АвторТема: SNP базы данных, сервис Promethease  (Прочитано 32313 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #15 : 06 Сентябрь 2013, 17:01:55 »
Пытаюсь закачать свою raw data от 23andMe в Promethease.

Обрабатывается уже более 2-х часов, боюсь не выдержу ;D

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #16 : 06 Сентябрь 2013, 17:13:12 »
Нет, это издевательство.
Сбросил загрузку :(.

Оффлайн smal

  • Сообщений: 1042
  • Страна: by
  • Рейтинг +409/-3
  • Y-ДНК: R-CTS9219
  • мтДНК: U4a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #17 : 06 Сентябрь 2013, 20:13:37 »
Залил ftdna данные сегодня без проблем, менее минуты.

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #18 : 09 Сентябрь 2013, 18:31:12 »
Залил ftdna данные сегодня без проблем, менее минуты.

Решил рискнуть и еще раз пропустить raw data через Promethease.
Но... после нескольких часов ожиданий и обработки данных где смотреть результаты? ??? Все закрылось, никаких дополнительных меню не было. Неужели вновь сделал что-то не так?

P.S. использовал скаченную программу, не сайт.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6777
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #19 : 09 Сентябрь 2013, 18:37:06 »
P.S. использовал скаченную программу, не сайт.
Та что 17,3 Мб?
Вроде она в вордовский документ все печатала.

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #20 : 09 Сентябрь 2013, 18:39:17 »
Да да, от 23andMe :-[

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #21 : 09 Сентябрь 2013, 18:41:37 »
резалты должны были появиться в браузере.
пропробуйте найти: Библиотеки -> документы, там должна была остаться папка Promethease c отчетом.
вот здесь:

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #22 : 09 Сентябрь 2013, 18:42:16 »
Точно!
Большое спасибо, все нашлось! :)

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #23 : 09 Сентябрь 2013, 20:29:46 »
Ознакомился с полученными результатами.
Да уж, действительно сурово :)
Самый высокий риск - облысение (слава Богу).

А вот это в самую точку:


rs26722(C;T)
Magnitude: 2.1
Frequency: 0.9%
References:3
perhaps darker eye, hair, skin Caucasians are typically (C;C) and the presence of a T is expected to indicate dark hair and eye color. User:Ngnomics is a (C;T) with a photo.
(hide)
Although the rs26722(T) alllele is relatively rare, at least statistically it seems to be associated with darker eye, hair, and skin color, all other things being equal. A genomewide association study of skin pigmentation in a South Asian population. A genome-wide association study identifies novel alleles associated with hair color and skin pigmentation. Association of the SLC45A2 gene with physiological human hair colour variation. Genome-wide association study of tanning phenotype in a population of European ancestry. Genetic variants in pigmentation genes, pigmentary phenotypes, and risk of skin cancer in Caucasians. Genetic determinants of hair and eye colours in the Scottish and Danish populations. [OMIM:PIGMENTATION OF HAIR, SKIN, AND EYES, VARIATION IN]

И это:


rs16891982(C;G)
Magnitude: 2
Frequency: 3.2%
References:12
if European, 7x more likely to have black hair
(hide)
This snp influences skin pigmentation. The allele p.L374F indicates light-skinned european ancestry c.1122C>G, p.Phe374Leu (NCBI dbSNP rs16891982) in SLC45A2 was associated with protection from malignant melanoma (OR, 0.41; 95% CI, 0.24-0.70; P=0.008 after adjustment for multiple testing) An association study conducted on a population of European origin concluded that the rare (in Europeans, at least) allele L374, i.e. rs16891982(C) in dbSNP orientation, significantly increases the possibility of having black hair color, with an odds ratio of around 7. A genome-wide association study identifies novel alleles associated with hair color and skin pigmentation. Genome-wide association study of tanning phenotype in a population of European ancestry. Genetic variants in pigmentation genes, pi...

« Последнее редактирование: 09 Сентябрь 2013, 20:39:24 от grimsvotn »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #24 : 09 Сентябрь 2013, 21:12:47 »
rs26722(C;T)
Magnitude: 2.1
Frequency: 0.9%
References:3
perhaps darker eye, hair, skin Caucasians are typically (C;C) and the presence of a T is expected to indicate dark hair and eye color. User:Ngnomics is a (C;T) with a photo.

А в известном снипе rs12913832 как, A (кареглазость) присутствует?
Пробовал в прошлом году запускать Promethease, осталось ощущение запутанности. Сцепленные между собой снипы приводились по нескольку раз, ну и плохих новостей оказалось больше, чем хороших  ;D . Я так думаю, это направление просто чаще исследуют  ;)

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #25 : 09 Сентябрь 2013, 21:31:02 »
да, мне казалось, что на Promethease сильно жестят, по-крайней мере, у меня тоже больше bad news=)
их база быстро обновляется, как и программное обеспечение: в платном тесте (версия программы 0.1.156) уже побольше системности и интересных фич.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6777
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #26 : 10 Сентябрь 2013, 12:36:34 »
2.5 часа уже качели. В прошлый раз было 2,1 часа. Видимо добавили информации.

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #27 : 10 Сентябрь 2013, 13:15:21 »

А в известном снипе rs12913832 как, A (кареглазость) присутствует?


Не знаю, надо бы посмотреть в браузере по снипам в 23andMe :)

Оффлайн grimsvotn

  • Some things in life are too complicated to explain in any language © Murakami
  • Сообщений: 6390
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1771/-1
  • Потомок Морры
    • R-L1280 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-Y220521 (RU-BY), Russian-Belorussian borderline cluster
  • мтДНК: T1a1y1 G4820A (RU-UA), Russian-Ukrainian lineage
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #28 : 10 Сентябрь 2013, 13:20:15 »
да, мне казалось, что на Promethease сильно жестят, по-крайней мере, у меня тоже больше bad news=)
их база быстро обновляется, как и программное обеспечение: в платном тесте (версия программы 0.1.156) уже побольше системности и интересных фич.

Чересчур жестят. После ознакомления с результатами остался осадок.

Но странно: то у меня повышенный риск диабета, то пониженный. Видать и та, и другая комбинация генов :(

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: SNP базы данных, сервис Promethease
« Ответ #29 : 10 Сентябрь 2013, 22:02:40 »
Чересчур жестят. После ознакомления с результатами остался осадок.
нередко встречается мнение, что лучше вообще и не знать такого, чтобы спалось лучше. В 23andme даже спрашивают, хочет ли человек узнать о своих результатах относительно здоровья=) Но лично я думаю, что знать такую информацию нужно, даже, если она еще не совсем проверена и точна: в этом деле лучше "перебдеть, чем недобдеть"

Но странно: то у меня повышенный риск диабета, то пониженный. Видать и та, и другая комбинация генов :(
Да, там, видимо, дают всю, имеющуюся в их базах, информацию скопом - недостаток системности, но в последние версии программы они встраивают т.н. "интерактивный отчет", который, хотя бы, должен облегчить серфинг в результатах: по словам разработчиков, их базы растут очень быстро - каждые несколько дней в snpedia появляются новые снипы, например, когда я, около месяца назад, прогонял promethease в последний раз, их было 18355.
« Последнее редактирование: 10 Сентябрь 2013, 22:39:32 от FenriR »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.