АвторТема: SNP базы данных, сервис Promethease  (Прочитано 32318 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #30 : 10 Сентябрь 2013, 22:40:41 »
В скором времени прогоню через Promethease геном отца, поглядим, что выдаст.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #31 : 10 Сентябрь 2013, 22:43:24 »
В скором времени прогоню через Promethease геном отца, поглядим, что выдаст.
у Вас, кстати, сколько снипов проверяли?
Их количество должно указываться на главной странице отчета, вверху, что-то вроде этого:
Цитировать
Reference Population CEU

18355 genotypes annotated

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #32 : 10 Сентябрь 2013, 22:45:18 »
Что-то поменьше будет: 17883 genotypes annotated

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #33 : 10 Сентябрь 2013, 22:47:09 »
Что-то поменьше будет: 17883 genotypes annotated

как так? :o
Сейчас посмотрел, в конце июля у них было 17809. Я делал в середине августа, может быть, убрали дублирующие или ошибочные/непроверенные? подождем результатов уважаемого Eugene.
« Последнее редактирование: 10 Сентябрь 2013, 22:55:54 от FenriR »

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6777
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #34 : 11 Сентябрь 2013, 10:21:55 »
Сейчас посмотрел, в конце июля у них было 17809. Я делал в середине августа, может быть, убрали дублирующие или ошибочные/непроверенные? подождем результатов уважаемого Eugene.
А что это за цыфра и где её смотреть?

Вот это?
8095 genotypes annotated
Такая для ФТДНА, а для 23иЯ видимо больше :)

Оффлайн Don

  • Сообщений: 505
  • Страна: aq
  • Рейтинг +51/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #35 : 13 Июль 2014, 18:51:34 »
В SNPedia http://www.snpedia.com/index.php/Rs1815739 сказано, что Rs1815739 (Т,Т) это стайер, а Rs1815739 (С,С,) - спринтер. У меня (Т,Т) и бегать на средние и длинные дистанции никогда не умел, после 300 метров буквально падал. Зато короткие дистанции бегал быстрее всех в школе и один из лучших в городе. Тренеры бегали за мной и меня лентяя обещали сделать чемпионом. Метание спортивных снарядов получалось лучше всех в городе. Чемпион мира по метанию молота предлагал мне тренироваться с ним, хотя в то время никого не тренировал. Всегда был уверен, что прирождённый спринтер, способный отдавать максимум энергии за короткий промежуток времени. Что-то они там не того...

Оффлайн Don

  • Сообщений: 505
  • Страна: aq
  • Рейтинг +51/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #36 : 18 Август 2014, 20:07:44 »
В SNPedia http://www.snpedia.com/index.php/Rs1815739 сказано, что Rs1815739 (Т,Т) это стайер, а Rs1815739 (С,С,) - спринтер. У меня (Т,Т)
У чада моего оказались аллели 1815739 (С,Т).
У меня gs184 поэтому пиво дюже не люблю, ибо кажется жутко противным. У чада такого gs184 нет вообще, а есть rs10246939 (Т,Т) и можно наслаждаться вкусом пива, у меня rs10246939(Т,С) то есть "дегустатор" не любящий пиво.
rs10784502 (С,С) у нас одинаковый т.е объём мозга на две чайные ложки выше среднего (если бы от этого ещё были какие-нибудь плюсы по жизни).
У нас gs154 т.е. мы экспрессоры.
Мы ни воины rs4680(G,G), ни трусы (A,A), а мирные щедрые люди, ибо у нас rs4680 (А,G), кстати при автоматическом переводе "прометея" аллель "А" исчезает и можно ошибочно принять себя за воина и получить от какого-нибудь (G,G) тумаков. :'(

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #37 : 18 Август 2014, 21:02:53 »
В SNPedia http://www.snpedia.com/index.php/Rs1815739 сказано, что Rs1815739 (Т,Т) это стайер, а Rs1815739 (С,С,) - спринтер. У меня (Т,Т)
У чада моего оказались аллели 1815739 (С,Т).
относительно этого снипа была, вроде как, показана корреляция между вариантом СС и силой: 10 исследований подтверждающих связь против 2  этой связи не подтверждающих
в то время как связь между вариантом TT и выносливостью, по сути, не подтвердилась: 1 позитивное против 7 негативных.
К тому же, видимо, по этому признаку есть и разница между полами - корреляция между вариантами снипа и атлетическим перфомансом у мужчин не такая сильная,:
Цитировать
  Both male and female elite sprint athletes have significantly higher frequencies of the 577R allele than do controls. This suggests that the presence of alpha-actinin-3 has a beneficial effect on the function of skeletal muscle in generating forceful contractions at high velocity, and provides an evolutionary advantage because of increased sprint performance. There is also a genotype effect in female sprint and endurance athletes, with higher than expected numbers of 577RX heterozygotes among sprint athletes and lower than expected numbers among endurance athletes. The lack of a similar effect in males suggests that the ACTN3 genotype affects athletic performance differently in males and females. The differential effects in sprint and endurance athletes suggests that the R577X polymorphism may have been maintained in the human population by balancing natural selection.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12879365?dopt=Abstract

