов как-то по-другому, например ближе к болгарскому, чем к западно-македонскому.

[Alexei Kassian]

Это было бы странно.
Если убрать листья, то видно, что обозначение вероятности вполне традиционное: число обозначает вероятность того, что всё, что справа от него, образует отдельный клад. Это следует и из общего смысла, и из вероятностей, которые даются для этой же матрицы другими методами в других программах (TNT, MrBayes).

[Valery]

глюк какой-то. Запрещено листьям давать иное значение кроме 100.

Единственная лазейка - когда допускаются таксоны внутри дерева, то есть живые с живыми потомками. Но подобную схему обычно не используют, выстраивая искусственный предковый узел на который вешаются потомок (с ненулевым набором мутаций) и предок (с нулевым). Вот наличие у литературного македонского потомков на одном из древ могло бы дать такой расклад как на картинке. Но повторяю, сомневаюсь что программа допускает топологии с живыми потомками живых, ее делали дли биологов у которых предки это всегда динозавры и только))) 

[Valery]

Практический совет - пересмотреть все деревья и если макед. литер. нигде не имеет нулевого расстояния от предка (не важно как его малюют, может и сбоку на ветке с нулевым набором мутаций) то забить как на глюк. Если такие деревья есть, то помедитировать над несовершенством метода ))


В Мурке раньше такие консенсусы были допустимы. В свое время убрал, а вот зря ))

[Valery]

кстати можно потроллить на молбиоле ру на эту тему )))

[Alexei Kassian]

Практический совет - пересмотреть все деревья и если макед. литер. нигде не имеет нулевого расстояния от предка (не важно как его малюют, может и сбоку на ветке с нулевым набором мутаций) то забить как на глюк. Если такие деревья есть, то помедитировать над несовершенством метода ))

А, ну конечно. Это всё таксоны, имеющие очень близких родственников с мизерной разницей. И эта разница легко затирается при бутстрепе.

Т.е. как посмотреть бутстрепные деревья и/или матрицы дистанций в SplitsTree я сходу не понял (в диалоге бутстрепа есть галочка Save trees, но куда он их записывает -- ХЗ). Однако и так всё стало понятно. Спасибо в очередной раз.

[Valery]

как посмотреть тоже не в курсе, тк в большинстве программ опций вроде "Show Differences" на дереве нет.

ага, именно затирается, бутстрэп легко такие вещи портит