Оффлайн Don

  • Сообщений: 505
  • Страна: aq
  • Рейтинг +51/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #38 : 18 Август 2014, 21:26:33 »
в то время как связь между вариантом TT и выносливостью, по сути, не подтвердилась: 1 позитивное против 7 негативных.
Вот об этом я и догадался на собственном примере. Насчёт корреляция между вариантом СС и силой, относительно себя, сильно сомневаюсь. Даже в 50 лет подтягивался 20 раз при весе 80кг. Есть разные грамоты юных времён подтверждающие, что самый сильный среди сверстников города.
« Последнее редактирование: 18 Август 2014, 21:33:34 от Don »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #39 : 18 Август 2014, 21:54:48 »
в то время как связь между вариантом TT и выносливостью, по сути, не подтвердилась: 1 позитивное против 7 негативных.
Вот об этом я и догадался на собственном примере. Насчёт корреляция между вариантом СС и силой, относительно себя, сильно сомневаюсь. Даже в 50 лет подтягивался 20 раз при весе 80кг. Есть разные грамоты юных времён подтверждающие, что самый сильный среди сверстников города.
под "силой", в этих экспериментах, подразумевается мощность ("power"), т.е. способность генерировать усилие за определенный промежуток времени - т.н. "взрывная сила": в Вашем примере Вы должны были подвесить 20 килограммовый блин к поясу и попробывать максимально быстро подтянуться на количество раз за определенное время (наверное, можно и без доп.отягощения), 20 повторений, как раз таки, свидетельствуют о повышенной выносливости=))
Надо добавить, что копия С, по видимому, ответственна только за 2-3% в различиях по "мощности" среди населения, т.е. в обыденной жизни это вряд ли как-то сможет себя проявить, в отличии от высокого уровня конкуренции на Олимпийских играх, где судьбу медалей решают миллисекунды, хотя и там практически все спринтеры, как минимум, с одной копией С.
Что касается ТТ и выносливости, то самая низкая частота встречаемости (1%) этого варианта в Кении, среди тех племен, что выставляют лучших бегунов на дальние дистанции=))
« Последнее редактирование: 18 Август 2014, 22:01:13 от FenriR »

Оффлайн Don

  • Сообщений: 505
  • Страна: aq
  • Рейтинг +51/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #40 : 18 Август 2014, 23:19:47 »
под "силой", в этих экспериментах, подразумевается мощность ("power"), т.е. способность генерировать усилие за определенный промежуток времени - т.н. "взрывная сила": в Вашем примере Вы должны были подвесить 20 килограммовый блин к поясу и попробывать максимально быстро подтянуться на количество раз за определенное время (наверное, можно и без доп.отягощения), 20 повторений, как раз таки, свидетельствуют о повышенной выносливости=))
На снимке в 47 лет, с аллелью Т,Т, удивляю пацанов отжимаюсь 60 раз в минуту, правда без блинов, но тоже, вроде как, взрывная сила.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #41 : 18 Август 2014, 23:44:13 »
На снимке в 47 лет, с аллелью Т,Т, удивляю пацанов отжимаюсь 60 раз в минуту, правда без блинов, но тоже, вроде как, взрывная сила.
Для бОльшей чистоты эксперимента: замерьтесь с теми, кто так же занимался спортом и поддерживает форму, но у кого вариант СС) Минута, вроде как, долго, надо секунд 20-40, но здесь утверждать не берусь)
Хотя, может быть Вы - уникум, как испанский спринтер уровня олимпийской сборной, который был гомозиготен по Т (единственный, у кого был обнаружен такой вариант) ради него одного, вроде, даже отдельное исследование проводили)

Оффлайн Don

  • Сообщений: 505
  • Страна: aq
  • Рейтинг +51/-0
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #42 : 19 Август 2014, 00:05:41 »
Для бОльшей чистоты эксперимента: замерьтесь с теми, кто так же занимался спортом и поддерживает форму, но у кого вариант СС)
Спортом никогда не занимался. Сейчас вообще подобрался к центнеру ( по снипам есть склонность к ожирению), да и начинаются уже всякие там подагры. Внук у меня получился крепыш, вот он пусть и дерзает.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #43 : 19 Август 2014, 00:13:42 »
Для бОльшей чистоты эксперимента: замерьтесь с теми, кто так же занимался спортом и поддерживает форму, но у кого вариант СС)
Спортом никогда не занимался. Сейчас вообще подобрался к центнеру ( по снипам есть склонность к ожирению), да и начинаются уже всякие там подагры. Внук у меня получился крепыш, вот он пусть и дерзает.
смотрите сами) Возможно, у Вас имеются другие предпосылки к более "мощностной" работе, которые перекрывают гомозиготность по Т, что вполне возможно, т.к. атлетический перфоманс, понятное дело, представляет собой сумму многих факторов, в том числе, и многих генов, работающих в некой системе друг с другом.

Оффлайн Gregor

  • Сообщений: 63
  • Страна: am
  • Рейтинг +22/-0
  • мтДНК: H4a1a1a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #44 : 13 Сентябрь 2014, 11:30:37 »
Я загрузил аутосомный и X-хромосомный  RAW файлы на  Promethease. После загрузки почему-то появилось сообщение - "x-chromosome-o36-results.csv.gz is in FTDNA-public format.This analysis will cost $5.00 " Т.е. загрузился только один файл?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.